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Masaca's Blog 2

独り言・日記・愚痴・戯言・備忘録・・・。なんとでもお呼び下され(笑)。

またもやISにやられた…

2007-11-20 22:12:53 | Laboratory
# 思い切り業界ネタですのであしからず

現在、構築中の酵素遺伝子発現系。単純にlacプロモーター直下に繋いだものは、どうも漏れが激しくてE. coliがどうにも嫌がるらしくて、一切構築物が得られず…。仕方がないので、漏れの少ないpET系に秘密兵器のIn-Fusionキット(# 実は秘密でも何でもないのだが)で直接合体(笑)させることに…。ところが…

今日、派遣さんが送ってくれたDNAシーケンスの結果をアセンブルしていたのだが、どうにもこうにも矛盾している。既に分かっているORF全長にアライメントをかけると、得られたシーケンスはきれいに並んでくれるのだが、ある一部だけどうにも並んでくれない。仕方がないので、手動でアライメントを直していくと、どうにも奇妙な結果に…。どう奇妙かというと、内部プライマーで読んだシーケンスとベクタープライマーで読んだシーケンスの合計三本が、上流と下流からうまく合流するのだが、合流地点で約20 bp程重複してお互いにそこから全く違う配列になっているのだ。分かりにくいが、上流から読んだシーケンスは、合流地点の重複を過ぎるとその先が全く異なる配列に、下流とベクターから読んだリバースのシーケンスも、合流地点の重複を過ぎると上流側とは反対側に向かって全く別の配列が現れるという具合…しかも、この二本のシーケンス結果は見事に一致しているので、シーケンサーによるアーティファクトでもないらしい。微かにイヤな予感がよぎったのだが、なんとか辻褄が合うようにアライメントをずらすものの、如何ともし難く、仕方なく、当の派遣さんの元へ。

聞いてみても、使った鋳型は全部同じもので、そんな矛盾が生じるわけもない。で、ふと耳を疑う言葉が…。「blastxかけると、酵素遺伝子ともう一つヘンなのが引っ掛かるんですよね」…なぁにぃ?(# クールポコ風)で、もう一度その結果をその場で見てみると…。見覚えのある忌まわしいあの名前が…。「これです、これ。IS10 トランスポザーゼ?」出たよ…また出たよ…また飛びおった、ISの野郎…。よりにもよって、ORFの後半中程、端のプライマーでは届きにくい辺りに飛んでくれました。考えてみれば、約20 bp程の重複は、ISのターゲット配列のダイレクト・リピートだったのね。そのあとのインバーテッド・リピートに気付かないとは、おいらの目もずいぶんと曇っちまったもんだやっちまったなぁ(# 再びクールポコ風)。

というわけで、作り直しです。発現系構築用にPCR産物をクローン化したプラスミドに既に飛んでいるのかもしれず、元のプラスミドからシーケンスすると同時に、菌体からダイレクトPCRでも増やして、一気にIn-Fusion!って感じです。

# それにしても、ここぞというときに出てきやがるなぁ、ISの野郎…

無視しているのか、職務放棄しているのか…(呆)

2007-10-25 22:25:14 | Laboratory
先日来、S爺に例のオンライン・タイムカードにまつわる要望やら質問やらを、MLだとやらしいのでS爺宛にメールで送っていたのだが、一向に返事なし…

ところが、今日、PCちゃんがとあるML宛に質問だの抗議だのを列挙して送りつけたら、その日のうちに返事を返してきやがった。なんじゃ、その態度の違いは

当然、速攻で以前に送ったメールをそのまんまそのMLに送りつけてやったさ。これなら返事くれるんかい?え?S爺さんよぉ

忙しかったら部下を待たせてもいいのか?

