最適化問題に対する超高速&安定計算

クラスタ計算機やスーパーコンピュータ上での大規模最適化問題やグラフ探索などの研究のお話が中心

ネットワークフロー問題と LP その8

2017年04月30日 00時23分35秒 | Weblog
ネットワークフロー(多品種フロー問題)の LP を用いて gurobi 7.0.2 と CPLEX 12.7.1 の実験結果も追加してみました。

◎問題 30.new.mps

◯ GLPK 4.61
計算サーバ 32.30s

◯ Cbc 2.9.8
計算サーバ 14.82s

◯ SCIP 3.2.1
計算サーバ 57.01s

◯ CPLEX 12.7.1
計算サーバ 322.67s

◯ Gurobi 7.0.2
計算サーバ 94.28s

◯計算サーバ
CPU : Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2650 v3 @ 2.30GHz x 2
メモリ:256GB
OS : CentOS 7.3
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5月 IMI Colloquium

2017年04月29日 00時30分25秒 | Weblog
5月 IMI Colloquium

日時:2017年5月10日(水)
16:45-17:45

場所:九州大学 マス・フォア・インダストリ研究所 ウエスト1号館 D棟 4階
IMIオーディトリアム(W1-D-413)(円形階段教室)

講師:江原 学 氏 (博士(工学)) (西日本旅客鉄道株式会社 施設部 施設技術室 室長)

講演タイトル: 鉄道線路保守技法に潜む定常波分解手法の発見と他工学分野応用への可能性

講演要旨:
鉄道線路保守業務、(以下、保線業務)で古くより用いてきた「弦で軌道の変形を測り修正移動量を演算する」手法の中に、任意の入力データを定常波(位相差・直流成分なし)に分離する特殊なフーリエ変換機能の内在が明らかになった。
これにより、どのような区間であっても「軌道の連続」が必ず保証される修正移動量が導ける特性や、不可避に生じる測定誤差が第1~5定常波に95%集中する特性を利用した誤差除去法、加えて、整備後の軌道には(1/F)^2 [F:周波数]ゆらぎの成分が自然と残る特性など、保線業務上の実メリットが理論的に明らかになった。
あわせて、本知見の他工学分野への応用の可能性について考察する。
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イースト1,2号館と中央図書館:2017年4月27日

2017年04月28日 10時30分41秒 | Weblog
センター3号館と中央図書館の間の空中通路の工事が始まっています。
http://shisetsu.jimu.kyushu-u.ac.jp/item/photo/central_library.jpg








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SDPA-GMP, SDPA-QD, SDPA-DD : Github

2017年04月27日 00時12分52秒 | Weblog
Github 上の SDPA-GMP, SDPA-QD, SDPA-DD です。

https://github.com/nakatamaho/sdpa-gmp
https://github.com/nakatamaho/sdpa-qd
https://github.com/nakatamaho/sdpa-dd
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日本の研究開発、次世代の人材不足が懸念

2017年04月26日 00時43分08秒 | Weblog
日本の研究開発、次世代の人材不足が懸念 科学技術振興機構
2017/4/23 21:02

 ■科学技術振興機構 エネルギーや材料科学、生命科学など168の領域について国内外の研究動向をまとめた。中国が研究開発投資額や論文数で、米国に次いで世界2位になった。日本は燃料電池や耐熱材料、暗号技術などでリードしているものの、低迷していると分析した。
 公表した「研究開発の俯瞰(ふかん)報告書」によると、日本の大きな課題として人材不足を挙げた。博士号取得者が減少傾向にあるのは主要国の中では日本だけで、次世代の研究開発力の低下が懸念されるという。特に、様々な分野で基盤となる計算科学系の人材不足が目立つ。現状では日本がリードしている免疫科学でも、基礎科学を志す若手が減少しており、安泰ではないと指摘している。
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サーバ故障に関して その2

2017年04月25日 00時07分05秒 | Weblog




マシンの仕様
SandyBridge-EP 32 コアマシン
CPU Intel Xeon E5-4640 (8-core 2.40GHz 16MB cacheTDP:95w) x 4
Memory 512GB DDR3 1600Mhz (16GB x 32枚) x 32
HDD 3TB x 1
OS : CentOS 7.3



マシンの仕様
Intel Xeon + 4 GPU マシン
CPU:Xeon X5690(3.46GHz,6core)×2
Memory:192GB(16GB×12)
HDD:SATA500GB×2
NIC : GbE x 1 & Inifiniband(FDR) x 1
GPGPU:Tesla C2075(C2070)×4
OS:CentOS 7.2


