鯨油の資化細菌と共生

世の中には、まだまだ知らない生き物がいるものなのですね。

新種か、鯨の骨にゴカイ　相模湾で海洋機構が採取（共同通信） - Yahoo!ニュース　2月22日18時29分更新
海洋研究開発機構は２２日、静岡県熱海市沖の相模湾に沈んだ鯨の死骸（しがい）から、新種とみられるゴカイの仲間を発見したと発表した。２３日から神奈川県藤沢市の新江ノ島水族館で公開する。
　同機構がことし１月、無人探査機ハイパードルフィンで、深さ約９００メートルの海底に沈んだマッコウクジラの骨に取り付いているのを採取した。
　この仲間は、いずれも鯨の死骸から見つかることから「ゾンビワーム」とも呼ばれ、２００４年に米カリフォルニア沖で見つかったのが最初。これまでに世界で３種の報告がある。日本では同機構が０４年に鹿児島県南さつま市沖約１０キロの東シナ海でやはり鯨の骨から見つけ、別の新種とみて調べている。

文中、2004年に見つかった「ゾンビワーム」についての英文記事はこちら→'Zombie worms' found off Sweden
さて、このゾンビワーム、なんだか変な生き物らしい。
その名の由来は鯨の死体に取り付いているように見えたから。

探せど探せどメスしかいない、と思っていたら、メスはそのヒダヒダに小さな小さなオスを内蔵していた、とか。
そして、その生体構造はもっと不思議。
身体には管しかなく、どうやって栄養を得ているのかと思いきや、鯨の骨になっている部分は根っこのようになっており、その部分に細菌を共生させているのだとか。（写真を見るとわかると思いますが、すごく内蔵っぽい）
その細菌は油を分解する能力があって、そのおかげで骨の中の油を栄養にしつつ、この「ゾンビワーム」は生きているらしい。
油を分解する能力があるってことはリパーゼとか持ってるのかな？
油が分解できると、廃油の浄化槽とかで使うことができるんですよ。
どんな細菌なのか見てみたいなぁ。培養が難しそう。

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カテゴリ整理

一年ぶりにカテゴリの整理をしました。
今回は、シリーズ化したものorしそうなものをいくつか抜粋して、タイトルとした
・細菌鞭毛機構と細胞の機構-共通点
・細菌たちの会話
・植物の免疫機構と微生物の戦略
・菌を顕微鏡で見る

と、様々な話題を寄せ集めた以下のカテゴリとしました。

・細菌は疎水性？
・様々な微生物
・バイオレメディエーション
・サイエンストピック
・微生物との共生
・身近な衛生

他のものは日記とか雑記とか、適当に放り込んであります。
雑然としていたので、これで読みやすくなっているといいのですが。

次世代燃料が日本海に

先日次世代燃料を作る未知微生物　16srRNA系統図とは？ で、
「メタンハイドレード」という次世代燃料を微生物が生成している可能性がある、という話をブログで記事にしましたが、
このメタンハイドレード、日本海に大量に眠っているらしいです。
メタンハイドレードは凍ってるのに燃える不思議な物質。
これを微生物が生成しているというのですから、なかなか未知の微生物はやりますな。
日本海には沢山の未知な微生物が眠って（生きて？）いるかも。
わくわくしますね。

“燃える氷”巨大なガス田、新潟沖に？…日本近海で初 (読売新聞) - goo ニュース
東京大学、海洋研究開発機構などの研究チームは２０日、高密度のメタンガスが氷に閉じ込められ、“燃える氷”と呼ばれる「メタンハイドレート」が、新潟県上越市沖の日本海海底深部に、深さ１００メートルの柱状に存在していると発表した。
　メタンハイドレートの一部は海底に露出しており、研究チームは、その規模から、海底下深部に巨大な天然ガス田があるとみている。