2007-10-19 14:22:51 | Laboratory
一昨日、出勤してメールをチェックすると、前日の外勤終了直後に秘書さんから[急ぎ]ヘッダ付のメールが入っておりまして…

また、呼び出しか?とか思いつつ内容を確認すると、英字新聞らしき切り抜き記事とNature Medicineの新しい論文が添付されておりまして、この内容を要約して欲しいとのこと。で、金曜日の夕方にこちらに来るので、そのときに説明して欲しいとのこと…

新聞やTVに出るような有名になっちゃった研究者なんだから、論文くらいさらっと目を通せよ、とか思うのですが、いつも「忙しくて読んでる暇がないねん」と押しつけられます。で、文句を言っても仕方がないので、自分の仕事もそっちのけで取り急ぎ内容をチェック。ざっと目を通して論文のAbstractを日本語訳してもどうせ細かいところを聞いてくるに違いないので、御大の興味を持ちそうなところをピックアップして要約。小一時間ほどで片付けてメールを返してやりました。で、秘書さんに電話しまして、たぶんこの要約を読めば必要な情報は書いてあるので理解できると思う旨を伝えて、その上で必要ならミーティングをもってくれとお願いしておきました。そしたら、やっぱり話はしたいそうで、仕方がないので、指定の時間に予定をスケジュール…。

で、当日の今日、朝から秘書さんから電話がありまして、急遽こちらに来るのがキャンセルになったとか。じゃぁ、ミーティングもなしかしらと思いきや、TV会議でやるとのこと…。仕方がないので、集中しなければならない仕事を後回しにして雑用を片付けつつ、指定の10時を待っていると、直前に再び電話。「この時間を指定したのは御大なんですけど、まだ出勤してこないんですよ」…はぁ?遅刻かよ。到着したら知らせてくれるということで、再び待ち状態

で、先程またまた電話。到着したんですけど、もう少し後になりそうです」…はぁ?なんじゃそりゃ。何時になるかと尋ねたら、11時半頃かもとのこと。もっと遅くなるようなら連絡します、だそうで…。このぶんだと、昼食さえまともに食べられなさそうな予感…

御大が異常に忙しいのは分かるが、百歩譲ってそれに合わせたとして、指定時間に遅れるってのは許されるんかい?千歩譲って、仕事上どうしても遅れざるを得なかったとして、まともに次の時間指定もせずに部下を待たせ続けるってのはどうなん?その間、こちとら集中して中断されたくない仕事は一切手が付けられないというのに…。だいたい、この仕事って私の仕事なの?部下の仕事の邪魔しておいて、仕事が進まんとか文句いうんじゃねぇぞ

…と、愚痴をたれてみるテスト…

追記
14時になってようやく開始…。TV会議どころか電話で論文の内容を説明しました。といっても、先に送った要約の内容のみ。しかも要した時間はものの10分ほど…。メールを読んでおけばこんな時間さえ必要なかっただろうに…。ちゅうか、このためだけに待機し続けた私っていったい…

GE Healthcare (旧Amersham)が短半減期Ri製品撤退

2007-10-12 18:02:26 | Laboratory
この業界の方ならお分かりかと思いますが、非密封放射性同位体製品の大手といえば、旧Amercham、現GE Healthcareです。そのGE Healthcareから、困ったアナウンスが出ています。以下、GE Healthcareから来たダイレクトメールを引用。

お客様各位
製品販売終了のお知らせ

2007年10月11日

平素は弊社製品に対し格別のお引き立てを賜り、厚くお礼申し上げます。

突然ではございますが、このたびGEヘルスケアバイオサイエンスでは、短半減期RI製品(32P, 33P, 35S, 45Ca, 36Cl, 51Cr, 109Cd, 63Ni, 99Tc, 125I, 131I)に関しましては、12月中旬をもって生産・販売を終了させていただく運びとなりました。
<中略>
弊社では長年にわたり多くのお客様にご利用いただきましたこれら製品の生産・販売継続に最大限の努力を続けて参りましたが、ここ数年における市場並びにお客様の需要の変化に伴い、上記製品群の供給や価格に関し、皆様にご満足いただけるサービスの提供が困難となり、やむを得ず生産を終了させていただくことになりました。

