最適化問題に対する超高速&安定計算

クラスタ計算機やスーパーコンピュータ上での大規模最適化問題やグラフ探索などの研究のお話が中心

新 Opteron マシンと Fedora Core 3

2005年10月31日 23時59分02秒 | Weblog
新 Opteron マシンに Fedora Core 3 がインストール出来るかなと思って、いろいろと試してみた。Fedora Core 4 の方は問題なくインストール出来るのだが、3 の方が便利だったりする面のあるので、インストール出来れば選択肢が広がる。
ただし普通にインストールすると以前のブログにも書いたように起動に失敗する。そこで、
1:業者からもらった新しい BIOS に更新する。
2:SMP カーネルでは起動しないが、普通のカーネルでは起動するようになる。
3:ただし、ビデオカード GeForce 6600 (PCI Ex.)の認識に失敗
4:ビデオカードを古いに物に交換する(ATI RADEON X300)。
5:普通に起動できるようになる。
6:yum -y update で現在更新できるファイルを全て適用。その結果 2.6.12 の SMPカーネルがインストールされる。
7:SMP カーネルでの起動に成功。
あとはビデオカードを戻すだけだ。
<-- 追記(11月2日)、ビデオカードを戻して(GeForce 6600)、GeForce DDR の汎用ドライバーで無事に起動した。
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最高速スパコン競争

2005年10月30日 18時29分16秒 | Weblog
毎年この次期になると SC2005 で発表される TOP500 のリスト入りを狙って高速な計算機の発表が多く行われる。
まずはブルージーンの更新から、目的は相変わらず精密な核実験シミュレーションと備蓄核兵器の経年劣化の計算である。

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スパコン開発競争…米が最速機導入、日本も次機着手へ

米エネルギー省の核安全保障局が、最高で毎秒280兆6000億回の計算処理可能な世界最速のスーパーコンピューターなど2台を、同省傘下のローレンスリバモア国立研究所に導入し、近く実運用に入ると発表した。


次は日本の京速計算機。こちらは主担当機関が理化学研究所に決定だが、結局オールジャパンになるのだろう。
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「汎用京速計算機」は人体シミュレーションを目指す

計画は2006年度から2012年度まで7カ年。ソフト、ハードの研究開発を産官学共同で進め、2010年度、TOP500に使われるLinpackベンチマークで、「地球シミュレータ」(35.9TFLOPS)の250倍以上となる10PFLOPSの達成を目指す。10P=1京にちなんで「汎用京速計算機」と呼んでいる。


富士通は別組織、別思想で競争に参戦予定。
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富士通、2010年度末に地球シミュレータの75倍の性能を持つスパコン目指す

富士通は6月22日、2010年度末にPFLOPS(ペタフロップス)級の演算性能を持った次世代スーパーコンピュータを稼働させることを目標に、要素技術の研究開発を進めていくと発表した。2004年10月に富士通研究所に設置した「ペタスケールコンピューティング推進室」が研究開発の中心となる。
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ヒアリング2

2005年10月29日 04時32分18秒 | Weblog
先日の受験、就職産業に対するヒアリングに続いて、今度は某大手予備校相手にヒアリングを行った。前回のヒアリングとは正反対の意見もあり、それはそれで違いを分析することは面白い。
普通に思いつくような改編はどこでも行われているので、特色を出すのは難しいのだが、不幸中の幸いというか後発で改編を行うので、先に改編を行った大学の成功例も失敗例も事例として見えてくる。ただ改編の大枠はすでに決定済みなので、今更大きく変更することは平成19年4月からというタイムリミットを考えると不可能である。
ところで新学部で都心の方に移動すると、研究室として与えられる面積は50平方メートルぐらいなので、クラスタ計算機関係を大規模に移動することは不可能だ。今の場所をしばらく借り続けることになるだそう。
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新型インフルエンザ

2005年10月28日 22時15分49秒 | Weblog
いつも地震のことを書いているが、地震よりも大被害が出そうなのが、この冬に大流行の恐れがある新型インフルエンザである。毎年警報は出ているのだが、鳥インフルエンザにしても人間に到達する一歩手前まで来ているそうで、今年はいつもよりもはるかに強い警報が出ている。
ワクチンはすぐには製造できないので、有効な薬はタミフルしかないが、生産、備蓄状況はあまり良くないようだ。

国内死者10万人超推計 厚労省、新型インフルエンザで対策本部

世界保健機関(WHO)は、鳥インフルエンザが人から人へ感染する新型インフルエンザに突然変異し大流行を始めると、世界で七千四百万人から二百万人が死亡すると警告。厚労省も国内の死者を十万六千九百三十人と推計する。


