気になるニュース(3/10)

# 全然チェックできていません…あしからず

・アップル、iPhone 2.0ソフトウェアのベータ版を発表
・「iPhone」「iPod touch」アプリ開発企業を支援--「iFund」が設立:ニュース - ZDNet Japan
・フォトレポート：アップルiPhone SDKイベント--待望の開発ツール発表:モバイルチャンネル - CNET Japan
・アップル、iPhone SDKイベント開催:モバイルチャンネル - CNET Japan
・iPhone v2.0 ベータ開始、6月提供 - Engadget Japanese
・iPhone SDK開発者向け情報、比較チャート - Engadget Japanese
・iPhone / iPod touch ネイティブSDK発表 - Engadget Japanese
・速報：アップル iPhone Software Roadmapプレスカンファレンス - Engadget Japanese
　# うぅむ、6月まで待つか、とっとと使い始めてアップグレード・フィーを支払うか…ビミョーだ

・アップルのS・ジョブズ氏、がん発病を9カ月間秘密に--フォーチュン誌で是非問われる:スペシャルレポート - CNET Japan
　# Jobs閣下の健康状態でAppleの株価が左右される…なんだかなぁ…

・謹告　ナショナルデスクヒータ 製品交換のお知らせ｜松下電器産業株式会社
　# こんなのがあったのか…DR2456、DC-2456P、DC-PD1だそうです…心当たりのある方、ご確認を

・動画：自作の巨大空気砲でハッピー・バースデー | WIRED VISION
　# すげぇ…やってみてぇ…

・「関サバ」消えた　漁獲激減「このままでは幻の魚」　地球温暖化や乱獲が影響？　 (1/2ページ) - MSN産経ニュース
　# げ…じゃぁ、福岡へ行っても関サバ食えないの？

・学習机に違法材使用の恐れ　保護団体が確認呼び掛け - MSN産経ニュース
　# うちの坊主達の机にそんなマーク付いてたっけ？

・温暖化防止：「深夜テレビ自粛を」　政府対策、目標達成厳しくやり玉－－自民総務会 - 毎日ｊｐ(毎日新聞)
　# 責任転嫁合戦のスタートです

・いじめ言葉から「学校裏サイト」監視…群大教授ら実証実験へ : 科学 : YOMIURI ONLINE（読売新聞）
　# 閉鎖性の高いSNSでやられたら手がつけられないだろうに

・仕事の電話も“自分のケータイ”が7割 - ITmedia +D モバイル
　# 2in1契約したら払ってくれるかしら？

・3月のMSパッチはOffice関連4件、いずれも緊急レベル - ITmedia エンタープライズ
　# 日本時間で3月12日だそうです

・SECURITY SHOW 2008：“紅い目”はすべてを知っている――暗闇で録画もできる懐中電灯 - ITmedia Biz.ID
　# これ、夜行性動物の録画に使えないかな？

・『Mac』デスクトップを「重力で崩壊」させるウイルス | WIRED VISION
　# さすがMac、ウィルスもお茶目です

・「世界最薄」有機EL搭載ワンセグテレビ - ITmedia D LifeStyle
　# 有機ELだから結構鮮明に映るんだろうな…しかし、これが3万円とは、凄い時代だ

・つい口に出る「微妙」な日本語：「ちょっと……」　──ちょっと何なのだ！ - ITmedia Biz.ID
　# 「ちょっと」…意味なく使うとトラブルの元です

・MS、「Office Live Small Business 日本語版」を正式スタート - 個人利用可 | 経営 | マイコミジャーナル
・MS、「Office Live Workspace」β版を全世界で提供 - ITmedia News
　# やっぱしMacはダメなのか…

・公共PCにWindows Messengerの偽アプリ発見、ID窃盗が目的か - ITmedia エンタープライズ
　# そんなものが仕掛けてあるのか

・S・ジョブズCEO、iPhoneと引退後について語る--アップル株主総会:ニュース - CNET Japan
　# 今となっては、Jobs亡き後のAppleなんて想像できない…