販売終了となります製品につきましては、10月20日頃、弊社ホームページにて公開いたします、恐れ入りますがご参照くださいますようお願いいたします。
<中略>
なお、14Cおよび3H製品に関しましては、特別合成も含め、これまで同様、皆様のお役に立てますよう提供させていただく所存です。
<以下略>

ということで、今年いっぱいで32P製品だの35S製品だのが一気に姿を消すことになるようです。とっとと代替製品のテストに移った方がよろしいかもしれません。

えらいこっちゃ、えらいこっちゃ

「黙って従え」的な…(呆)

2007-10-03 08:55:01 | Laboratory
どうも、YKの運営の一端を任されている一部の方々には、その任された仕事について他の人が何かを言うのを嫌う風潮があるらしい。少なくともS爺がそうであることは分かってはいたが、それが伝染したのか、逆にS爺がそれに感染した結果だったのか、他にもいるみたい…。昨日、YKのYOさんがそうであるということをほぼ確信した。

はっきりと「黙って従え」とはいわないまでも、「あんたはそんなこと気にせんでえんじゃ」とはいわれた…英語で…。いつぞやのS爺のセリフと同じ…。しかも、こちらは今回の決定には今後変更がありうるのか、変更したらアナウンスしてくれ、といっただけなのに、こちらが話している途中から「あんたは気にせんで…」と強引に遮られた…

なんだか甚だしい勘違いをしているみたい…。運営の仕事を任される=独断専行ではないはず…。決定についての質問やリクエストさえ受け付けないのであれば、勝手にラボを興して好き勝手にやればいいのに…

# そういう意味で吐いておいた捨てゼリフ「勝手にやれ」をたぶん曲解している方に1,000点…

続:オンラインタイムカード

2007-09-27 23:19:30 | Laboratory
一ヶ月も経たないβ期間でいきなり信用を失った勤怠管理システムですが、ことはさらに深刻なようです

# いや、システムの信用がないのか、それとも管理者の信用がないのか…

教えてもらったところによりますと、どうも、誰でもが誰でもの勤務状況を変更できてしまうらしいです。同僚の皆様、近くの人に了解を得た上でその人の勤務状況のところの鉛筆アイコンをクリックして、退出にでもしてみてください。見事に帰っちゃったことになります。それから、どうもパスワードの変更は自分では出来ない模様…。管理者にお願いして変えてもらうしかないようで、管理者には必ずパスワードが知れるという状態…。いや、別に知れてもいいんですよ。管理者がきちんとした人ならば…。他にも問題点は挙げればキリがない…

ということで、こんな状態なのに来週から実践投入されてしまうこのシステム…。問題が起こらなければいいんだが…

# ちなみに御大は本当に自分で打刻したり、大量の電子申請をオンラインで処理したりするんだろうか?
# 「秘書さんの仕事が増える」に一票!

オンラインタイムカード

2007-09-27 09:38:17 | Laboratory
来月…といっても、もう既に来週なのですが、ラボ全体でオンラインのタイムカードシステムが運用開始されることになりました。

まぁ、今までがあまりにも何もなさ過ぎたといわれれば、確かにそうなのかもしれません。実際、前職では、きちんと出勤時間までに事務窓口で出勤簿にはんこうを押さないと遅刻や欠勤扱いにされてしまうという厳しさでしたし、普通の会社なら勤務時間管理は当たり前かと…。

ただね、どう考えても導入理由が不純なんですよね。上からの通達がどうとか、長時間労働による心身疲労対策だとか、いろいろと理由を並べ立てているけど、核心は誰がどこにいるのか、いつでも分かるようにしろ!という御大の無茶ブリしかありえへんて…

