一部につき第１項の適用がある場合においても，「課税標準たる不動産の価額」は影響を受けず，「１６０万円」であるというのがポイントである。
理に適った考え方であるが，どうやら「登記研究９０１号」の質疑応答で，「第２項の適用がある」とするものがあったということで，今回の事務連絡に至ったようである。
ｃｆ． 「登記研究９０１号」の質疑応答に関する参考
https://ebina-asuhare.com/20230425-sozeitokubetusotihou/
○ 租税特別措置法第８４条の２の３第２項の適用の考え方について（令和６年３月１９日付け法務省民事局民事第二課赤間補佐官事務連絡）
租税特別措置法（昭和３２年法律第２６号。以下「租特法」という。）第８４条の２の３第２項では「登記に係る登録免許税法第１０条第１項の課税標準たる不動産の価額が１００万円以下」であるときは、相続による所有権の移転の登記を受ける場合の登録免許税を課さないと規定されているところ、先般、一部の法務局から、下記１の事例において同項の適用を受けられるのかとの問合せがありました。
これについては、下記２のとおりと考えられますので、御留意願います。
記
１ 被相続人Ｘが所有権登記名義人となっている固定資産税評価額が１６０万円の土地について、Ｘの死亡後に死亡したＡと存命のＢが法定相続分（２分の１）により相続登記をする。この場合の登録免許税について租特法第８４条の２の３第２項が適用されるか。
２ 登録免許税法（昭和４２年法律第３５号）第１０条第１項では「不動産の登記の場合における課税標準たる不動産の価額は、当該登記の時における不動産の価額による」と規定されているところ、
ここでいう登記の時における不動産の価額とは、相続登記の申請時における不動産の固定資産税評価額であり、上記１の事例においては１６０万円が不動産の価額となります。また、この場合の登録免許税額は、１６０万円に税率千分の四を乗じた額（６，４００円）となります。
上記１の事例においては亡Ａと存命のＢとの法定相続分による相続登記であるところ、亡Ａについては、租特法第８４条の２の３第１項の「当該個人（死者）を当該土地の所有権の登記名義人とするために受ける登記」に該当するため、登録免許税は課されないこととなります。そのため、上記の登録免許税額から亡Ａが所有権の移転を受ける持分に相当する部分（２分の１部分）に係る登録免許税額を控除した額（３，２００円）が、上記１の事例においてＢが納付すべき登録免許税額となります。
この場合において、存命のＢが納付すべき登録免許税については、課税標準たる不動産の価額が８０万円となるので、租特法第８４条の２の３第２項の適用を受けられるのではないか、との問合せをいただいたところですが、上記のとおり、租特法第８４条の２の３第１項の適用によって、亡Ａが所有権の移転を受ける持分に相当する部分に係る登録免許税額が控除されるのみであり、登記の対象となる不動産の課税標準に影響を及ぼすものではなく、上記１の事例については措特法第８４条の２の３第２項は適用されません。
なお、「共有持分の相続に係る所有権の移転の登記の場合における租特法第８４条の２の３第２項の適用の可否の判断をするに当たっての不動産の価額は、登録免許税法第１０条第２項の持分の割合を乗じて計算した額とするのが相当」とした平成３１年の質疑応答（登記研究８５１号１３９頁）がありますが、当該質疑応答は被相続人が共有持分を有する場合の事例であり、上記１の事例とは趣旨が異なるものですので、申し添えます。