・パーソナルデータベース「Bento」日本語版発売 - ITmedia News
・あくまでシンプル、個人向け。米FileMaker社長に聞く「Bento」 (1/2) - ITmedia Biz.ID
・【特集】緊急解説! Bento - 新世代"パーソナルDB"の全貌をつかむ(前編) (1) 表計算万能主義に一石を投じる「Bento」 | パソコン | マイコミジャーナル
　# iPod touchを買うときは、一緒に買うと思います

・iPodをボイスレコーダーにする録音用アダプタ、ロジテックから - ITmedia D LifeStyle
　# これもiPod touchを買うときの付録になりそう

・アクセスしにくい独立行政法人のサイト、7割以上に - ITmedia エンタープライズ
　# うちの会社は…？

・携帯で探せる“トイレの場所”──「Check A Toilet モバイルβ版」開始 - ITmedia +D モバイル
　# 都心ではあまり困ったことはないが、見知らぬ土地では重宝しそう

・FirewireでWindowsをハッキング、研究者がツール公開 - ITmedia エンタープライズ
　# WindowsのFirewireって使っている人いるの？

・GoogleのAndroid SDKに脆弱性 - ITmedia エンタープライズ
　# いま現在、Android携帯があるわけじゃないので、問題はないですよね

・「mixi日記、無断書籍化はしない」――規約改定の意図をミクシィが説明 - ITmedia News
　# 「しない」といっているだけで、規約上は出来ちゃうわけでしょ？そんなところにしがみつかなきゃいけない状況じゃなくてよかったと…

・Apple WebKitに非公開API? Safariの高速さの秘密か | ネット | マイコミジャーナル
　# うぅん…そうすると、Windows版のSafariは何なんだ？

・ ロシア軍の戦車、ウオツカに酔って民家に激突か | 世界のこぼれ話 | Reuters
　# ウォッカを戦車で買いに来られても…

・オランダでハイヒール履いた女性125人による競走 | 世界のこぼれ話 | Reuters
　# ハイヒールで走るのは危険なのでやめましょう

・ 米バーモント州の町、大統領らの逮捕導く可能性ある措置を可決＝メディア | 世界のこぼれ話 | Reuters
　# 地方自治体に告発される大統領…

・一体どうやってドアは開くのか？　仏ルノーの新コンセプトカー - Technobahn
　# 緊急のときに出られなさそう…

・ソニエリ「ドコモ向け携帯からの撤退はない」　一部報道にコメント - ITmedia News
・ソニエリ、ドコモ向け携帯電話の商品化計画を見直し - ITmedia D モバイル
　# ソニエリが抜けるとドコモとしても痛手だろうて

・3分LifeHacking：折りたためる「30センチ定規」を使う - ITmedia Biz.ID
　# 別にそういう仕事をしているわけじゃないが…便利かも

・MS Accessの脆弱性突いたトロイの木馬が出現 - ITmedia エンタープライズ
　# .mdbファイルには十分注意しましょう

・asahi.com：声優の広川太一郎さん死去 - おくやみ
　# あの声はもう生では聞けないのか…ご冥福をお祈りします

Science News | March 10(3), 2008

# あと一息…

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花粉と葉緑体の形成に働く重要な遺伝子を発見 | 独立行政法人 理化学研究所 研究成果

Allelic mutant series reveal distinct functions for Arabidopsis cycloartenol synthase 1 in cell viability and plastid biogenesis.
Elena Babiychuk, Pierrette Bouvier-Navé, Vincent Compagnon, Masashi Suzuki, Toshiya Muranaka, Marc Van Montagu, Sergei Kushnir, Hubert Schaller.
PNAS 105, 3163-3168 (2008) | doi:10.1073/pnas.0712190105