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CREST・さきがけ・ACT-I平成29年度研究提案募集のご案内

2017年04月24日 00時41分39秒 | Weblog
CREST11研究領域、さきがけ14、ACT-I1研究領域ダウンロードにおいて募集を行います。

<スケジュール>
募集締切:
  CREST/ 平成29年6月6日(火)正午
  さきがけ・ACT-I/ 平成29年5月30日(火)正午
書類選考結果の通知: 平成29年7月中旬~8月上旬
面接選考期間: 平成29年7月下旬~8月中旬
研究開始: 平成29年10月以降
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先駆的科学計算に関するフォーラム2017

2017年04月23日 00時28分25秒 | Weblog
先駆的科学計算に関するフォーラム2017


1.先駆的科学計算に関するフォーラム2017
  (Forum on Advanced Scientific Computing 2017)
  ~先端的計算科学研究プロジェクト成果報告 plus a bit extra~

九州大学情報基盤研究開発センターでは,最新のハイパフォーマンスコンピューテ
ィング(HPC)に関する先端的研究成果の紹介や研究用計算機システム利用者の情報交
換の場として,標記フォーラムを開催いたします.今回は,平成28年度先端的計算科
学研究プロジェクト成果報告を採択者の方に行っていただきます.また,新スーパー
コンピュータシステムの概要を紹介します.フォーラムはどなたでも参加可能です.
センターの研究用計算機システムを使われたことがない方,計算科学に興味をお持ち
の方の参加も歓迎いたします.お申し込みの際は本記事末尾の書式をご利用ください.

■日時: 2017年4月28日(金) 10時20分~16時45分
■場所: 九州大学 伊都キャンパス 情報基盤研究開発センター 2階 多目的教室
■主催: 九州大学情報基盤研究開発センター
■申込先: 情報基盤課全国共同利用担当
Tel: 092-802-2683
E-mail: zenkoku-kyodo(at)iii.kyushu-u.ac.jp

■プログラム案
-----------------------------------------------------------------------------
・10:20-10:30 挨拶

・10:30-10:50 安倍 賢一 (九州大学 大学院工学研究院)
「壁面乱流特性スケールを反映した LES/RANS ハイブリッドモデルによる
自動車空気力学における流体現象の予測精度改善の検証」

・10:50-11:10 古山 通久 (九州大学 稲盛フロンティア研究センター)
「固体酸化物形燃料電池電極における網羅的安定表面構造の探索と酸素解離
反応機構の解析」

・11:10-11:30 難波 優輔 (九州大学 稲盛フロンティア研究センター)
「大規模第一原理計算を用いた担時金属ナノ粒子の電子状態解析」

・11:30-11:50 石元 孝佳 (九州大学 稲盛フロンティア研究センター)
「大規模計算を活用した金属ナノ粒子の機能発現機構に関する第一原理計算」

--- 昼食 ---

・13:00-13:20 近藤 正章,坂本 龍一 (東京大学 大学院情報理工学系研究科)
「大規模スーパーコンピュータにおける電力資源管理システムのスケーラ
ビリティ評価」

・13:20-13:40 井上 弘士, 小野 貴継 (九州大学 大学院システム情報科学研究院)
「スーパーコンピュータにおける電力性能最適化フレームワークの評価」

・13:40-14:00 柴村 英智 (九州先端科学技術研究所)
「エクサスケール向け通信ライブラリACPの性能評価と高度利用技術の実証実験」

--- 休憩 ---

・14:10-14:30 高橋 裕介 (北海道大学 大学院工学研究院)
「地球大気再突入時における小型衛星の空力加熱・電磁波挙動解析に対する
CFD-FDTDソルバーの特性評価」

・14:30-14:50 荻野 正雄 (名古屋大学 情報基盤センター)
「沿岸構造物におけるFEM-SPH法による大規模シミュレーション」

・14:50-15:10 山田 和豊 (九州大学 大学院工学研究院)
「格子ボルツマン法を用いた最適設計ファンの空力性能・騒音評価」

--- 休憩 ---

・15:20-15:40 古川 雅人,齋藤 誠志朗 (九州大学 大学院工学研究院)
「遷音速軸流圧縮機における衝撃波を伴う複雑内部流動現象の解明」

・15:40-16:00 大川 恭行 (九州大学 生体防御医学研究所)
「大規模情報処理パイプラインによる次世代シークエンサーによる
エピゲノム解析」

--- 休憩 ---

・16:05-16:30 「新スーパーコンピュータシステムの紹介」
[内容] 2017年10月運用開始予定の新スーパーコンピュータシステムの概要を紹介します.