まぁ、導入理由を百歩譲って美しい上司愛だったとして、このシステム。既に導入されているグループウェアと機能がそっくりな上に日本語対応のみ。ただでさえ外人だらけになりつつあるYKでは、外人連中からクレームの嵐ですわね。公用語はバイリンガルにせぃ!などと御大が叫んでいるのに、システムが日本語のみってのはまずいやぁねぇ…。一生懸命、リソースいじって英語に直しているみたいなんだけど、今度は英語に直したところが本来何だったのか分かりにくくなっちゃって、逆に使いづらいったらありゃしない。なんで日本語/英語並記にしないのか…。その英訳が絶対正しいという得も言われぬ自信が漲っているかのよう…

でね、まぁ、千歩譲ってその辺も受け入れてあげましょうって思いつつ、慣れるためになんとか時刻を入力しようと、デスクトップにweblocファイルまでおいて、いつでもアクセスできるようにしましたさ。そしたら、21時頃にTH君が帰ろうとしたら、出退勤打刻のためのボタンが一切消えてるじゃないですか!どないせぇっちゅうねん状態ですわ。急いでS爺に電話したら、ちょうど今、システムをいじっているからそのせいかも…なんて返ってきまして、復帰するようにお願いしまして電話を切りましたさ。TH君は、いつ戻るともしれないボタンを待つわけにも行かず(だって新婚だし…)、とっとと変更入力して帰りましたよ。まだ運用前だしね。で、しばらくしたら、ボタンも戻って、よかったよかった

まぁ、システムいじってりゃ、そんなこともあるわね。万歩譲ってそれもありってことにしましょうや。そして、外勤申請もそのシステムでやることになりそうなので、練習がてら入力したりしていましたよ。でね、ふと自分の状態を見たらやねぇ…はぁ?…た、退出?誰が?私?まだいるって、ここに…。なんで?間違ってボタンを押した?いやいや、こんな小さなボタン、間違ったって押せやしねぇ…。んじゃぁ、なんでもう既に帰宅したことになっているわけ?で、タイムカードの表示ページに「打刻データ」なんてボタンがあったのでクリックしてみたら、実際の打刻の日時やら打刻したクライアントIPやらがリストで出てきましたよ。ほとんどが自分のPowerMacintosh G5の固定IP。一カ所違ったのが先日のYK外勤で秘書さんのPCから打刻したときの。で、肝心の該当データを見てみると…全然違うIPじゃん!何これ?勝手に人の出退勤時刻を入力できちゃうわけ?紙のタイムカードじゃあるまいし、セキュリティもへったくれもありゃしない。なんのためのオンラインシステムなんだか。何のためにいちいちログインしているんだか…

ということで、わずか二週間ほどの使用期間を経て、一瞬のうちに信用を失ったとんでもない勤務時間管理システムでした

# これって、MLか何かで公開質問した方がいいのかしら
# あ、くれぐれもこれを見て、このブログに書いてあったなんて文句を言いに行かないようにお願いします

追記1
先程帰り際に退出打刻してみたら、見事に上書きされました

追記2 (2007-09-27 09:38:17)
先程、S爺からクレームへの返事がきました。
曰く
「昨夜は、システムを変更していましたので、投入不可の状態でした。
(中略)
直接電話頂いた3名の方については、私が仮に入れておきました。」
これって、親切のつもりだったんだろうけど、対応としてどうなん?予告もなく、本人確認もなく、勝手に打刻されるって、いくら管理者といえども不味くない?第一、本人がまだいるっていうのに勝手に退出打刻は、いくら練習といえどもβ運用なんだからあかんやろう…

御大上陸20070921

2007-09-21 17:45:16 | Laboratory
今日は、急遽(なのかただ単に事前連絡がなかっただけなのか)御大上陸…

しばらくしたら会議へ出かけるはずですが、それまでは煩くなりそうです…というか、煩いです

# 夕方、泳ぎに行けるんだろうか…

2007-09-21 17:45:16
追記
やっぱし行けなかった…

ラボセミナー、当番終わったけど…(泣)

