最適化問題に対する超高速&安定計算

クラスタ計算機やスーパーコンピュータ上での大規模最適化問題やグラフ探索などの研究のお話が中心

自己紹介と重要リンク

2016年10月19日 22時11分55秒 | Weblog
大規模最適化問題に対する超高速&安定計算。
半正定値計画問題(SDP)の対するソフトウェア SDPA, SDPARA の開発者及び SDP の超大規模計算に対する世界記録保持者。
JST CREST ポストペタスケールシステムにおける超大規模グラフ最適化基盤:研究代表者

1: GraphCrest ホームページ
2: SDPA ホームページ(sourceforge)
3: Katsuki Fujisawa HP
4: 最短路問題 Online Solver
5: SCOPE(「計算と最適化の新展開」研究部会)(すでに終了)
6: Twitter : sdpaninf

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JST CREST : ポストペタスケールシステムにおける超大規模グラフ最適化基盤

2016年08月27日 23時53分47秒 | Weblog
JST CREST (Core Research for Evolutional Science & Technology)
応募研究領域 : ポストペタスケール高性能計算に資するシステムソフトウェア技術の創出
研究課題名 : ポストペタスケールシステムにおける超大規模グラフ最適化基盤

◯研究課題要旨
 大規模災害等は突発的に発生するため事前予測による防災計画だけでなく、動的なデータ収集等とスパコン上での高速計算によって速やかに避難、誘導計画を策定する必要がある。すでに研究代表者らのグループでは首都圏道路網や鉄道網を精密なグラフデータに変換して、超大規模なグラフ処理を用いた避難、誘導計画の策定を進めているが、非常に計算量やデータ量などの規模が大きく従来の手法では処理が困難である。ポストペタスケールスーパーコンピュータ(スパコン)における最重要カーネルのひとつでもある超大規模グラフ処理を実現するためには、理論的性能限界等からボトルネック箇所を特定、数値演算能力とメモリバンド等のトレードオフ関係を把握、計算量とデータ移動量の正確な推定、疎性やサイズなどのデータ特性と性能値の見極め、などが必要とされる。しかし、従来手法では、数千万規模の並列性を備え、ストレージの階層性が深化したポストペタスケールシステム上でのスケーラブルな実行は困難であり、アルゴリズム、システムソフトウェアと同時並行的な解決が求められている。我々は、これらの問題に対応した超大規模グラフ最適化システムを提案する。本システムは、大規模グラフデータに対するリアルタイムストリーミング処理、計算量とデータ移動量を考慮したグラフ最適化アルゴリズム、ストレージの階層性を考慮した大規模グラフデータストア、超大規模グラフのリアルタイム可視化など従来のスパコンでは実現されてこなかった新しい問題を解決する。これらのシステムは TSUBAME2.0のようなペタスケールスパコン上で構築と評価を行い、今後、出現が想定されるポストペタスケールスパコンのアーキテクチャ上での実行に適したソフトウェア基盤を構築し、エクサスケールスーパーコンピューティングへの方向性づくりに大いに貢献する。



◯研究組織
◇研究代表者
藤澤克樹(九州大学)
◇研究グループ
1: 超大規模データを伴う最適化問題に対する高速計算システムの構築と評価 (グループリーダ : 藤澤克樹 (九州大学))
ー グラフ探索(最短路、幅優先探索、重要性計算)、数理計画問題(半正定値計画問題:SDP, 混合整数計画問題 MIP or MINLP 等)

2: リアルタイム大規模グラフストリーム処理系及びグラフ最適化ライブラリの開発 (グループリーダ : 鈴村豊太郎 (バルセロナスーパーコンピュータセンター))

3: 大規模グラフ処理向けオンデマンド階層型データストアの開発 (グループリーダ : 佐藤仁 (東京工業大学))
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トランスオミクス医学研究会 第3回シンポジウム

2016年07月31日 20時28分18秒 | Weblog
近日中にトランスオミクス医学研究会 第3回シンポジウムを開催する予定です。

細胞を「多階層にまたがる大規模な情報ネットワーク」として読み解き、理解する

細胞はエピゲノム、トランスクリプトーム、プロテオーム、メタボロームなど、多階層のオミクス階層にまたがる情報ネットワークにより制御されている「システム」である。実際に、細胞のほとんどの応答は多階層にまたがる大規模かつ複雑なネットワークによって制御されている。例えば、インスリンは対象となる臓器に作用し、短期的にはリン酸化カスケードからなる複数のシグナル伝達経路を介し、長期的には遺伝子発現を介したタンパク質の発現量を制御することで代謝全般をダイナミックに制御している。つまり、細胞を真に理解するためには、定量性のある多階層のオミクスデータから細胞が織りなす情報ネットワークを「再構築(読み解く)」し、細胞の戦略を「理解する」必要がある(トランスオミクス解析)。
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2016年度 夏季一斉休業・停電に伴うTSUBAME計算サービスの停止について