　メタンハイドレートが海底まで露出した例は、メキシコ湾、カナダ・バンクーバー沖などであるが、日本近海で見つかったのは初めて。

　研究チームは、魚群探査機によって、気泡として浮上するメタンガスの濃度が濃い位置を特定。上越市の直江津港北西約３０キロの海域（深さ９００メートル）を中心に、無人潜水艇で調査した結果、メタンハイドレートが海底面に幅１００～２００メートルにわたって点在していることを２か所で確認した。

　さらに、メタンハイドレートの露出した海底を、同機構の海洋調査船「かいよう」の短い鉄パイプで掘削したところ、最長で２・６メートルのメタンハイドレートが採取できた。

　メタンハイドレートが存在する海底は、他の海底に比べ電気抵抗が著しく高いことが知られる。メタンハイドレートを採取した下部にも、メタンハイドレートと同じ電気抵抗を示す物質が深さ１００メートルまで続いていることもわかった。

アレルギーマーチ

突然ですが、「アレルギーマーチ」って軽やかな響きですよね。
アレルギー症状が特定の原因物質で起こっていると、免疫機構が崩れて他の原因物質にも過敏に反応してしまい、新たにアレルギーとして成立してしまう。
それがどんどん連鎖し、アレルギー原因となるものがどんどん増えていく状態となることを言います。
アレルギー症状には鼻炎、結膜炎、皮膚炎のほか、突発性の湿疹（蕁麻疹）、胃腸炎（下痢）などがあります。

ところで、私のアレルギーも行進中・・・あ、進行中のようです。
小学校で、アレルギー性結膜炎（原因未特定）
中学校で、アレルギー性鼻炎（原因は今考えるとダニ）
高校で、アレルギー性鼻炎（花粉症タイプ）（原因は今考えると、通学途中に散々曝されたカモガヤ）
大学で、金属アレルギー（原因は耳に開けたピアス穴からの金属）
社会人になって、どうやらエビカニ類に触ると皮膚炎。

つーことで酷かったので4年前位に病院で調べてもらったところ、
その時に判明したもの。（抗体反応が最高レベルでクラス６）

・ハウスダスト　クラス６
・ダニ　クラス５
・スギ　クラス５
・ヒノキ　クラス３
・カモガヤ　クラス３
・その他花粉2種　クラス２
・イヌ　クラス２（飼ったことないっす）
・そのほか　忘れましたが猫は入ってなかった(´∀｀)

まーそんなもんかと。思ってたわけですよ。
蕎麦とかヨモギとかはなかったんですよねー。
食べ物系は少ないから楽だな、と。

また昨年12月に検査をする機会があったんですよ。
今日結果を聞きまして。新たに加わった一品。

牛乳。（若干擬陽性）

・・・・・・毎日200ml以上飲んでますが。( ,,´・ω・)
だから牛肉食べると下すのかな？（関係なさそう）

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朝型さんと夜型さん

「私夜型なんだよねー」「えー俺起きてられないや」

そんな会話を一度は交わしたことがあるはず。
実はこれも遺伝子の作用のせいかもしれません。

体内時計の遺伝子、朝の作動が重要…理研チームが発表 (読売新聞) - goo ニュース

　ほぼ２４時間周期のリズムを刻んでいる哺乳（ほにゅう）類の「体内時計」は、異なる時間に働く１６個の時計遺伝子によって制御されているが、朝に働く遺伝子のオン・オフ（活性・停止）が正常に作動しないと、周期リズムが消滅してしまうことを、理化学研究所などの研究チームが突き止めた。
　睡眠障害などの治療薬開発につながる成果で、１２日付の専門誌「ネイチャー・ジェネティクス」電子版に発表された。

　１６個の時計遺伝子のうち９個は、朝の時間帯に働く。同研究所発生・再生科学総合研究センターの上田泰己チームリーダーらはこれまでの動物実験で、「朝型」遺伝子を働かなくすると、昼や夜に働く時計遺伝子にも影響し、細胞全体の周期リズムが消えてしまうことを確認している。

　今回、同センターと米スクリプス研究所は、朝型の時計遺伝子が常に働いている状態にして影響を調べた。

　その結果、この場合も細胞の周期リズムが消えることが判明。研究チームは、朝型の時計遺伝子の「オン」「オフ」の正常な切り替えが、細胞の周期リズムを保つうえで非常に重要であると結論付けた。

