gcc 10 と SDPA

gcc 10 では Fortran 関係に変更がありましたので、SDPA を make する際に MUMPS の所で argument mismatch が発生します。

GCC 10 Release Series
Changes, New Features, and Fixes

Fortran
Mismatches between actual and dummy argument lists in a single file are now rejected with an error. Use the new option -fallow-argument-mismatch to turn these errors into warnings; this option is implied with -std=legacy. -Wargument-mismatch has been removed.

当面のしのぎとしては、以下のように -fallow-argument-mismatch を入れれば回避できます。

export CC=gcc
export CXX=g++
export F77=gfortran
export CFLAGS="-funroll-all-loops -O2 -m64 -fopenmp -DINTSIZE64 -DDIMACS_PRINT"
export CXXFLAGS="-funroll-all-loops -O2 -m64 -fopenmp -DINTSIZE64 -DDIMACS_PRINT"
export FFLAGS="-funroll-all-loops -O2 -m64 -fopenmp -fdefault-integer-8 -fallow-argument-mismatch"
./configure --with-blas="-L./lib -lopenblas -lgomp" --with-lapack="-L./lib -lopenblas -lgomp"

Let's note CF-F8 & ASUS UL20A

Let's note CF-F8 という古いノートPC に加えて ASUS UL20A にも Ubuntu 18.04 をインストールしてみました。

SDPA 7.4.1
◯ theta6.dat-s
計算サーバ１(2コア) : 8.36s
計算サーバ１(16コア) : 2.46s
計算サーバ２(2コア) : 64.11s
計算サーバ３(2コア) : 122.06s

◯DSJC500.9.dat-s
計算サーバ１(2コア) : 110.67s
計算サーバ１(16コア) : 27.63s
計算サーバ２(2コア) : 1518.38s
計算サーバ３(2コア) : 2694.90s

◯計算サーバ１
CPU : Core i9 7960X (16コア/32スレッド/2.8GHz/tb4.2GHz/22MB/165W) LGA2066,
メモリ : 128GB (32GB×4) DDR4 2666(PC4-21300)
OS : CentOS 8.1

◯計算サーバ２
CPU : Intel(R) Core(TM)2 Duo CPU P9300 @ 2.26GHz (2コア)
メモリ : 4GB
OS : Ubuntu 18.04

◯計算サーバ３
CPU : Genuine Intel(R) CPU U2300 @ 1.20GHz
メモリ：2GB
OS :Ubuntu 18.04

IFORS2020 canceled

IFORS2020 canceled

With regret, we announce that the IFORS2020 conference scheduled in Seoul in June 21-26 will not be held, due to the COVID-19 emergency.
We are examining options for holding this event in the future.
Hope to see you at a later date!

Ubuntu 20.04 LTS」リリース

Linuxディストリビューション「Ubuntu 20.04 LTS」リリース、2年ぶりの長期サポート版

英Canonicalは4月23日（英国時間）、Linuxディストリビューション「Ubuntu」の最新版「Ubuntu 20.04 LTS」（開発コード名：Focal Fossa）をリリースした。デスクトップ版やサーバー版、各種フレーバー（公式派生版）、パブリッククラウドのイメージが公開されている。

　今回のUbuntu 20.04は、2019年10月にリリースされた19.10の次期バージョンであると同時に、2年前にリリースされた18.04の次期LTS（Long Term Support：長期サポート）版でもある。

Let's note CF-F8

Let's note CF-F8 という古いノートPC に Ubuntu 18.04 をインストールしてみました。

SDPA 7.4.1
◯ theta6.dat-s
計算サーバ１(2コア) : 8.36s
計算サーバ１(16コア) : 2.46s
計算サーバ２(2コア) : 64.11s

◯DSJC500.9.dat-s
計算サーバ１(2コア) : 110.67s
計算サーバ１(16コア) : 27.63s
計算サーバ２(2コア) : 1518.38s

