新・論文 (4)

引き続き、慣れない進化系統などという小難しいことを考えつつ、アミノ酸配列ではなく元々のORF部分の塩基配列で再度、系統樹を書かせてみました。

案の定、ヤツ(上から二番目)は他とは離れているのですが、塩基配列的にはお友達が出来たらしい。このお友達、アミノ酸配列比較ではきちんとみんなの中に紛れ込んでいたのに、いきなり鞍替えしてきやがった…。いや、別にORFが何かしたわけではないんですが…。こりゃ、どうも系統樹のアルゴリズム的にもよろしくないんじゃないか？と思いつつも、ここで使っているUPGMAなる方法があかんのか、自分の考え方がおかしいのかよく分からない…。なんでも、進化速度を一定にして計算しているとかなんとか…何じゃ、そりゃ？で、もう一つの進化速度を可変にしたと曰うNeighbor Joiningでも、両方とも書かせてみました。

アミノ酸配列での系統樹 (右に飛び出ている二つのうちの上のヤツ)
ORF塩基配列での系統樹 (一番右に飛び出しているヤツ)

なんとなくいい感じにまとまってくれています。UPGMAでは、アミノ酸配列比較で飛び抜けて離れていたヤツでしたが、Neighbor Joiningではきちんと両方で近しい仲間がいるようです。ちなみに両方ともお相手は一緒。これならディスカッションできなくもないです。ま、他の並びや近い順などが変わっているところもあるので、もう一度よく見直さないといけません。

しかし、アミノ酸配列と塩基配列でこれだけ差が生じて来るとなると、ゲノム全体での配列比較やORFの配置順なんかのSintenyでの比較も加えた方がよいんじゃないかという気になりつつあるも、とてもそこまで自分の知識では到達できそうにもなく、どうしようか、ちょっと悩ましいところではあります。だいたい、この系統樹だって、本当にそのアルゴリズムを理解して書かせなければ、間違った理解をしてディスカッションしてしまうこと間違いナシです。今一度、進化系統樹に関してお勉強？ちょっと待てよ？それは、この論文の本来主張すべき点なのか？っちゅうかそこまで深く考えてやってきたわけではなかろうて？あまり深入りせずに、自分の主張したい点を打ち出せないか？むしろ、同属内での比較より、近い属や遠い属との比較の方が説得力ないか？

いかんいかん…、愚考スパイラルに陥りつつある…。本来の目的を見失ってはいかん。まずは、問題のない一つめの論文を仕上げなくては…。それを済ませてからもう一度頭を冷やして主張点を整理し直してみよう。

# という、安直な思考を独り言で表現してみました

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