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「宮崎正弘の国際ニュース・早読み」 
平成17年(2005年)10月23日(日曜日)貳
     通巻第1267号  臨時増刊号
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 ついに手の届く近さまでやってきた鳥インフルエンザの猛威
  フフホトで2600羽が死亡
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中国は六月頃まで「鳥インフルエンザ」情報を隠匿していた。ところが一方では、軍隊を動員し、秘密会を連続的に開催してヒトへの感染を防止する警戒体制を敷いてきた。
先週、2600羽もの鳥の大量死があった内モンゴル自治区は、緊急の周辺住民検診を実施した。北京市政府では渡り鳥の観測を開始し、異常を早期に把握する体制を整えたそうな。
フフホトはモンゴル人主体だった都会が、いつのまにかイスラム寺院が仏教の街を囲むようにして都市の設計をなし、そのまわりを漢族の移民が埋めた。民族のモザイク実験場のような都市であり、いつも民族対立でささくれだった雰囲気がある。
台湾は感染地域からの旅行者の入国を厳しく制限し始めている。
今冬、WHOの預言は一億五千万の死亡。日本の当局、しっかりして下さい。
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Journal Impact Factors

2005年10月27日 03時49分55秒 | Weblog
今度ホモトピー法の並列計算の論文をどこに投稿しようかと考えているが、参考になりそうなのが Journal Impact Factors である。参考になりそうというか、大学の業績評価でも単に論文が何本とかではなく、各論文に Factor を掛けたものを評価の基準にしようという動きがある。だから少しでも Factor の大きな論文誌に投稿した方が有利である。

Factor Journal(2003年)
00.164 JOURNAL OF THE OPERATIONS RESEARCH SOCIETY OF JAPAN
00.306 OPTIMIZATION METHODS & SOFTWARE
00.701 COMPUTING
01.290 MATHEMATICAL PROGRAMMING
01.632 SIAM JOURNAL ON COMPUTING
01.757 SIAM JOURNAL ON OPTIMIZATION

ちなみに有名な論文誌は以下の通り
29.162 SCIENCE
30.979 NATURE
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ヒアリング

2005年10月26日 23時26分49秒 | Weblog
大学の全体構想の件で某コンサルティングのヒアリングを受けたそうだ。私立大学の15校に1校は潰れるという予測もある。おそらく地方の方が厳しいだろうし、中学、高校なども危険水域に入ってきている。

多々良学園が再生法申請 山口、負債71億

現在、独立行政法人の評価にはかなり厳しいものがあり、予算不足であるから実力と実績のない独立行政法人は統廃合されるとの見通しである。実は私立大学よりもある意味で地方や偏差値の低い国立、公立の方がこれからは危険ではないかと思われる。何しろ広報や受験生確保の独自のノウハウが乏しいのだから。
コンサルティング会社の予測も当たるところと、そうでないところがあるので注意が必要だ。ヒアリングの内容を見ていて今後の産業構造の変化などを見ていると首をかしげるところがある。総じて現時点と数年以内の予測は割と正確だと思われ参考になることが多いが、10年後など未来予測についてはかなり怪しいものがある。
あと偏差値については、ある程度の人数が調査できないと信頼性が確保できないので、偏差値が50以下になるとあまり正確なものではないようだ。50以下は50歩100歩であるとも言える。
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Ninf-G 2.4.0 と NMI Release 8

2005年10月25日 23時45分09秒 | Weblog
Ninf-G Version 2.4.0NMI Release 8 に統合されることになった。これは NSF にとっても初めてのことなので、もう少し大きめに報道されても良いと思う(Yahoo のグリッド欄ぐらいには)。

NSFミドルウェアイニシアチブ(NMI)
NMIはNSFからの資金提供により2001年9月から開始されたイニシアチブであり、ネットワーク環境での再使用可能で拡張性に富んだミドルウェアを開発、配備、およびサポートすることを目的としている。
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文書作成

2005年10月24日 23時26分20秒 | Weblog
理系でも出世したければ研究しているよりも作文と社交に力を入れなさいと良く言われるが、ここ1,2週間は科研の申請書や新学部新学科のコース分け、特色、カリキュラム、説明分などの文書作成に明け暮れている(それでも学生の博士論文の関係で研究の方も一応やってますが)。特に新学部の方は、カリキュラムなども一から作成することになるので、今までに経験も無いのだから大変なことだ。新学部が出来るということは少数ながら新しい雇用が出来るのだが、かなり分野と専門限定なのでほとんど自明にスカウトされていくようだ。
最近では若い研究者の就職斡旋を頼まれることも多いが、COE 研究員などのポスドクならばともかく(COE の主要な目的の一つはオーバードクターの一時救済だが)、常勤職員で OR や最適化系の就職先はほとんど見たことが無い。あっても外部から入り込むのは難しそうだ。いろいろとアドバイスしているが、自分の専門を生かしながら他の分野に入っていくのは難しいのだろうと思う。こればかりは人間のタイプもあるので、皆に勧めるわけではない。
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新 Opteron クラスタ

2005年10月23日 02時47分54秒 | Weblog
相変わらず新旧 Opteron マシンと格闘中。ただ最近は忙しくでほとんど作業する時間が取れないので、クラスタとしての稼働はもう少し後でも良いだろう。以前のブログで書いたビデオカードのメインメモリ使用の問題もまだ調査中だそうだ。
とりあえず動作の安定している旧 Opteron マシンを使って、gcc-4.0.1 + ATLAS 3.7.11 + CLAPACK + LAPACK(gfortran を用いる)の作成に成功したので、SDPA も無事に動作した。新 Opteron と gcc-4.0.1 と ATLAS 3.7.11 の組合せは途中で make 中にエラーが発生するが、旧 Opteron で作成したバイナリを新 Opteron に持って行くと当然だが普通に動作する。
ただし gcc-4.0.1 では MPICH-1.2.7 の作成には失敗。とりあえずここで終了。
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ハイブリッドカー

