OpenMPI と Myrinet その２

前回でインストールが終わったので、今度は SDPARA の実行を行う. mpich2-mx で SDPARA を作るのも、OpenMPI で SDPARA を作るのもほとんど一緒だが、最後に mpicxx を用いて mpif90 でコンパイルしたバイナリも一緒にくっつけるのでリンク時に以下のオプションが必要になる.

mpicxx ..... -lmpi_f77 -lmpi_f90

OpenMPI + Myrinet で SDPARA を実行するときは以下のように指定する.

mpirun -np 16 --mca mtl mx --mca pml cm -machinefile ~/.openmpi/hostfile ./sdpara ~/data/quantum/LiH.1Sigma+.STO6G.pqgt1t2p.dat-s out

しかし、mpich2-mx + Myrinet の方が OpenMPI + Myrinet よりも安定して高速なようだ。一般的には OpenMPI の方が mpich2 よりも速いと言われているので、Myrinet との相性の問題なのだろうか？ もう少し調べてみることにする.