Sterols have multiple functions in all eukaryotes. In plants, sterol biosynthesis is initiated by the enzymatic conversion of 2,3-oxidosqualene to cycloartenol. This reaction is catalyzed by cycloartenol synthase 1 (CAS1), which belongs to a family of 13 2,3-oxidosqualene cyclases in Arabidopsis thaliana. To understand the full scope of sterol biological functions in plants, we characterized allelic series of cas1 mutations. Plants carrying the weak mutant allele cas1–1 were viable but developed albino inflorescence shoots because of photooxidation of plastids in stems that contained low amounts of carotenoids and chlorophylls. Consistent with the CAS1 catalyzed reaction, mutant tissues accumulated 2,3-oxidosqualene. This triterpenoid precursor did not increase at the expense of the pathway end products. Two strong mutations, cas1–2 and cas1–3, were not transmissible through the male gametes, suggesting a role for CAS1 in male gametophyte function. To validate these findings, we analyzed a conditional CRE/loxP recombination-dependent cas1–2 mutant allele. The albino phenotype of growing leaf tissues was a typical defect observed shortly after the CRE/loxP-induced onset of CAS1 loss of function. In the induced cas1–2 seedlings, terminal phenotypes included arrest of meristematic activity, followed by necrotic death. Mutant tissues accumulated 2,3-oxidosqualene and contained low amounts of sterols. The vital role of sterols in membrane functioning most probably explains the requirement of CAS1 for plant cell viability. The observed impact of cas1 mutations on a chloroplastic function implies a previously unrecognized role of sterols or triterpenoid metabolites in plastid biogenesis.

　# 「ステロール生合成に関わるCAS1遺伝子が葉緑体の形成に働くとは驚きである」と称されたそうです

シロイヌナズナhmg1変異体宇宙を飛ぶ！ | 独立行政法人 理化学研究所 お知らせ
　# で、その変異体が明日、宇宙へ飛び立つそうな

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人体力学シミュレーションのための軟組織の非線形物性値データベースを構築 | 独立行政法人 理化学研究所プレスリリース

人体力学シミュレーション 物性値データベース
　# 人体組織の物性データベースだそうな
　# トップページメインフレームからデータベースへのリンクボタンはURLが間違っているので飛べないようです
　# 左フレームの「データベース」というリンクから飛べます

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ハンチントン病の発症に関わる新たな転写因子「NF-Y」を発見 | 独立行政法人 理化学研究所プレスリリース

Mutant Huntingtin reduces HSP70 expression through the sequestration of NF-Y transcription factor.
Tomoyuki Yamanaka, Haruko Miyazaki, Fumitaka Oyama, Masaru Kurosawa, Chika Washizu, Hiroshi Doi, Nobuyuki Nukina.
The EMBO Journal, Advance online publication | doi: 10.1038/emboj.2008.23

In Huntington's disease (HD), mutant Huntingtin, which contains expanded polyglutamine stretches, forms nuclear aggregates in neurons. The interactions of several transcriptional factors with mutant Huntingtin, as well as altered expression of many genes in HD models, imply the involvement of transcriptional dysregulation in the HD pathological process. The precise mechanism remains obscure, however. Here, we show that mutant Huntingtin aggregates interact with the components of the NF-Y transcriptional factor in vitro and in HD model mouse brain. An electrophoretic mobility shift assay using HD model mouse brain lysates showed reduction in NF-Y binding to the promoter region of HSP70, one of the NF-Y targets. RT–PCR analysis revealed reduced HSP70 expression in these brains. We further clarified the importance of NF-Y for HSP70 transcription in cultured neurons. These data indicate that mutant Huntingtin sequesters NF-Y, leading to the reduction of HSP70 gene expression in HD model mice brain. Because suppressive roles of HSP70 on the HD pathological process have been shown in several HD models, NF-Y could be an important target of mutant Huntingtin.

　# NF-Yが原因ということではなく、生じたPolyQ凝集体にNF-Yが結合することで不活性化し、
　# それが制御するHSP70が発現低下して、さらにfolding出来ない異常タンパク質を増やすんだそうな

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ブーメラン、宇宙空間でどう戻る？土井飛行士が“実験”へ : 科学 : YOMIURI ONLINE（読売新聞）
　# そりゃ、重力下で飛ぶものは、無重力下では上昇し続けることになるわな

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筑波大プラズマ研センター長を解任、論文データ不適切に処理 : 科学 : YOMIURI ONLINE（読売新聞）

データ改ざん：筑波大教授ら、核融合研究の論文で　センター長を解任 - 毎日ｊｐ(毎日新聞)

