気になるニュース(12/17)

・威力棒 Vii 2：もう次世代機がでた！ - Engadget Japanese
　# いやはやなんとも…

・ディズニーワールドに「作業部屋で働く、Appleのスティーブ」 | WIRED VISION
　# なんとマニアックな…

・AppleInsider | Briefly: More sightings of mysterious metallic grey MacBooks
　# なんと！マジで出るのか？

・最新型のコンポスト・トイレで、人もミミズも幸せに 国際ニュース : AFPBB News
　# 「ミミズの精神面への影響」…まず、ミミズに精神といえるものがあるかどうか…

・PCのrootkit感染が増加傾向に - ITmedia News
　# なんとか簡単に感染しているかどうかを判別できないものか…

・「ヤッターマン」復活　エピソードは現代風に - ITmedia News
　# ヤッターマンが復活だそうな…元祖タイムボカンは？

・Amazon、「ハリポタ」著者の手作り本を4億5000万円で落札 - ITmedia News
・Amazon.com--News Release
・ Amazon.co.jpメッセージ
　# amazonだったのか

・大河ドラマ：「風林火山」の平均視聴率は１８．７％ - 毎日ｊｐ(毎日新聞)
　# 見ました…ちゅうか、裏番組が強力すぎ…

・年金問題：「ねんきん特別便」の発送始まる - 毎日ｊｐ(毎日新聞)
　# 今までこういうのが全くなかったこと自体、ある意味不思議…

・発言者の名前と内容を記録、ＮＥＣが議事録作成ソフト開発 : 経済ニュース : 経済・マネー : YOMIURI ONLINE（読売新聞）
　# これ、いいかも

・ｅメール年賀状…やっぱり手抜き？ - MSN産経ニュース
　# あのぉ、はっきり申し上げますが、メールでの時候の挨拶はトラフィックのムダです

・ブッシュ外交は「傲慢」　ハッカビー氏が論文で批判 - MSN産経ニュース
　# 「傲慢」なのは周知の事実ですが…

・asahi.com：ＡＣミラン、ボカ破り優勝　トヨタ・クラブＷ杯 - スポーツ
　# やっぱし、レベルが違いすぎますわ

・asahi.com：稼働中に大観覧車の扉開く　埼玉・西武園ゆうえんち - 社会
　# 怖すぎる…

Science News | December 17, 2007

Short read fragment assembly of bacterial genomes.
Mark J. Chaisson, Pavel A. Pevzner.
Genome Research, Advance articles | DOI: 10.1101/gr.7088808

In the last year, high-throughput sequencing technologies have progressed from proof-of-concept to production quality. While these methods produce high-quality reads, they have yet to produce reads comparable in length to Sanger-based sequencing. Current fragment assembly algorithms have been implemented and optimized for mate-paired Sanger-based reads, and thus do not perform well on short reads produced by short read technologies. We present a new Eulerian assembler that generates nearly optimal short read assemblies of bacterial genomes and describe an approach to assemble reads in the case of the popular hybrid protocol when short and long Sanger-based reads are combined.

　# とりあえず、最新のシーケンサーでゲノムをアセンブルするのなら読んでおいた方がいいかも

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asahi.com： 乳がんの転移促すたんぱく質特定　大阪のバイオ研究所 - サイエンス

乳がん悪性化の仕組み解明　大阪バイオサイエンス研など - MSN産経ニュース

GEP100 links epidermal growth factor receptor signalling to Arf6 activation to induce breast cancer invasion.
Masaki Morishige, Shigeru Hashimoto, Eiji Ogawa, Yoshinobu Toda, Hirokazu Kotani, Mayumi Hirose, Shumei Wei, Ari Hashimoto, Atsuko Yamada, Hajime Yano, Yuichi Mazaki, Hiroshi Kodama, Yoshinori Nio, Toshiaki Manabe, Hiromi Wada, Hidenori Kobayashi, Hisataka Sabe.
Nature Cell Biology, Advance online publication | doi:10.1038/ncb1672

Epidermal growth factor (EGF) receptor (EGFR) signalling is implicated in tumour invasion and metastasis. However, whether there are EGFR signalling pathways specifically used for tumour invasion still remains elusive. Overexpression of Arf6 and its effector, AMAP1, correlates with and is crucial for the invasive phenotypes of different breast cancer cells. Here we identify the mechanism by which Arf6 is activated to induce tumour invasion. We found that GEP100/BRAG2, a guanine nucleotide exchanging factor (GEF) for Arf6, is responsible for the invasive activity of MDA-MB-231 breast cancer cells, whereas the other ArfGEFs are not. GEP100, through its pleckstrin homology domain, bound directly to Tyr1068/1086-phosphorylated EGFR to activate Arf6. Overexpression of GEP100, together with Arf6, caused non-invasive MCF7 cells7 to become invasive, which was dependent on EGF stimulation. Moreover, GEP100 knockdown blocked tumour metastasis. GEP100 was expressed in 70% of primary breast ductal carcinomas, and was preferentially co-expressed with EGFR in the malignant cases. Our results indicate that GEP100 links EGFR signalling to Arf6 activation to induce invasive activities of some breast cancer cells, and hence may contribute to their metastasis and malignancy.