2016年07月30日 00時47分26秒 | Weblog
学術国際情報センター
                             2016年7月28日

【再通知】【2016年度 夏季一斉休業・停電に伴うTSUBAME計算サービスの停止について】

 先日Web及びメールでご連絡したとおり夏季一斉休業・停電に伴うシステム停止が予定
されていますのでご注意ください。

 なお、TSUBAME以外の情報基盤サービスについてはこちらをご覧ください。
 http://tsubame.gsic.titech.ac.jp/node/1473


----- 過去のメール(7/11) -----

(TSUBAMEポータルに登録されたすべてのメールアドレス宛てに送付しています)

                             学術国際情報センター
                             2016年7月11日

  【2016年度 夏季一斉休業・停電に伴うTSUBAME計算サービスの停止について】

 夏期一斉休業及び停電に伴い以下の通りシステムを停止します。
 http://tsubame.gsic.titech.ac.jp/node/1486

 内容に変更があった場合はこちらのWebページに掲載しますので、今後のアナウンス
にご注意ください。
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九州地区におけるOR若手研究交流会 ― 2016湯布院 ―

2016年07月29日 03時11分18秒 | Weblog
=================================================
日本オペレーションズ・リサーチ学会 九州支部
九州地区におけるOR若手研究交流会 ― 2016湯布院 ―
=================================================

【日程】
2016年10月29日(土)午後 ~ 30日(日)午前

【会場】
FITセミナーハウス(福岡工業大学)
所在地:大分県由布市湯布院町川北894-78

【表彰】
優秀な発表は表彰されます。

【参加資格】
年齢を問わず、どなたでもご参加いただけます。
ただし、講演の申し込みは、登壇者が学生であることが条件です。

【参加費・参加申込方法】
申込締切:発表の有無にかかわらず、9月30日(金)
詳細はホームページをご覧ください:
http://imi.kyushu-u.ac.jp/~kira/wakate/

【問い合わせ先】
吉良 知文
九州大学マス・フォア・インダストリ研究所
kira@imi.kyushu-u.ac.jp
-------------------------------------------------
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SCIP-SDP : SDPA 7.4.0 その3

2016年07月28日 02時01分16秒 | Weblog
SCIP-SDP a mixed integer semidefinite programming plugin for SCIP

メモリ量は 1Tbytes を超えている。
15759 fujisawa 20 0 1.055t 1.054t 6700 R 100.0 53.5 13856:23 ../bin/scipsdp -f ./coloncancer_1701_1800_20.dat-s

実行時間は 231時間で gap は 0.00%以下になった。
231h|885100 | 6317 | 99446k| 21.7 | 10.35%| 23M| 95 | 0 | 101 | 4 | 1 | 0 | 0 | 9.763014e+01 | 9.763391e+01 | 0.00%
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スマートモビリティ推進コンソーシアムを設立

2016年07月27日 00時30分50秒 | Weblog
スマートモビリティ推進コンソーシアムを設立~九州大学伊都キャンパス内での自動運転バスのサービスインに向けて~

トピックス
平成28年7月8日(金),福岡市役所において,国立大学法人九州大学、株式会社NTTドコモ(以下ドコモ),株式会社ディー・エヌ・エー(以下DeNA)及び福岡市は,2018年度下期に九州大学伊都キャンパス内自動運転バス(※1)のサービスインの実現を目的とした「スマートモビリティ推進コンソーシアム」(以下コンソーシアム)の設立会見を行いました。

会見で久保総長は,今回のコンソーシアムが産学官の強力な連携母体となって,新しいモビリティシステム構築や過疎地域の交通問題などの社会課題の解決につながることへの期待を述べました。

 コンソーシアムの詳細については,プレスリリースを参照ください。
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スタディ・グループ ワークショップ 2016

2016年07月26日 03時39分40秒 | Weblog
スタディ・グループ ワークショップ 2016
URL:http://sgw2016.imi.kyushu-u.ac.jp/