Observation and Control of Transverse Energy-Transport Barrier due to the Formation of an Energetic-Electron Layer with Sheared E×B Flow.
T. Cho, J. Kohagura, T. Numakura, M. Hirata, H. Higaki, H. Hojo, M. Ichimura, K. Ishii, K. Md. Islam, A. Itakura, I. Katanuma, R. Minami, Y. Nakashima, T. Saito, Y. Tatematsu, O. Watanabe, M. Yoshikawa, A. Kojima, Y. Miyake, Y. Miyata, K. Shimizu, Y. Tomii, M. Yoshida, K. Sakamoto, T. Imai, V. P. Pastukhov, S. Miyoshi.
Phys. Rev. Lett. 97, 055001 (2006) | doi:10.1103/PhysRevLett.97.055001

Off-axis electron-cyclotron heating in an axisymmetric barrier mirror produces a cylindrical layer with energetic electrons, which flow through the central cell and into the end region. The layer, producing a localized bumped ambipolar potential Φ_C, forms a strong shear of radial electric fields E_r and peaked vorticity with the direction reversal of E_r×B sheared flow near the Φ_C peak. Intermittent vortexlike turbulent structures near the layer are suppressed in the central cell by this actively produced transverse energy-transport barrier; this results in T_e and T_i rises surrounded by the layer.

　# こちらの論文だそうです

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アマチュア天文家の板垣さん、超新星３７個目を発見 : 科学 : YOMIURI ONLINE（読売新聞）
　# 本当に凄いです

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８９００万年前の花の化石発見、腐りやすく希少 : 科学 : YOMIURI ONLINE（読売新聞）
　# まだ論文に載っているわけじゃないのね
　# それにしても、花なんて軟組織がよくも化石として残っているもんだな

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生物通し温暖化考える、千葉でシンポジウム開催 : 科学 : YOMIURI ONLINE（読売新聞）

「温暖化のスピード、生物追いつけぬ」千葉のシンポ閉幕 : 科学 : YOMIURI ONLINE（読売新聞）
　# ここ最近の気候変動は、あまりにも急激だから、生物が進化で対応する暇はないわな

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視力：緑藻で回復　網膜に遺伝子注入、ラットで実験成功－－東北大グループ - 毎日ｊｐ(毎日新聞)

【科学】緑藻の遺伝子注入　失明ラット、光に反応 - MSN産経ニュース (3/17追加)
　# 「遺伝子を注入」って、ORFのDNA断片をそのまま注射したわけじゃあるまい？
　# 論文はないのかね？
　# 産経の方が分かりやすいなんて珍しい

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カーボンナノチューブ：マウスに中皮腫　形状、がん誘発か－－国立食品研確認 - 毎日ｊｐ(毎日新聞)
　# とりあえず、CNTを作っている方や使っている方は、吸引しないように十分注意した方が良さそうです

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ツバル：地面から海水じわじわ　水没危機の島、年間最高潮位 - 毎日ｊｐ(毎日新聞)
　# ツバル沈没は時間の問題…

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京大サイクロトロンのドキュメンタリー映画を制作　東大の研究生 (1/2ページ) - MSN産経ニュース
　# どっちかといったら、理研の方を題材として扱った方がよかったんじゃないかと…

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羊膜で遺伝子治療用細胞　ＪＳＴ・北里大がベンチャーを設立 - MSN産経ニュース
　# これも蒲郡か…蒲郡に何かあるのか？

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オオサンショウウオの“完全放流”は困難に (1/2ページ) - MSN産経ニュース
　# カエルツボカビ…日本の両生類は生き残れるのか…

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クジラの肉「牛肉より環境に優しい」　ノルウェーの活動家 - MSN産経ニュース
　# まぁ、全ての肉をクジラで賄うのは無理だから、そういう主張もどうかとは思うが…

Science News | March 10(2), 2008

# 今日中に全てを載せられるかビミョー

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人間に近づくロボットたち - ITmedia News
　# ブレードランナーの世界はもうすぐ？

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黄砂の甚大な被害と、「国家機密」としてデータ共有を拒否する中国 | WIRED VISION
　# 花粉よりも黄砂を吸いたくないのでマスクしています

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米軍の天候制御技術：「敵国の経済を破壊する気象兵器」文書が明らかに | WIRED VISION
　# 天候制御なんてことが既に出来ていたということ？

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電気自動車インフラ計画、日本での交渉が進行中 | WIRED VISION
　# バッテリーを丸ごと交換するという発想は新鮮…

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磁気で浮かべてリアルな触覚実現、米大学が開発 - ITmedia News