◯計算サーバ１
CPU : Core i9 7960X (16コア/32スレッド/2.8GHz/tb4.2GHz/22MB/165W) LGA2066,
メモリ : 128GB (32GB×4) DDR4 2666(PC4-21300)
OS : CentOS 8.1

◯計算サーバ２
CPU : Intel(R) Core(TM)2 Duo CPU P9300 @ 2.26GHz (2コア)
メモリ : 4GB
OS : Ubuntu 18.04

Raspberry Pi 4 Model B で最適化 その２

Raspberry Pi 4 Model B Rev 1.1 64bit と 32bit で比較してみました

64bit
Linux opt-ras41.imi.kyushu-u.ac.jp 4.19.113-v8+ #1300 SMP PREEMPT Thu Mar 26 17:04:40 GMT 2020 aarch64 GNU/Linux

32bit
Linux opt-ras42.imi.kyushu-u.ac.jp 4.19.97-v7l+ #1294 SMP Thu Jan 30 13:21:14 GMT 2020 armv7l GNU/Linux

データ : 30.new.mps
コンパイラ : gcc 8.3.0

○ GLPK 4.65
64bit : 101.129s
32bit : 103.682s

○ CBC 2.10.3
64bit : 56.292s
32bit : 60.474s

◯計算サーバ
Raspberry Pi 4 Model B Rev 1.1
CPU : ARMv7 Processor rev 3 (v7l) x 1
Memory : 4GB

新型コロナウイルス対策を目的としたスーパーコンピュータ「富岳」の優先的な試行的利用について

新型コロナウイルス対策を目的としたスーパーコンピュータ「富岳」の優先的な試行的利用について

理化学研究所（理研）は、文部科学省と連携し、理研が開発主体となって開発・整備を推進しているスーパーコンピュータ「富岳（ふがく）」[1]を、開発・整備の途上であるものの、国難ともいえる新型コロナウイルスの対策に貢献する成果をいち早く創出するために、可能な限り計算資源を関連研究開発に供出することとしました。
具体的には、理研からの協力を踏まえて文部科学省が決定する研究開発の実施課題に対して、「富岳」の計算資源を開発・整備に支障がない範囲で優先して供出するとともに、実施される研究開発に対して技術的サポートを行います。

Tesla V100 PCIe 16GB x 1 + GeForce RTX 2080 Ti x 3

GeForce RTX 2080 Ti 1枚が壊れましたので、 Tesla V100 PCIe 16GB x 1 + GeForce RTX 2080 Ti x 3 という変則的な構成にしてみました。



SDPARA 7.6.1
Tesla V100 x 1枚よりも遅くなっている。。。
[gpdpotrf] ### END n=152928, nb=2048, 2x2 procs, ver 50: 692.637sec --> 1721.210GFlops ###

○参考：chainer 7.2.0
1: Tesla V100
$ time python ../imagenet/train_imagenet.py -a alex -g 0 -E 50 train.txt test.txt
epoch iteration main/loss validation/main/loss main/accuracy validation/main/accuracy lr
4 1000 3.3871 0.279 0.01
9 2000 1.98907 0.515312 0.01
13 3000 1.29902 0.655187 0.01
18 4000 0.841066 0.769531 0.01
23 5000 0.582484 0.830938 0.01
27 6000 0.430382 0.876969 0.01
32 7000 0.307563 0.910406 0.01
37 8000 0.261246 0.925313 0.01
41 9000 0.213145 0.940063 0.01
46 10000 0.177657 0.950125 0.01

real 5m32.839s
user 30m21.093s
sys 1m57.581s

2: GeForce RTX 2080 Ti
$ time python ../imagenet/train_imagenet.py -a alex -g 3 -E 50 train.txt test.txt
epoch iteration main/loss validation/main/loss main/accuracy validation/main/accuracy lr
4 1000 3.41491 0.274812 0.01
9 2000 1.99282 0.511031 0.01
13 3000 1.32556 0.649688 0.01
18 4000 0.86025 0.762531 0.01
23 5000 0.61107 0.825969 0.01
27 6000 0.425172 0.875125 0.01
32 7000 0.318805 0.907125 0.01
37 8000 0.256343 0.926594 0.01
41 9000 0.213341 0.939594 0.01
46 10000 0.17746 0.949625 0.01

real 5m45.645s
user 30m54.924s
sys 1m57.362s

49th International Conference on Parallel Processing (ICPP)

