all there

Charles Wallace had always been thought of by the villagers as peculier, and probably not quite all there.
この "quite all there" の "there" は "there is/are" や「そこ/あそこ」あるいは間投詞などではないのはあきらかで、このような用法を何かの本で読んだ憶えはありますが手っ取り早く辞書を引きます。
Dictionary.com
all there, Informal. mentally competent; not insane or feeble-minded: Some of his farfetched ideas made us suspect that he wasn't all there.
珍しく他のオンライン辞書の記述は見あたらなかったので電子辞書も引いてみました。
リーダーズ：　（頭が）まともで、しっかりして、例： He's not all there.
ジーニアス英和大辞典：　be all(quite) there: （頭が）正気である、油断がない、抜け目がない。
どうも否定形で使われる事が多いようですね。