「2ミクロンの精度で操作できる」触覚インターフェースを体験 | WIRED VISION
　# 2 µm精度…もはや職人の領域に近づいたな

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MS国際研究所「完全に無音の部屋」レポート | WIRED VISION
　# 脳は本物の静寂を許容できないということ？

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「牛のふん」エネルギー、実用化スタート - ITmedia News
　# 牛糞を放置して発酵で発生する循環しにくいメタンガスを放出するよりも、燃料にすれば、循環しやすくなる上にエネルギーも得られるわけだ

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X線CTで化石の内部構造を見る：画像ギャラリー | WIRED VISION
　# X線CT技術といい、3Dモデリングといい、技術革新のなせるわざ…

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動画：さまざまに変形する、群行動の微小ロボット | WIRED VISION

Shape-shifting robot forms from magnetic swarm - robots - 29 January 2008 - New Scientist Tech
　# もしかして、例の終了するプロジェクトは、将来、こういう技術の生体分子版の先駆けということで注目されるんではなかろうか…なんてね

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三洋電機、走りながら充電する電動ハイブリッド自転車 | WIRED VISION
　# 自転車にも回生ブレーキ

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asahi.com： 絶滅危惧種のオキナワトゲネズミ、１５年ぶり撮影成功 - サイエンス

asahi.com： オキナワトゲネズミ、３０年ぶり捕獲　沖縄 - サイエンス

絶滅危惧種のオキナワトゲネズミ、３０年ぶりに確認 : 科学 : YOMIURI ONLINE（読売新聞）
　# 「写真撮ったどぉ」って記事にした翌日に捕獲されますた

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asahi.com： 「次世代時計」１０億年で誤差１秒以内　米研究所開発 - サイエンス

Frequency Ratio of Al⁺ and Hg⁺ Single-Ion Optical Clocks; Metrology at the 17th Decimal Place.
T. Rosenband, D. B. Hume, P. O. Schmidt, C. W. Chou, A. Brusch, L. Lorini, W. H. Oskay, R. E. Drullinger, T. M. Fortier, J. E. Stalnaker, S. A. Diddams, W. C. Swann, N. R. Newbury, W. M. Itano, D. J. Wineland, J. C. Bergquist.
Science, Science Expresss | DOI: 10.1126/science.1154622

Time has always had a special status in physics because of its fundamental role in specifying the regularities of nature and because of the extraordinary precision with which it can be measured. This precision enables tests of fundamental physics and cosmology, as well as practical applications such as satellite navigation. Recently, a regime of operation for atomic clocks based on optical transitions has become possible, promising even higher performance. We report the frequency ratio of two optical atomic clocks with a fractional uncertainty of 5.2 x 10^-17. The ratio of aluminum and mercury single-ion optical clock frequencies ν_Al⁺/ν_Hg⁺ is 1.052871833148990438(55), where the uncertainty comprises a statistical measurement uncertainty of 4.3 x 10^-17, and systematic uncertainties of 1.9 x 10^-17 and 2.3 x 10^-17 in the mercury and aluminum frequency standards, respectively. Repeated measurements during the past year yield a preliminary constraint on the temporal variation of the fine-structure constant α of α/α = (–1.6 ± 2.3) x 10^-17/year.

　# 現在のセシウム原子時計よりもさらに10倍正確…ところで、時間っていったい何なんだろう

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asahi.com： 乳歯の幹細胞から歯を支える骨　名古屋大が犬で成功 - サイエンス

乳歯幹細胞：子犬の乳歯で親の骨再生　名古屋大など「歯槽膿漏治療に」 - 毎日ｊｐ(毎日新聞)

子犬の歯で親の骨を再生　名古屋大教授らが成功 - MSN産経ニュース
　# これってヒトで考えると、子供の乳歯から幹細胞をとって親の骨を再生するってことよね…実際問題、そこまでするかどうか…