49th International Conference on Parallel Processing (ICPP)
17-20 August 2020, Edmonton, AB, Canada

Important Dates (Extended due to COVID-19)
Abstract Submission March 23, 2020
Paper Submission March 23, 2020
Author Notification May 26, 2020
Camera Ready Paper Due June 15, 2020
Workshop Proposal Submission November 04, 2019
Workshop Proposal Notification November 11, 2019
Poster Submissions June 1, 2020
Poster Notification June 08, 2020
Final Poster Due June 15, 2020

パナソニックもマスク生産

パナソニックもマスク生産　アイリスは月1．5億枚に　コロナ対策

　パナソニックは20日、新型コロナウイルスの影響で品薄が続くマスクの生産に乗り出すと発表した。当初、グループ従業員と感染拡大が懸念される医療機関向けの供給を目指す。21日にはシャープが自社サイトを通じてマスクの個人向け販売を開始。ほこりの少ない状態に保たれた衛生環境を生かす異業種のマスク生産が広がってきた。
　パナは5月末、「クリーンルーム」を備え音響・映像機器などを手掛ける岡山県の工場で生産を始める計画。日産10万枚規模とみられる。医療機関向けでは、パナの空間除菌脱臭機「ジアイーノ」を寄贈。医療機器生産用にクリーンルームの提供など可能な支援に取り組む方針だ。

Gurobi Optimizer V.9.0.1 & CPLEX 12.10 その８

◯問題
Auto_network.mps

◯ Gurobi 9.0.1 242.76s
◯ CPLEX 12.10 111.75s

Auto_network2.mps

◯ Gurobi 9.0.1 4632.68s
◯ CPLEX 12.10 403.63s

◯計算サーバ
CPU : インテル(R) Xeon(R) プロセッサー X5670(2.93GHz、12MB キャッシュ、6.4 GT/s QPI) x 2個
メモリ： 144GB (16X9GB/2R/1333MHz/DDR3 RDIMM/CPUx2)
Disk : 300GB x 1
NIC : GbE x 1 & Inifiniband QDR(40Gbps) x 1
OS : Ubuntu 18.04

Gurobi Optimizer V.9.0.1 & CPLEX 12.10 その７

古いサーバに Ubuntu 18.04 をインストールして以下の実験を行ってみました。

データ : 30.new.mps
コンパイラ : 7.5.0

○ GLPK 4.65 : 41.050s

○ CBC 2.10.5 : 19.436s

○ SCIP 7.0.0 : 70.645s

○ CPLEX 12.10 : 822.160s

○GUROBI 9.0.1 : 14.460s

◯計算サーバ
CPU : インテル(R) Xeon(R) プロセッサー X5670(2.93GHz、12MB キャッシュ、6.4 GT/s QPI) x 2個
メモリ： 144GB (16X9GB/2R/1333MHz/DDR3 RDIMM/CPUx2)
Disk : 300GB x 1
NIC : GbE x 1 & Inifiniband QDR(40Gbps) x 1
OS : Ubuntu 18.04

SDPA : Windows Subsystem for Linux (WSL) と CentOS8 その２

Windows Subsystem for Linux (WSL) Ubuntu と Linux (CentOS 8 )での性能を比較してみました。

ソフトウェア：SDPA 7.4.1

◯問題１：karate.dat-s
WSL : 122.66s
gcc 8.3.1 + OpenBLAS 0.3.9.dev : 84.17s
icc 19.1.0.166 + Intel MKL 2020.0 : 67.12s
icc 19.1.0.166 (xHost) + Intel MKL 2020.0 : 66.28s
icc 19.1.1.217 + Intel MKL 2020.1 : 67.01s
icc 19.1.1.217 (xHost) + Intel MKL 2020.1 : 67.04s

