本日からはUniv. of ArizonaのBonnie Hurwitz先生。
演題は「The new molecular microbiology:impact on understanding of diabetic foot infections」
・これは編集長にとっても非常にEye openingな発表でした。全く新しいTechnologyによるPerspectiveです。
・分子生物学的な視点から糖尿病足の感染症の治癒と菌量・菌種・病原性がどのように関与するか・・
・分子生物学的に言うと「培養は99.6％の微生物を検出しそこなっている・・」との事です。
・もしかして我々は培養できたものを悪者に仕立て上げているかも。培養→Genomics。検体から直接→Metagenomics
・臨床診断に用いられるDNA sequencingの発展はめざましい。（安くなり、性能は上がっている）
■Metagenomic approachには2種類ある。「16S Ribosomal RNA gene」と「Whole genome shotgun」
・16S Ribosomal RNA gene：Single gene markerを調べる。「検体に誰がいるか」分かる。対象は細菌のみ。（ウイルスなどは駄目）
・Whole genome shotgun：全ての微生物の完全なDNAを調べる。「検体に誰がいるか、そして何しているか」分かる
■16S Ribosomal RNA:
・培養よりも多くの微生物を検出出来る。
・この技術で糖尿病足の感染症も臨床状況により原因微生物が変わる事が分かった。
①浅い、短期間の傷：黄色ブドウ球菌、ブドウ球菌が多く、嫌気性菌は少ない
②深く、長期間の傷：菌の種類、嫌気性菌などが増える
③血糖コントロール悪い：ブドウ球菌、連鎖球菌が増える
・この手法の問題点
①細菌のみ
②死菌もカウント
③感受性情報無し
④病原性は不明
Gardner SE
The neuropathic diabetic foot ulcer microbiome is associated with clinical factors.
Diabetes. 2013 Mar;62(3):923-30. doi: 10.2337/db12-0771.
PMID: 23139351
■Whole genome shotgun：
・長所
①ウイルス、細菌、真菌、アーキア古細菌を対象と出来る
②Metagenomics(DNA), Meta-transcriptomics(RNA), Metabolomics(Metabolites)が分かる = What are they doing?が分かる
・傷の深さに関係するもの。菌の「種類よりも活性」が異なる。
Ammons MC
Biochemical association of metabolic profile and microbiome in chronic pressure ulcer wounds.
PLoS One. 2015 May 15;10(5):e0126735.
PMID: 25978400
演題は「The new molecular microbiology:impact on understanding of diabetic foot infections」
・これは編集長にとっても非常にEye openingな発表でした。全く新しいTechnologyによるPerspectiveです。
・分子生物学的な視点から糖尿病足の感染症の治癒と菌量・菌種・病原性がどのように関与するか・・
・分子生物学的に言うと「培養は99.6％の微生物を検出しそこなっている・・」との事です。
・もしかして我々は培養できたものを悪者に仕立て上げているかも。培養→Genomics。検体から直接→Metagenomics
・臨床診断に用いられるDNA sequencingの発展はめざましい。（安くなり、性能は上がっている）
■Metagenomic approachには2種類ある。「16S Ribosomal RNA gene」と「Whole genome shotgun」
・16S Ribosomal RNA gene：Single gene markerを調べる。「検体に誰がいるか」分かる。対象は細菌のみ。（ウイルスなどは駄目）
・Whole genome shotgun：全ての微生物の完全なDNAを調べる。「検体に誰がいるか、そして何しているか」分かる
■16S Ribosomal RNA:
・培養よりも多くの微生物を検出出来る。
・この技術で糖尿病足の感染症も臨床状況により原因微生物が変わる事が分かった。
①浅い、短期間の傷：黄色ブドウ球菌、ブドウ球菌が多く、嫌気性菌は少ない
②深く、長期間の傷：菌の種類、嫌気性菌などが増える
③血糖コントロール悪い：ブドウ球菌、連鎖球菌が増える
・この手法の問題点
①細菌のみ
②死菌もカウント
③感受性情報無し
④病原性は不明
Gardner SE
The neuropathic diabetic foot ulcer microbiome is associated with clinical factors.
Diabetes. 2013 Mar;62(3):923-30. doi: 10.2337/db12-0771.
PMID: 23139351
■Whole genome shotgun：
・長所
①ウイルス、細菌、真菌、アーキア古細菌を対象と出来る
②Metagenomics(DNA), Meta-transcriptomics(RNA), Metabolomics(Metabolites)が分かる = What are they doing?が分かる
・傷の深さに関係するもの。菌の「種類よりも活性」が異なる。
Ammons MC
Biochemical association of metabolic profile and microbiome in chronic pressure ulcer wounds.
PLoS One. 2015 May 15;10(5):e0126735.
PMID: 25978400