　体内時計の複雑な仕組みの解明は、睡眠障害の診断や治療薬開発などにつながると期待されている。


朝きちんと起きないと、朝の遺伝子にスイッチが入らず、昼に働く遺伝子も、夜に働く遺伝子もスイッチが入らない。
そうすると細胞がちゃんと一日の時間帯を認識できず、細胞が混乱して周期リズムを失ってしまうということですね。
夜型の人は周期リズムを失っているんですねー。
正常にするためにはやっぱり昼に活動する必要があるのかな？
でも、進化の過程で哺乳類は昼のほうが活動できるようになったわけです。
夜でも明かりがあり、家があり、特に問題なく活動できるようになった人間は、更なる進化を経て、夜型でも正常に細胞が動くようになるかもしれません。
まぁ、それが確立されるのは億年後だと思うんですけど・・・。

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ダイワハウスCM 細胞の新築パーティ

細菌も家が欲しくて自分たちで作ろうとしてるのかも。
家を作ったらやっぱり友達も招きたいし。

「ダイワハウスのCM紹介」
↑
この「細胞編」は何度見ても仕事と重なってしまって面白いです。
今のところこのページで動画を配信している様子。
細菌もこういうことしてるかも・・・とか顕微鏡見てるときに想像力働いてニヤニヤしそうです。
招いた友人が「ウキウキで足取り軽し」なのが笑えます。

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次世代燃料を作る未知微生物 16srRNA系統図とは？

実は昨日書いていたんですけど、またしてもブラウザの戻るボタンを押してしまい、きれいさっぱり消えてしまいました。
ということでリベンジ。

今でも微生物の存在は地球にとってなくてはならないものですが、私たちの未来を担う存在でもあるのです。

世界で初めて微生物によるメタンハイドレート形成過程の解明に糸口 平成18年2月6日発表　独立行政法人海洋研究開発機構

「燃える氷」作る微生物、国際チームが初めて確認 (読売新聞) - goo ニュース


・・・・・・・・・・・・・・要約すると・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
１．次世代の燃料として期待されている「メタンハイドレード」は、どうやら生物が生成した形跡がある。

２．メタンハイドレードに関係する生物は今まで知られていなかった。

３．メタンハイドレードが存在する海底の堆積物を取ってきて、その中にRNAがあるかどうか調べた。

４．RNAの調査は、微生物の進化系統図を作成するときに用いられる「16s rRNA系統解析」を用いた。

５．系統解析ではこれまで知られていないデータが得られ、未知の微生物が存在する可能性が示唆された。
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・


さて、この中で出てくる16s rRNA系統解析。なんのこっちゃわからない方も多いのでは？
これはつまり微生物の進化を調べるときにとても都合のいい解析手法なのですが、なぜ都合がいいのかわかりやすく説明してみようと思います。
その前に、ｒRNAとはなんだろう、というところから行ってみましょう。

◆rRNA　リボソームアールエヌエー　（ribosomal RNA）

RNA・・・リボースを糖として持つ核酸。rRNA、tRNA、mRNAが主なほか、snRNA、snoRNA、gRNA、miRNAなどがある。
ｒRNA・・・リボソームを構成するRNA。RNA全体から見て8割を占める。
リボソーム・・・
　　　　　　　真核生物と原核生物で大きさが違い、それぞれ大きなユニットと小さなユニットが結合している状態。
16s rRNA・・・・原核生物の小さなサブユニットは、沈降定数16S のリボソームで構成されている。

ところで何故16S rRNAで進化のことがわかるのでしょう。
16S RNAは比較的保存性が高い核酸で、保存性の高い部位と比較的変異のある部位があり、比較するに必要十分な長さとして存在し、更に細胞内にたくさん存在するから楽なんです。