2007-09-14 10:44:32 | Laboratory
今日は、ラボセミナーの発表当番でして、先程、終わらせてきました。

で、終わってから判明したこと………大半の人が理解できていなかった…

自分のプレゼン能力のなさと不親切さに、日本海溝より深く反省…。原因は、内容を詰め込んだ割には細かい内容を突っ込んで説明しなかったことかな?けど、あまり細かいことまで説明していると、広範な内容をセミナーでは扱えなくなるし…。かといって、内容を薄っぺらくしても面白くないし…。「分からないなら質問してよ」って思うけど、それって分からないところがどこかが分からなければ質問できないんだし、発表する側のエゴだと思ってしまった。もう、どうしようもなく深く反省…

とりあえず、次回からはもう少し分かりやすく説明するのを心懸けつつ、一段落ごとに皆がついてきているかどうかを聞くことにしようと思った次第…

ちなみにお題は「H-NS (Heat-stable Nucleoid Structuring) Protein」。スライドはこちら(JPEGにしてあります)。

References
# え?…この内容を30分で一気に英語でしゃべりきったら、ただでさえ下手な英語なんだから分からんだろうって?
# そうかもしれません…

誕生おめでとう!

2007-08-10 12:01:58 | Laboratory

今夜帰省のため、何とか仕事を早めに終わらせねばならんのですが、如何せん、データ処理をお願いしてあってですね、それが終わらないと出来ないものですから、急かすのは気が引けながらも、お願いのメールをYKのMT君に送ったのです。そしたら、なんと、MT君からの返事には、奥様のご実家にいるとのこと…。やっちまいました。お休みの人に仕事のメール…。で、午後には仕事場に戻るということで(それが急かしたせいなのか、夕方のパーティのためなのかは不明)、それなら大丈夫な旨のメールを返したわけです、「お休みのところ申し訳ありません」って詫びを入れつつ…

で、それに対して返ってきたメールに、なんと!おめでたい報告が!月曜日に娘さんがお生まれになったとか!おめでとうございます。なんだかこのところ、仕事仲間の結婚やら出産やらが相次いでおりますが、ほんにめでたい限りです

写真は、メールについてきた娘さんの写真。一応、プライバシー保護のため、モザイク入れてます

# 赤ちゃんの目にモザイク入れて意味があるのかというツッコミはなしで

Buffer calcurator

2007-07-18 20:39:41 | Laboratory

何故か、某社の根幹技術開発の酵素部分を担わざるを得なくなっている昨今…。巻き込んでしまったKU君には悪いと思いつつ、遠隔地ということもあって、ずっと世話になりっぱなしです。

# 本当にすまんね、KU君…

で、そんな酵素の条件検討を色々とやってもらっているところなんですが、どうも、基礎データと開発側データと食い違う…。なんでかなぁ…と思っているところで、隣に座っているROさんが何気にメーリングリストに流してくれたこのページ…。結構目から鱗になりました…

Buffer calculator」The University of Liverpool

そりゃ、温度が変わるとpHも変わるということくらい基礎知識はあったのですが、いろいろと出てくる大量のデータ間の食い違いを前にしてそういう観点が出てこなかったのです。しかも、このページを教えてもらってから、KU君に指摘されるまで気付かなかったとは…。長年こんな仕事をしていながら、情けない…

とはいえ、ROさんのおかげで、使用温度での目的pHの緩衝液のレシピをこれで簡単に調べられます。こりゃ便利です。てことで、備忘録代わりのエントリーです

遺伝子群一式回路網研究課題二発現集合研究集会兼幻影四・五

2007-07-17 19:36:47 | Laboratory
本日より、YKにて日本語訳「遺伝子群一式回路網研究課題二発現集合研究集会兼幻影四・五」なるものをやっております…やっていると思います…やっているはずです…やってるんだよね

というのも、今回は出席しておりません。元々、あまり役に立たない上に、本来自分のやるべきことが全然進んでいないからでもあります。いい加減、論文も早く出さないと…そのためには実験を…そのためにはきちんとしたサンプルを…