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# あいかわらずiPS細胞関連のニュースだらけ…いっそのこと「今日のiPS細胞」ってエントリーでも作ろうか

asahi.com： ｉＰＳ研究で産学が「お見合い」へ　国際競争力高める - サイエンス

ｉＰＳ細胞：研究ネット、発足へ－－文科省 - 毎日ｊｐ(毎日新聞)
　# オールジャパンもいいけど、きちんと情報共有と共に守秘出来るのかが問題じゃないかと…

asahi.com： 日本人患者からｉＰＳ細胞作製へ　病気解明へ京大チーム - サイエンス

ｉＰＳ細胞：日本人の細胞で作成へ－－京大・山中教授が計画 - 毎日ｊｐ(毎日新聞)

日本人で万能細胞作製へ　皮膚や胃から　山中教授 - MSN産経ニュース
　# 国産技術なんだから当然やって欲しいわな

難病解明に万能細胞、患者細胞から作成・研究を計画…京大 : 科学 : YOMIURI ONLINE（読売新聞）

ｉＰＳ細胞で難病の治療法を研究　京大グループ - MSN産経ニュース
　# 遺伝的バックグランドをもつ細胞を使って発病過程を解析するというのは有効な手段ですね

京都大ｉＰＳ細胞研究センター新年度に着工、１年前倒し : 科学 : YOMIURI ONLINE（読売新聞）
　# 異常なほどの素早い動きだな

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asahi.com： 欧州、無人補給機を打ち上げ　ＩＳＳとドッキングへ - サイエンス

国際宇宙ステーションへ欧州補給機、仏領ギアナで打ち上げ : 科学 : YOMIURI ONLINE（読売新聞）
　# 無人なんだ…凄いな

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シード光を入射する新方式で短波長自由電子レーザー光の発生に成功 | 独立行政法人 理化学研究所プレスリリース

Injection of harmonics generated in gas in a free-electron laser providing intense and coherent extreme-ultraviolet light.
G. Lambert, T. Hara, D. Garzella, T. Tanikawa, M. Labat, B. Carre, H. Kitamura, T. Shintake, M. Bougeard, S. Inoue, Y. Tanaka, P. Salieres, H. Merdji, O. Chubar, O. Gobert, K. Tahara, M.-E. Couprie.
Nature Physics, Advance online publication | doi:10.1038/nphys889

Conventional synchrotron radiation sources enable the structure of matter to be studied at near-atomic spatial resolution and picosecond temporal resolution. Free-electron lasers promise to extend this down to femtosecond timescales. The process by which free-electron lasers amplify synchrotron light―known as self-amplified spontaneous emission―is only partially temporally coherent, but this can be improved by seeding it with an external laser. Here we explore the use of seed light produced by high-order harmonic generation in a gas, covering wavelengths from the ultraviolet to soft X-rays. Using the SPring-8 Compact SASE Source test accelerator, we demonstrate an increase of three orders of magnitude in the intensity of the fundamental radiation at 160 nm, halving of the free-electron laser saturation length, and the generation of nonlinear harmonics at 54 nm and 32 nm. The low seed level used in this demonstration suggests that nonlinear harmonic schemes should enable the generation of fully coherent soft X-rays at wavelengths down to the so-called 'water window', vital for the study of biological samples.

　# 「単色性に優れたFELを真空紫外領域で発振させることに世界で初めて成功」したんだそうです

Science News | March 10(1), 2008

# さすがにこれだけ間が空くと溜まりすぎる…

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Biotechnology Japan | NCI、早老症の原因たんぱくは間葉系幹細胞におけるNotch経路に異常をもたらして加齢を加速か

Lamin A-dependent misregulation of adult stem cells associated with accelerated ageing.
Paola Scaffidi, Tom Misteli.
Nature Cell Biology, Advance online publication | doi:10.1038/ncb1708

The premature-ageing disease Hutchinson-Gilford Progeria Syndrome (HGPS) is caused by constitutive production of progerin, a mutant form of the nuclear architectural protein lamin A. Progerin is also expressed sporadically in wild-type cells and has been linked to physiological ageing. Cells from HGPS patients exhibit extensive nuclear defects, including abnormal chromatin structure and increased DNA damage. At the organismal level, HGPS affects several tissues, particularly those of mesenchymal origin. How the cellular defects of HGPS cells lead to the organismal defects has been unclear. Here, we provide evidence that progerin interferes with the function of human mesenchymal stem cells (hMSCs). We find that expression of progerin activates major downstream effectors of the Notch signalling pathway. Induction of progerin in hMSCs changes their molecular identity and differentiation potential. Our results support a model in which accelerated ageing in HGPS patients, and possibly also physiological ageing, is the result of adult stem cell dysfunction and progressive deterioration of tissue functions.