そして、一番重要なこと。
微生物は培養する条件に実に敏感です。
ちょっとでも温度が不適切であったり、なければ増殖できない物質が足りなかったり、果ては栄養が極限まで少ないところでないと生きることが出来なかったり、そういうことが原因で培養が不可能なことが多いです。
未知の微生物となると、その適正な培養条件がわかりません。
そこで、拾ってきた土の中に微生物がいる（いた）かどうか、16S RNAを調べ、推測することが出来るのです。
16S RNAは系統図を作成するときにも役立つものですから、今まで系統図化されてきた微生物との相関図も作成することができます。

保存性が高く残っているRNA。
それだけ全ての生き物の中で重要な役割をもち、しかも無駄なものを省いているということですよね。
生物は詳しく見ればみるほど、興味深いものです。

久しぶりに！
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免疫力の低下

インフルエンザから回復した土曜日、ちょっと仕事で、この極寒の中1時間外にいなければなりませんでした。

病み上がりって怖いですね。


風邪引きました。


何しろ鼻が利かない。水っ洟流し放題。
免疫力無くなってるんでしょうね、体力も低下してるし・・・。
土曜日午後は早めに寝たのですが、7時までぐっすり。
疲れてるんだなぁ・・・。
今日も早めに寝たのですが、（いつもそうなのですが）この時間には目覚めました。
ちょっとは回復してるのかな？

元凶

久しぶりにデザイン変更してみました。

久しぶりに仕事にも行ってみました。

マスクして行ったのですが。朝の挨拶後すかさず


「うつさないでよ」by上司


心の中での返答↓
天下の住友スリーエムのマスクですから。
てか元凶みたいに扱われて悲しいんですが。

耳かき大好き

インフルエンザダイエットで3kg減量に成功！苦しみの中にも喜びがあったspirillumです。
2日も待たずに元に戻ったりするんだこれが。精神の期待とは裏腹に。自分の肉体とはいえガッカリですね。

さて、インフルエンザ中に耳かきフェチとしては捨てがたいニュース。


耳あかの型は１塩基が決定　乾燥タイプは“突然変異” (共同通信) - goo ニュース
乾燥したタイプと湿ったタイプの２つがある人の耳あか。どちらのタイプになるかは、遺伝情報を担うＤＮＡの塩基配列の、たった１カ所の違いで決まることを新川詔夫長崎大教授（分子医療）らが明らかにし、２９日付の米科学誌ネイチャージェネティクス電子版に発表した。

実は、耳あかは本来湿っているもので、乾燥したタイプは耳あかではなく、単に皮膚がはがれたもの。乾燥タイプの人は耳あかが出ない“突然変異”で、日本人は約８割がこのタイプだという。
新川教授らは、日本人１２６人の塩基配列を調べた。その結果、ある１カ所の塩基が変異した遺伝子を両親双方から受け継いだ人は「ＡＢＣＣ１１」というタンパク質が合成されず、耳あかが出ないことを突き止めた。
さらに、世界の３３民族、計約３２００人について調べたところ、耳あかの出ない人は日本を含む北東アジアに多く、南方や欧米、アフリカに行くにしたがい徐々に減ることも判明した。

おおー。カサカサタイプは突然変異だったのですね。
日本では80%がカサカサ耳垢・・・というか唯の皮膚。身体の垢と一緒。
真の耳垢の人のほうが珍しいという状態。
こんなところで人類のルーツをたどれるとは。
劣性遺伝子（表現型として現れるには同じ遺伝子が2つ並ぶ必要がある)なのかな、両方がカサカサじゃないといけないということは。

耳のためにはどちらの状態がいいのかな？
カサカサしか体験したことのない私、耳かきフェチです。
取るという行為も好きだし、取っている間は夢見心地・・・。
カサカサだと掃除し辛いんですよ。まとまって取れないというか・・・。
しかもしょっちゅう掃除してるもんだから、余計に大物に出会えず悲しい思いばかり。
巷では究極の耳かきが登場してるのですが、ご存知ですか？
ワイヤー耳かき。（Google）
この商品宣伝の写真で「ありえない！」っていうほどのものがあるのですが、これ位取る体験が出来たら死んでも悔いはないな、って思う私はアホです。