　# Arf6のためのグアニン・ヌクレオチド変換因子だそうです

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asahi.com：異常行動１３７人もタミフルの影響不明　全医療機関調査 - 社会

インフルエンザで異常行動、タミフル服用は６割 : 科学 : YOMIURI ONLINE（読売新聞）

タミフル：異常行動との因果関係認められず　厚労省調査会 - 毎日ｊｐ(毎日新聞)
　# 本当にタミフルの影響なのか、ビミョーな結果です

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イタイイタイ病：原因物質が自然レベルに　富山・神通川 - 毎日ｊｐ(毎日新聞)

イタイイタイ病：原因物質が自然レベルに　富山・神通川 - 毎日ｊｐ(毎日新聞)
　# 一度汚すとどれだけ回復するのが大変かという実例…

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asahi.com：川崎病に関連遺伝子　発症しやすい配列解明　理研など - 暮らし

川崎病の関連遺伝子を発見　理研 - MSN産経ニュース

ITPKC functional polymorphism associated with Kawasaki disease susceptibility and formation of coronary artery aneurysms.
Yoshihiro Onouchi, Tomohiko Gunji, Jane C Burns, Chisato Shimizu, Jane W Newburger, Mayumi Yashiro, Yoshikazu Nakamura, Hiroshi Yanagawa, Keiko Wakui, Yoshimitsu Fukushima, Fumio Kishi, Kunihiro Hamamoto, Masaru Terai, Yoshitake Sato, Kazunobu Ouchi, Tsutomu Saji, Akiyoshi Nariai, Yoichi Kaburagi, Tetsushi Yoshikawa, Kyoko Suzuki, Takeo Tanaka, Toshiro Nagai, Hideo Cho, Akihiro Fujino, Akihiro Sekine, Reiichiro Nakamichi, Tatsuhiko Tsunoda, Tomisaku Kawasaki, Yusuke Nakamura, Akira Hata.
Nature Genetics, Advance online publication | doi:10.1038/ng.2007.59

Kawasaki disease is a pediatric systemic vasculitis of unknown etiology for which a genetic influence is suspected. We identified a functional SNP (itpkc_3) in the inositol 1,4,5-trisphosphate 3-kinase C (ITPKC) gene on chromosome 19q13.2 that is significantly associated with Kawasaki disease susceptibility and also with an increased risk of coronary artery lesions in both Japanese and US children. Transfection experiments showed that the C allele of itpkc_3 reduces splicing efficiency of the ITPKC mRNA. ITPKC acts as a negative regulator of T-cell activation through the Ca²⁺/NFAT signaling pathway, and the C allele may contribute to immune hyper-reactivity in Kawasaki disease. This finding provides new insights into the mechanisms of immune activation in Kawasaki disease and emphasizes the importance of activated T cells in the pathogenesis of this vasculitis.

　# 原因遺伝子じゃなくて「関連」遺伝子です…原因不明といわれる川崎病に一筋の光明となるのか

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asahi.com： 心筋シートで心臓再生　患者の筋肉から培養　阪大病院 - サイエンス

足筋肉から培養の細胞シート、心臓に張り機能回復…阪大 : 科学 : YOMIURI ONLINE（読売新聞）
　# 移植した筋芽細胞が心筋細胞になったわけではないようですが、それにしてもここまでの回復が見込めるというのは凄い技術です

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asahi.com： ＩＳＳ「きぼう」の船外実験設備公開 宇宙機構 - サイエンス

「きぼう」船外設備を報道陣に公開…筑波宇宙センター : 科学 : YOMIURI ONLINE（読売新聞）
　# こんなクソでかいものを打ち上げるですか…

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asahi.com： ふたご座流星群を観測　宮崎・都城　 - サイエンス

ふたご座流星群に天文ファン歓声、好天の関東で出現ピーク : 科学 : YOMIURI ONLINE（読売新聞）
　# 東京の空を眺めてもムリだろうなぁ…

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asahi.com： 患者の幹細胞で大腿骨を再生　京都大で臨床試験へ - サイエンス
　# 見落としてました…

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放射性検査薬が供給不安に、カナダの原子炉停止が引き金 : 科学 : YOMIURI ONLINE（読売新聞）
　# 原発絶対反対の人達は、こういう記事を見てどう考えるんだろうか？

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オールジャパンで「万能細胞」研究、京大に拠点整備へ : 科学 : YOMIURI ONLINE（読売新聞）
　# あれよあれよという間に10年間250億円の予算が約束されちゃいました

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自転車ロボット「ムラタセイサク君」、実演に「かわいい」 : 科学 : YOMIURI ONLINE（読売新聞）
　# 24日に行きます、大ロボット博