　# BTJもあてにならんなぁ…全然3月号じゃないじゃん
　# これって、例の「プロジェリア症候群」てのの一種だよね

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Roles of metal ions in nucleases.
Cynthia M Dupureur.
Current Opinion in Chemical Biology, Article in Press | doi:10.1016/j.cbpa.2008.01.012

The hydrolysis of phosphodiester bonds by metallonucleases is crucial to most aspects of nucleic acid processing. In recent years, studies of the classical restriction endonucleases have given way to the characterization of metallonucleases with widely divergent active site motifs. These developments fuel debates regarding the roles of metal ions in these enzymes. It is fortuitous that the current literature also includes the increased application of a variety of computational techniques to test the roles of metal ions in nucleic acid hydrolysis by these systems. This includes recent proposals and indirect evidence that these enzymes utilize metal ion movement in these reactions.

　# 仕事上、要チェック＞自分

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The Scientist : Blogs : Nobel laureate retracts Nature paper

Nobel prizewinner's paper retracted.
Heidi Ledford.
Nature 452, 13 (2008) | doi:10.1038/452013a

Retraction: Genetic tracing reveals a stereotyped sensory map in the olfactory cortex.
Zhihua Zou, Lisa F. Horowitz, Jean-Pierre Montmayeur, Scott Snapper, Linda B. Buck.
Nature 452, 120 (6 March 2008) | doi:10.1038/nature06819

This Article described patterns of labelling observed in olfactory cortex when a transneuronal tracer was co-expressed with single odorant receptor genes in the mouse olfactory epithelium. During efforts to replicate and extend this work, we have been unable to reproduce the reported findings. Moreover, we have found inconsistencies between some of the figures and data published in the paper and the original data. We have therefore lost confidence in the reported conclusions. We regret any adverse consequences that may have resulted from the paper's publication.

Genetic tracing reveals a stereotyped sensory map in the olfactory cortex.
Zhihua Zou, Lisa F. Horowitz, Jean-Pierre Montmayeur, Scott Snapper, Linda B. Buck.
Nature 414, 173-179 (8 November 2001) | doi:10.1038/35102506

The olfactory system translates myriad chemical structures into diverse odour perceptions. To gain insight into how this is accomplished, we prepared mice that coexpressed a transneuronal tracer with only one of about 1,000 different odorant receptors. The tracer travelled from nasal neurons expressing that receptor to the olfactory bulb and then to the olfactory cortex, allowing visualization of cortical neurons that receive input from a particular odorant receptor. These studies revealed a stereotyped sensory map in the olfactory cortex in which signals from a particular receptor are targeted to specific clusters of neurons. Inputs from different receptors overlap spatially and could be combined in single neurons, potentially allowing for an integration of the components of an odorant's combinatorial receptor code. Signals from the same receptor are targeted to multiple olfactory cortical areas, permitting the parallel, and perhaps differential, processing of inputs from a single receptor before delivery to the neocortex and limbic system.

　# 自ら論文を取り下げる勇気…

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火星から眺めた地球 - Technobahn

火星の太古の湖の岸辺 - Technobahn

NASA - Mars Reconnaissance Orbiter - NASA Spacecraft Photographs Avalanches on Mars
　# まさか、火星から眺めた地球を本物の写真で見られるとは…

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The Scientist : Blogs : Transfer RNA transforms tree of life

Transfer RNA transforms tree of life.
Feng-Jie Sun, Gustavo Caetano-Anollés.
PLoS Comput Biol 4 e1000018 (2008) | doi:10.1371/journal.pcbi.1000018