・16:30-16:45 (自由討論)

*敬称略.*講演時間は質疑応答時間を含みます.
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大学院数理学府入学案内

2017年04月22日 00時56分40秒 | Weblog
数理学府・修士課程・博士後期課程の願書受付、試験日

平成30年度修士課程(平成30年4月入学)
一般選抜
試験日程
数理学コース 平成29年8月17日(木), 18日(金)
MMAコース 平成29年8月17日(木)
願書受理期間 平成29年6月27日(火)~7月7日(金)[17:00必着]
募集人員(54名)
数理学コース 46名程度
MMAコース 8名程度

社会人特別選抜
試験日程 平成29年8月18日(金)
願書受理期間 平成29年6月27日(火)~7月7日(金)[17:00必着]
募集人員
数理学コース 若干名
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サーバ故障に関して

2017年04月21日 00時19分14秒 | Weblog





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九州大学 スーパーコンピュータシステム 開札 4/20 15:00

2017年04月20日 00時06分27秒 | Weblog
以下の開札が今週 4/20 15:00 となりました。。。

【九州大学】 スーパーコンピュータシステム 【入札 締切:2/28】

機関名
九州大学

件名
スーパーコンピュータシステム

調達方式
借入

借入期間
平成29年10月1日から平成35年2月28日

これまでの流れ
手続き 公示日 説明会開催日 締切日
入札 2016/12/21 2017/1/6 13:30
九州大学箱崎キャンパス本部第二庁舎3階 第三会議室 2017/2/28 17:00
開札 2017/4/20 15:00

意見招請 2016/09/06 2016/09/15 11:00
九州大学情報基盤研究開発センター第一会議室 2016/10/5 17:00

資料招請 2015/10/21 2015/10/28 14:15
九州大学情報基盤研究開発センター第一会議室 2015/12/17 17:00
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イースト1,2号館と中央図書館:2017年4月17日

2017年04月19日 00時53分45秒 | Weblog









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計算機サーバ室 2017年4月

2017年04月18日 00時55分38秒 | Weblog
4月17日(月)に落雷による停電がありましたので、以下の2台が壊れてしまいました。。。

fusion
fermi2

復旧(復活)の見込みはありません。。。
---------------------------------------------

計算機サーバ室における CPU コア数は合計で 780 コアぐらいです(HyperThreading off の場合)

計算機サーバ室
サーバ名 ノード数 1ノードあたりのコア数 合計コア数
HP Moonshot 45 4 180
HP GPU Cluster 16 8 128
cmu 1 4 4
huawei 1 60 60
phi 1 24 24
ds 1 36 36
ssd910 1 32 32
westmere 1 32 32
fusion 1 32 32
numa 1 16 16
opt 1 8 8
sdpa 1 8 8
hpcs01 1 20 20
hpcs02 1 20 20
fermi1 1 12 12
fermi2 1 12 12
opt Culster 9 12 108
fedora25 1 4 4
nvm 1 24 24
pas 1 20 20
合計 780 コア

サーバ室以外の計算機
titan2 1 6 6
camera 1 2 2














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GraphCREST ホームページ移転 その2

2017年04月17日 00時10分28秒 | Weblog
GraphCREST プロジェクトはすでに終了しておりますが、現在のホームページから研究室のサーバ上に移転しました。もうすぐ旧ホームページは停止されます。。。

GraphCREST 旧ホームページ

GraphCREST 現ホームページ


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Intel® Parallel Studio 2017 Update3

2017年04月16日 23時34分11秒 | Weblog
Intel® Parallel Studio 2017 Update3が登場しましたので、以下の比較実験を行いました。

ソフトウェア SDPA 7.4.0

◯問題1:karate.dat-s
gcc 4.8.5 + OpenBLAS 0.2.20 : 156.84s
icc 17.0.3 + Intel MKL 2017.2 : 105.72s

◯問題2:DSJC500.9.dat-s
gcc 4.8.5 + OpenBLAS 0.2.20 : 48.13s
icc 17.0.3 + Intel MKL 2017.2 : 33.42s

◯問題3:NH3+.2A2\".STO6G.pqgt1t2p.dat-s
gcc 4.8.5 + OpenBLAS 0.2.20 : 158.92s
icc 17.0.3 + Intel MKL 2017.2 : 158.55s

◯計算サーバ
CPU : Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2630 v4 @ 2.20GHz x 2個
メモリ:512GB
GPU : NVIDIA Tesla P100
OS : CentOS 7.3
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