◯問題２：DSJC500.9.dat-s
WSL : 37.86s
gcc 8.3.1 + OpenBLAS 0.3.9.dev : 26.97s
icc 19.1.0.166 + Intel MKL 2020.0 : 20.76s
icc 19.1.0.166 (xHost) + Intel MKL 2020.0 : 20.52s
icc 19.1.1.217 + Intel MKL 2020.1 : 20.43s
icc 19.1.1.217 (xHost) + Intel MKL 2020.1 : 20.68s

◯問題３：NH3+.2A2\".STO6G.pqgt1t2p.dat-s
WSL : 70.29s
gcc 8.3.1 + OpenBLAS 0.3.9.dev : 66.20s
icc 19.1.0.166 + Intel MKL 2020.0 : 66.27s
icc 19.1.0.166 (xHost) + Intel MKL 2020.0 : 64.36s
icc 19.1.1.217 + Intel MKL 2020.1 : 65.73s
icc 19.1.1.217 (xHost) + Intel MKL 2020.1 : 64.28s

◯計算サーバ
CPU : Core i9 7960X (16コア/32スレッド/2.8GHz/tb4.2GHz/22MB/165W) LGA2066,
メモリ : 128GB (32GB×4) DDR4 2666(PC4-21300)
OS : Windows 10 or CentOS 8.1

eScience 2020: The 16th eScience Conference

eScience 2020: The 16th eScience Conference

September 8-11, 2020
Osaka, Japan
eScience 2020 brings together leading international researchers and
offers a platform for digital technologies to advance research –
from the humanities to the physical sciences.

Some academic disciplines are well advanced in exploiting digital technologies,
while others are just scratching the surface.
The aim of this conference is cross-fertilization across academic disciplines,
to advance academic research by fully exploiting the use of digital technologies.

SIAM Opt'20 cancelled

SIAM’s Response to the International Outbreak of the Novel Coronavirus Disease (COVID-19)
Last updated Wednesday, March 4, 2020

SIAM leadership and senior staff have been closely monitoring the outbreak of the SARS-CoV-2 virus and the associated disease COVID-19. We are deeply committed to the health and well-being of our members and the general public, and to finding an appropriate compromise between containment of the novel coronavirus and our important mission of advancing industrial and applied mathematics.

This blog entry will be updated regularly as we learn new information relevant to attendees of SIAM conferences. We will base all decisions on the latest science and predictions provided by the U.S. Centers for Disease Control and Prevention and the World Health Organization. We also encourage all conference attendees to consult the above websites for a list of best practices on avoiding contraction of the novel coronavirus. Until further notice, SIAM will take all recommended onsite precautions at conferences, including the provision of hand sanitizer, anti-bacterial wipes, etc.

Status of 2020 SIAM Conferences
As of today, all SIAM conferences worldwide are proceeding as scheduled with the exception of the 2020 SIAM Conference on Optimization (OP20), originally scheduled to take place May 26-29 in Hong Kong, which has been cancelled. Although SIAM is open to the possibility of rescheduling OP20 should the virus run its course in the coming months, no such plan is currently in place.

SIAM’s Commitment to Timely Updates
The speed with which the novel coronavirus appears to spread makes prediction of its progress very difficult. Nevertheless, for each upcoming conference, SIAM will strive to either cancel the conference or commit to holding the conference as scheduled no later than two weeks prior to the first day of the conference.

SIAM Policy on Travel Expenses in the Event a Conference is Cancelled
In the event of cancellation of any SIAM conference, SIAM will reimburse registration fees to the extent possible. SIAM will work with the conference hotel to limit any losses incurred by registrants staying for fewer nights than those to which they have committed. Unfortunately, SIAM is not able to assist with airline reservations or with hotels that are not official conference hotels. Registrants are encouraged to contact the provider directly in these cases.

Please direct any questions or concerns to Jim Crowley, SIAM Executive Director, at jcrowley@siam.org.