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マンモス化石から隕石片、個体数減少の裏付けか : 科学 : YOMIURI ONLINE（読売新聞）
　# よほど強烈に散弾銃のような破片が飛んできたんでしょうね

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火星接近、肉眼でも　１９日に最短距離 - MSN産経ニュース
　# 双眼鏡でも見えるかな？

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【科学】２００７年の科学・災害を振り返る (1/2ページ) - MSN産経ニュース
　# 科学重大ニュースか…自分で作ってみるのも面白そうだな

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asahi.com： メタボな人、口臭にもご注意　テルアビブ大が研究・発表 - サイエンス

Association among Bad Breath, Body Mass Index, and Alcohol Intake.
M. Rosenberg, T. Knaan, D. Cohen.
J Dent Res 86, 997-1000 (2007) | doi:

Bad breath is a common condition, difficult to assess in the general population. In the present study, we tested the hypothesis that a self-administered questionnaire can help identify factors associated with greater risk of oral malodor. Persons (n = 88) undergoing routine medical check-ups completed a questionnaire including 38 questions on general and oral health, dietary habits, and their own oral malodor levels. Oral malodor assessments included odor judge scores, volatile sulfide levels (via a Halimeter®, Interscan Corp.), and salivary β-galactosidase. Among the questionnaire results, 9 responses were significantly associated with odor judge scores (p <0.05, unpaired t test), including questions on alcohol intake and body mass index (BMI). Predictions of odor judge scores based on these 9 questions (linear multiple regression analysis) yielded R = 0.601; when introduced together with Halimeter® and β-galactosidase scores, the correlation rose to R = 0.843. The results suggest that alcohol intake and BMI may be factors that help predict oral malodor.　# どうして10月号の論文を今頃…

Java Release 6 for Mac OS X 10.4

Java Release 6 for Mac OS X 10.4がソフトウェア・アップデート経由で出てい…るそうです。

# Tigerマシンが手元にない

以下、Apple Product Securityからのメールを引用。

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APPLE-SA-2007-12-14 Java Release 6 for Mac OS X 10.4

Java Release 6 for Mac OS X 10.4 is now available and addresses the following issues:

Java
CVE-ID: CVE-2007-5862
Available for: Mac OS X v10.4.10, Mac OS X v10.4.11, Mac OS X Server v10.4.10, Mac OS X Server v10.4.11
Impact: A malicious webpage can remove or insert keychain items
Description: An access check may be bypassed for Keychain updates. A specially crafted Java applet may be able to add or remove items from a user's Keychain, without prompting the user. This update addresses the issue through an improved access check. This issue does not affect systems running Mac OS X v10.5 and later. Credit to Bruno Harbulot of the University of Manchester for reporting this issue.

Java
CVE-ID: CVE-2006-4339, CVE-2006-6731, CVE-2006-6736, CVE-2006-6745, CVE-2007-0243, CVE-2007-2435, CVE-2007-3004, CVE-2007-3005, CVE-2007-3504, CVE-2007-3698, CVE-2007-3922, CVE-2007-4381, CVE-2007-5232
Available for: Mac OS X v10.4.10, Mac OS X v10.4.11, Mac OS X Server v10.4.10, Mac OS X Server v10.4.11
Impact: Multiple vulnerabilities exist in Java 1.4
Description: Multiple vulnerabilities exist in Java 1.4, the most serious of which may lead to arbitrary code execution and privilege escalation. These are addressed by updating Java 1.4 to version 1.4.2_16. These issues are already addressed in systems running Mac OS X v10.5 and later.

Java
CVE-ID: CVE-2006-4339, CVE-2006-6731, CVE-2006-6745, CVE-2007-0243, CVE-2007-2435, CVE-2007-2788, CVE-2007-2789, CVE-2007-3004, CVE-2007-3005, CVE-2007-3503, CVE-2007-3504, CVE-2007-3655, CVE-2007-3698, CVE-2007-3922, CVE-2007-4381, CVE-2007-5232
Available for: Mac OS X v10.4.10, Mac OS X v10.4.11, Mac OS X Server v10.4.10, Mac OS X Server v10.4.11
Impact: Multiple vulnerabilities exist in J2SE 5.0
Description: Multiple vulnerabilities exist in J2SE 5.0, the most serious of which may lead to arbitrary code execution and privilege escalation. These are addressed by updating J2SE 5.0 to version 1.5.0_13. These issues are already addressed in systems running Mac OS X v10.5 and later.

Java Release 6 may be obtained from the Software Update pane in System Preferences, or Apple's Software Downloads web site: http://www.apple.com/support/downloads/

For Mac OS X v10.4.10 and Mac OS X v10.4.11
The download file is named: "JavaForMacOSX10.4Release6.dmg"
Its SHA-1 digest is: ee4e261070354b0f95f88a92a1b00f8cf39886c4

Information will also be posted to the Apple Product Security web site: http://docs.info.apple.com/article.html?artnum=61798

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