「ノード毎に別個のファイルとしてエクスポート」の仕様説明

ノードをフォルダまたはファイルに書き出すにあたって同名ファイル（フォルダ）が同じ階層に存在した場合普通なら「ファイル名～01」とかにするのですが
エクスプローラなどのファイラーで閲覧したときに順序が変わってしまうので先頭にゼロ連番を付加します

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ノードに子供はある → フォルダとなる → しかし文書も持っている（readme.nna の「NanaTreeの機能」）場合
「002NanaTreeの機能」フォルダの中に「000NanaTreeの機能.txt」が作られる事になります

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上記と反対に
ノードに子供が無く文書がある場合ファイル（txt or rtf）になりますが兄弟ノードが存在する場合エクスプローラの性質上フォルダ → ファイルの順になってしまいます
なので
この場合もフォルダ内に「フォルダ名.txt」を作成する事になります

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親の違う子ノードを同時に選択する場合設定の
「複数ノード選択時に、同一階層以外のノードも選択可能にする」にチェックを入れる必要があります

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頭ゼロ三桁とか足りないという方は一旦 Nana を終了して
NanaTerry.ini をメモ帳や他のエディタで開き
ExportSeparatesMethod.PreZeroCount=3
を 4 とか 5 に変更してください

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順序なんて気にしない同名ノード名など存在しないナンバリング必要ないという方は申し訳ありませんが処理後
他のリネームソフトなどで除去してください