てなわけで、今回は本件について私に何か問われましても、何もお答えできませんのであしからず

# 何度見ても、どう考えても「四・五」てのはミョー…
# なんで「四・一」じゃないのかとか、次は「四・六」なのかとか
# いろいろとツッコミどころは満載ですが、一応、御大のツルの一声という感じで…


救命講習会

2007-07-13 20:30:03 | Laboratory
今日は午後から会社主催の救命講習会に参加してきました。

以前にも、同様の講習会に参加したことがあるのですが、そのときにはまだAED (自動体外式除細動器; Automated External Defibrillator)がなく、CPR (心肺蘇生法; CardioPulmonary Resuscitation)練習用のダミー人形も消防署持参の一体しかなかったため、実地訓練もなくて代表の人がやるのをみていただけだったのですが、今回は人数制限もあり、いつの間にやら会社で購入したという最新式のCPR練習用ダミー人形が2体もあって、全員で実地訓練が出来ました。さらに、訓練用AEDも使用してのAEDを組み合わせたCPR訓練までやりまして、最終的にはCPRの試験までやってきました。で、「普通救命講習I修了証」なるものをいただいて参りました。もしかして、これって資格?何も資格のない私にとっては、数少ない資格になるかも知れません。

ということで、実技に関してはここに備忘録しようもないのですが、一応、可能な限り備忘録
  • 救命処置:何らかの原因で心肺停止に陥った場合に施す処置
    • 処置の有無で蘇生率が変わる…救命処置の重要性
  • AED:平成16年7月1日より一般使用可…性能が向上して素人でも使用可能になった
  • 「救命のリレー」:119番通報→応急手当→救急車→病院…どこが欠けても生命が危険にさらされる大事なリレー
  • 救急車の到着に要する時間:6~7分…この間の救命処置が蘇生への鍵を握る
  • CPR
    1. 呼びかけ、刺激を与える:「もしもし、大丈夫ですか?聞こえますか?」
      • おでこに手を当て、肩を叩く
      • 耳元でよく聞こえるように
      • 反応をよく聞き取れるように自分の耳を相手の口元に寄せる →反応がない…意識不明

    2. 助けを求める:周囲の人に援助を求める
      • 1名には119番への通報
      • 1名にはAEDの確保
      • →双方とも必ず戻ってくるように要請する

    3. 気道確保
      1. 仰向けに寝かせる
      2. おでこに手を当てて後ろに反らす
      3. あごを天に向ける
      4. 呼吸確認
        • 口元に耳を寄せ、胸を見ながら呼吸の有無を確認する
        • 「見て、聞いて、感じて、4、5、6、7、8、9、10」の10秒間
        • 無呼吸→人工呼吸へ

    4. 人工呼吸:気道を確保した状態で行う(直接の接触を防ぐため、マウスピースを使用;なければハンカチなどで代用)
      • おでこに当てた手で鼻を親指と人差し指でつまんで塞ぐ
      • 相手の口を覆うように口をかぶせて1秒間吹き込む
      • 相手の胸を見ながら気道・肺に空気が入っているのを確認
      • 多少膨らむ程度でOK
      • 2回行う(一回ごとに口を離す)

    5. 胸骨圧迫
      • 乳頭間の中心を圧迫
      • どちらか横について、頭側の手の付け根を圧迫点に当て、その上から反対の手を当てる
      • 肩を真上に来るように位置して5 cm沈むくらい圧迫する
      • 100回/分の速さで30回行う(声に出して数える→周囲に進行状況を知らせるため)

    6. 人工呼吸2回と胸骨圧迫30回を救急隊到着まで繰り返す
      • 救急隊員でもまともに行えるのは10分程度
      • こまめに交代して、救命処置を継続することが大切
    ※鼓動の確認は必要なし
    ※呼吸が戻れば中止(但し18回/分程度の通常の呼吸;死戦期呼吸(あえぎ呼吸)の場合には継続)
    ※乳房が大きいまたは下垂が激しいなどで圧迫点が特定できない場合、胸郭の中心を圧迫する
その他はもらってきたテキスト参照。