Transfer RNAs (tRNAs) are ancient molecules that are central to translation. Since they probably carry evolutionary signatures that were left behind when the living world diversified, we reconstructed phylogenies directly from the sequence and structure of tRNA using well-established phylogenetic methods. The trees placed tRNAs with long variable arms charging Sec, Tyr, Ser, and Leu consistently at the base of the rooted phylogenies, but failed to reveal groupings that would indicate clear evolutionary links to organismal origin or molecular functions. In order to uncover evolutionary patterns in the trees, we forced tRNAs into monophyletic groups using constraint analyses to generate timelines of organismal diversification and test competing evolutionary hypotheses. Remarkably, organismal timelines showed Archaea was the most ancestral superkingdom, followed by viruses, then superkingdoms Eukarya and Bacteria, in that order, supporting conclusions from recent phylogenomic studies of protein architecture. Strikingly, constraint analyses showed that the origin of viruses was not only ancient, but was linked to Archaea. Our findings have important implications. They support the notion that the archaeal lineage was very ancient, resulted in the first organismal divide, and predated diversification of tRNA function and specificity. Results are also consistent with the concept that viruses contributed to the development of the DNA replication machinery during the early diversification of the living world.

Reductive evolution of architectural repertoires in proteomes and the birth of the tripartite world.
Minglei Wang, Liudmila S. Yafremava, Derek Caetano-Anollés, Jay E. Mittenthal, Gustavo Caetano-Anollés.
Genome Res. 17, 1572-1585 (2007) | doi:10.1101/gr.6454307

The repertoire of protein architectures in proteomes is evolutionarily conserved and capable of preserving an accurate record of genomic history. Here we use a census of protein architecture in 185 genomes that have been fully sequenced to generate genome-based phylogenies that describe the evolution of the protein world at fold (F) and fold superfamily (FSF) levels. The patterns of representation of F and FSF architectures over evolutionary history suggest three epochs in the evolution of the protein world: (1) architectural diversification, where members of an architecturally rich ancestral community diversified their protein repertoire; (2) superkingdom specification, where superkingdoms Archaea, Bacteria, and Eukarya were specified; and (3) organismal diversification, where F and FSF specific to relatively small sets of organisms appeared as the result of diversification of organismal lineages. Functional annotation of FSF along these architectural chronologies revealed patterns of discovery of biological function. Most importantly, the analysis identified an early and extensive differential loss of architectures occurring primarily in Archaea that segregates the archaeal lineage from the ancient community of organisms and establishes the first organismal divide. Reconstruction of phylogenomic trees of proteomes reflects the timeline of architectural diversification in the emerging lineages. Thus, Archaea undertook a minimalist strategy using only a small subset of the full architectural repertoire and then crystallized into a diversified superkingdom late in evolution. Our analysis also suggests a communal ancestor to all life that was molecularly complex and adopted genomic strategies currently present in Eukarya.

　# tRNAの解析からもプロテオームの解析からも、古細菌→ウィルス→真核生物・細菌という系統樹がかけるそうです

CLC Sequence Viewer

# とんと情報をアップデートしておりませんでしたが…

CLC Free Workbenchが名称を変更してCLC Sequence Viewerとなっております。バージョンは、Free Workbenchからのナンバーそのままです。
アップデートに関する情報はこちらへどうぞ。
ダウンロードはこちらから。

IDカードがICカードになって初めて役立った

今朝、先週の胃腸風邪騒動のおかげで一週間弱振りに徒歩通勤しまして、2週間くらい前から工事＆期間延長でしばらく使えなくなっていた通用門の前まで来ると、工事が終わっておりました。で、早速、いつも通りにキーボックスを開けて暗証番号を打ち込もうとしたところ…違う！前の入力機から変わっている…。番号まで変わったんだろうか？だいたい、前の番号だって、キーが変則的で押す位置で覚えていただけで、番号なんて覚えてないし…。

そこで、ふとテンキー入力機を見ると、テンキーの下の方に妙な四角い部分が…。何じゃこりゃ？ボタンっぽいけどボタンじゃなさそうだし………そうか！これはICリーダーに違いない！と勝手に決めつけまして、おもむろに首からぶら下げてきたICチップ付きのIDカードを懐から取り出しまして、その四角い妙な部分に近づけると………カシャと解錠の音。見事にドアが開きました。

というわけで、何のアナウンスも説明も聞くこともなく、いきなりIC付きIDカードの恩恵を被ることが出来ましたとさ。めでたしめでたし。

# ただ、敢えて言わせてもらえば、これでは正門でいちいちID提示するのと同じでカードを出すのが面倒…
# WKが、YKのように異様なほど厳重な、建屋立ち入り24時間カードキー状態になるのかどうかは未だ不明