2005年10月22日 14時17分29秒 | Weblog
東京モーターショー2005などでも注目を集めているハイブリッドカーであるが、当然燃費が良いのが最大のセールスポイントである。例えばトヨタのアルファード(2400cc)は、10・15モードで 9.7km に対して、アルファードハイブリッドは 17.2km である。発進時には、モーターが単独で駆動する。徐々に速度が上がってくるとエンジンも動き出し、適宜発電も行う。減速時はエンジンを停止させてモーターは発電しバッテリーを充電している。
そのためストップ・ゴーが多い市街地走行では相当燃費が良くなるようだ。もし何らかの理由でバッテリーが切れたら単なるガソリンエンジン車になるわけであり、高速走行時も基本的にエンジンのみで駆動している。だからずっと高速道路を走っていればハイブリッド車のメリットはほとんどないというか、一般的にはハイブリッド車の方が重量が重くなるのでかえって不利なこともあるという。
バッテリー関係の制御は大変だと思うのだが、最近では化学系の研究者も巻き込んで、バッテリー内部の化学変化を分子レベルのモデルを作って計算やシミュレーションを行う研究がさかんに行われているようだ。さすがに注目されている産業はお金のかけ方も相当違うと感じる。
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新旧Opteron の違い

2005年10月21日 20時34分54秒 | Weblog
最近は関東でも地震が多いのでさすがに不安になってくる人も多いのではないかと思う(新潟の地震からちょうど一年)。地震後の分析は出来るものの、事前にはある程度の警告は出せても実用的な予知などは出来ないし、発光や電磁波などの現象もまだ事前に社会に告知できるレベルでないのも事実である(個人レベルでは警戒できるだろうが)。
ところで、Opteron + Fedora Core 4 for x86_64 の組合せで、ATLASを gcc-4.0.1 で作成しようとすると古い Opteron(140, 1.4GHz)では成功するが、新しい Opteron (270, 2.0GHz)では途中でエラーが発生する。SSE3 のサポートの違いぐらいしか相違はないと思うが、原因を調査中である。
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SACSIS グリッドチャレンジ

2005年10月20日 02時27分31秒 | Weblog
今年の SACSIS 2005 おいて併設企画としてGrid Challenge が行われた。昨年の課題等の情報はこちらから見ることができる。次回の SACSIS 2006 でも Grid Challenge が行われることになっている。今度の企画については現在議論中である。関係者なので一応宣伝も兼ねて報告を。
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SDPA Online Solver 正式プレオープン

2005年10月19日 22時17分25秒 | Weblog
題名の通り SDPA Online Solver を正式に公開することになった。
一応弘前での RAMP2005の開催に合わせている。
正式プレオープンとは変な名称だが、これもある事情のため。

SDPA ホームページ
http://grid.r.dendai.ac.jp/sdpa/
から入って Online Solver をクリックすればよい。

直接のリンクはこちら
http://sdpara.r.dendai.ac.jp/portal/
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ホモトピー法の実験終了

2005年10月18日 22時02分52秒 | Weblog
以前から SDPA クラスタで多項式方程式系に対する並列ホモトピー法の実験を行っていたが、担当の学生によると終了したそうだ。論文に必要な実験も終わったので、あとは査読者から特別に要求されない限り実験は無さそうだ(結構再実験を要求されたりするが)。SDPA クラスタは Redhat 7.3 と現在では大変古いOSなので、Fedora Core 3 以降に入れ替えたいと思う。40台の再インストールは Lucie(ホームページが見つからない) 管理を採用しても良いだろう。
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Opteron のマザーボード

2005年10月17日 20時33分31秒 | Weblog

今日は15日に報告したメモリ認識の問題について業者の人に尋ねた。マシンには 1GB のメモリが4枚存在するので合計は 4GB(4096MB)になるはずであるが、BIOS レベルでは 3040MB のメモリしか認識していない。

マザーボードは RIOWORKS の HDAMEX-SLI で、ビデオカードは ELSA-GD743-256ER(GeForce 6600. 256MB)であるが、このビデオカードがメインメモリから CPU の数の分だけ 256MB ずつ確保しているらしい。つまり Dual Opteron (Dual Core)なので CPU は4つ存在して、合計 256MB×4 = 1024MB ぐらいのメモリがビデオカードに割り当てられている可能性がある。

OSだが、Fedora Core 4 for x86_64 をインストールして一通り yum -y update したら正常に動作するようになった。Fedora Core 3 for x86_64 はハードディスクが SATA で First & Second IDE に HDD が存在しないことが原因であると思われる。SATA のハードディスクは Thrid IDE に存在している。いずれにしても業者の調査待ち状態である。


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