ツールに付帯する規約(ライセンス)と配布方法次第かと……

ウィニー開発者に罰金１５０万円の有罪判決　京都地裁 - ikepyonのお気楽な日々～技術ネタ風味～

……で、ikepyonさんが現在構想中のWebアプリ脆弱性検査ツールについて「不正アクセス禁止法幇助になるかなぁ……」と危惧されているみたいですが……。

んー、それはツールに付帯する規約(ライセンス)と、ツールの配布方法次第でカバーできると思いますよ。

例えばNessusの配布方法を参考に……

ツールのダウンロード(配布)には、ライセンスに必ず同意しなければならないようにする

ダウンロード(配布)前に、必要最小限の個人情報を入力させる(氏名、連絡可能なメールアドレス程度?)
……などの方法を採る事で、ツール配布による法的リスクは回避できると思います。

ライセンスに同意した時点で、ツール利用者(甲)とツール配布者(乙)との間に、一種の契約関係が結ばれたと見なせるでしょうし。

まぁツール配布前に、弁護士などの法曹関係者に軽く相談してみるのも一つの手でしょうね。