思いまして、少し分かる範囲で調べました。
しかし、全て同じ場合は余り探せず、
ハイカイ(徘徊)≒ホウコウ(彷徨)
カイシュン(悔悛)≒ザンゲ(懺悔)
ソウグウ(遭遇)≒カイコウ(邂逅)
部首は変わっても、重なる場合もありました。
シュンジュン(逡巡)≒チュウチョ(躊躇)
テイネイ(叮嚀)≒インギン(慇懃)
ビマン(瀰漫)≒ショウケツ(猖獗)
三字が重なる場合は、
ココウ(股肱)≒フクシン(腹心)
レンビン(憐憫)≒ソクイン(惻隠)
シュンケツ(儁傑)≒シュンイツ(俊逸)
オウダ(殴打)≒チョウチャク(打擲)
ロウカイ(老獪)≒コウカツ(狡猾)