開催期間 2016年7月27日(水) - 7月29日(金)
2016年8月1日(月) - 8月2日(火)

開催場所
7月27日(水) - 7月29日(金)
819-0395 福岡市西区元岡744
九州大学 伊都キャンパス
ウエスト1号館

8月1日(月) - 8月2日(火)
153-8914 東京都目黒区駒場3-8-1
(京王井の頭線駒場東大前駅下車)
東京大学大学院数理科学研究科
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伊都キャンパス 新中央図書館

2016年07月25日 00時34分19秒 | Weblog
新中央図書館

 新中央図書館は、「いざなう(encourage)」「つなぐ(link)」「うみだす(create)」「はぐくむ(cultivate)」の4つをキーワードとし、九州大学の次の百年の担う図書館として伊都キャンパスのイースト・ゾーン(文系地区)に整備される、面積約2万㎡、座席数約1,350席、収蔵能力約350万冊(うち自動書庫約150万冊)の全国でも有数規模の大学図書館です。

 平成26年秋からは第1期工事が開始されており、平成28年10月から建物の一部の運用開始、全面開館は九州大学の伊都キャンパス移転が完了する平成30年10月の予定です。なお、箱崎キャンパスの現中央図書館が機能している間は「新中央図書館」と呼称します。

新図書館に関する諸計画

新中央図書館基本計画
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SCIP-SDP : SDPA 7.4.0 その2

2016年07月24日 02時18分12秒 | Weblog
SCIP-SDP a mixed integer semidefinite programming plugin for SCIP

すでに 5.5 日間の連続実行中。 使用メモリ量も 500Gbytes を超えている。
15759 fujisawa 20 0 0.533t 0.532t 6700 R 95.2 27.0 7890:27 ../bin/scipsdp -f ./coloncancer_1701_1800_20.dat-s

残りの gap 0.1% がなかなか減らない。。。
7899m|455400 | 3839 | 51295k| 22.2 | 10.16%| 18M| 85 | 0 | 101 | 4 | 1 | 0 | 0 | 9.762646e+01 | 9.763391e+01 | 0.01%

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九州大学情報基盤研究開発センター 教員(常勤)公募

2016年07月23日 02時30分38秒 | Weblog
九州大学情報基盤研究開発センター 教員(常勤)公募

1.募集人員 教授(常勤)1名
2.所 属 情報基盤研究開発センター 学習環境デザイン研究部門
(サイバーセキュリティセンターを兼任, 大学院システム情報科学府,工学部電気
情報工学科,理学部物理学科情報理学コース,基幹教育(全学教育)等の教育を担
当していただきます。)
3.任 期 なし(定年は65 歳)
4.専門分野 サイバーセキュリティに関する教育、教育支援、研究
5.担当科目 基幹教育、学部および大学院の講義担当予定
6.応募資格
(1) 博士の学位を有すること。
(2) 専門分野に顕著な研究業績があり,学生の教育研究指導に熱意を持って取り組める方。
(3) サイバーセキュリティに関する講義、学生指導ができること。
(4) 英語での授業ができる方。
(5) サイバーセキュリティセンターの研究ができること。
(6) 学内外の学術情報の電子化・情報発信支援,情報教育支援,大型計算機,ネットワーク,セキュリティ対策サービス支援等について取り組み,中核的役割を果たすことができること。
7.着任予定時期 平成28年度内のできるだけ早い時期
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SC16 Workshops (Sun/Mon/Fri)

2016年07月22日 02時48分13秒 | Weblog
SC16 での Workshop 開催は以下の HP から見ることが出来ます。

SC16 Workshops (Sun/Mon/Fri)
SC includes full- and half-day workshops that complement the overall Technical Program events, with the goal of expanding the knowledge base of practitioners and researchers in a particular subject area. These workshops provide a focused, in-depth venue for presentations, discussion and interaction. Workshop proposals were peer-reviewed academically with a focus on submissions that inspire deep and interactive dialogue in topics of interest to the HPC community.
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九州大学 マス・フォア・インダストリ研究所 文部科学省卓越研究員受入について

2016年07月21日 01時01分36秒 | Weblog
九州大学 マス・フォア・インダストリ研究所 文部科学省卓越研究員受入について

九州大学では、文部科学省卓越研究員事業 (http://www.mext.go.jp/a_menu/jinzai/takuetsu/index.htm)により「卓越研究員 制度の活用に係る将来構想」を策定し、自ら研究テーマを設定して研究室主宰者として新 たな研究領域に挑戦する若手研究者を募集します。なお、卓越研究員にはテニュアトラッ ク制を適用します。

[仕事内容(業務内容、担当科目、研究分野の詳細等)]

研究分野は広い意味での数学で、産業数学・産業応用に関心があることが望まれます。産 業技術分野をはじめとする他分野研究者と盛んに交流を行って、そこで出会った未解決問 題にその才能とエネルギーを降り注ぎ、必要があればみずから定式化・デザインし、独創 的なアイデアに基づいて挑戦することが求められます。新領域開拓のシーズとなるような 問題の発見・提案などの能力や諸科学との関連付けが行える連想力も考慮します。半年〜 1 年間、伊都キャンパス勤務の後、La Trobe 大学(メルボルン)に設置した IMI オースト ラリア分室に⻑期滞在し(1〜2 年)、現地の教員に協力しながら、研究・教育活動を行っ てもらう計画です。

伊都キャンパスでの業務:
○理学部数学科の講義(数理統計、計算数学を含む)の演習。
○その他通常の助教と同じ職務。

オーストラリア分室での業務:
○数理学府学生の La Trobe 大学での研究滞在やインターンシップの受け入れの世話:受 け入れた学生の英語教育、産業数学のプロジェクトの研究指導。 ○共同利用・共同研究拠点として提供する共同利用研究のオーストラリア分室実施分の世話。
○スタディ・グループ等産業数学関連ワークショップへの参加、アジア・太平洋産業数学 コンソーシアム(APCMfI)にかかわる活動。

[募集人員(人数、職名等)] 助教 1名
[着任時期(着任日、採用日等)]
平成 28 年 8 月以降、なるべく早い時期

[参考情報] 卓越研究員にはテニュアトラック制を適用し、研究費や海外渡航費の一定額を支援しま す。
[問い合わせ先] 担当部署:マス・フォア・インダストリ研究所 福本 康秀 電話番号:092-802-4437 e-mail:yasuhide@imi.kyushu-u.ac.jp
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ISM-IMI 協定記念合同シンポジウム

2016年07月20日 00時27分50秒 | Weblog






2016.06.29
<ISM-IMI 協定記念合同シンポジウム>


参加費 無料
参加方法:当日直接会場へお越しください。

開催日 2016年7月19日(火) 14:00 ~

開催場所 九州大学 伊都キャンパス ウエスト1号館 D棟 4階 IMIオーディトリアム (W1-D-413)
伊都キャンパスへのアクセス,伊都キャンパスマップ

式次第 15:00 - 15:30
《統計数理研究所の研究活動 - 統計数理が目指すフロンティア》
講演者:伊藤 聡 (ISM 副所長)

15:30 - 16:00
《大規模グラフ解析と都市 OS の開発 - ヒト・モノのモビリティに関する新しい数理モデルとその応用 -》
講演者:藤澤 克樹 (IMI 教授)

16:00 - 16:30 Tea Break

16:30 - 17:00
《天文データと統計的手法》
講演者:池田 思朗 (ISM 教授)

17:00 - 17:30
《ロバストなガウシアングラフィカルモデリングの効率的なアルゴリズム》
講演者:廣瀬 慧 (IMI 准教授)
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ISM-IMI 協定記念合同シンポジウム : 今日です

2016年07月19日 00時16分05秒 | Weblog
2016.06.29
<ISM-IMI 協定記念合同シンポジウム>


参加費 無料
参加方法:当日直接会場へお越しください。

開催日 2016年7月19日(火) 14:00 ~

開催場所 九州大学 伊都キャンパス ウエスト1号館 D棟 4階 IMIオーディトリアム (W1-D-413)
伊都キャンパスへのアクセス,伊都キャンパスマップ

式次第 15:00 - 15:30
《統計数理研究所の研究活動 - 統計数理が目指すフロンティア》
講演者:伊藤 聡 (ISM 副所長)

15:30 - 16:00
《大規模グラフ解析と都市 OS の開発 - ヒト・モノのモビリティに関する新しい数理モデルとその応用 -》
講演者:藤澤 克樹 (IMI 教授)

16:00 - 16:30 Tea Break

16:30 - 17:00
《天文データと統計的手法》
講演者:池田 思朗 (ISM 教授)

17:00 - 17:30
《ロバストなガウシアングラフィカルモデリングの効率的なアルゴリズム》
講演者:廣瀬 慧 (IMI 准教授)
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