首相官邸は１６日朝、台風１８号に対応するため、官邸の危機管理センターに情報連絡室を設置した。安倍晋三首相は午前、米村敏朗内閣危機管理監に指示を出した。（１）緊張感を持って被害状況の把握に努める（２）被災者の救命・救助に全力を挙げ、住民の避難に万全を期す（３）関係省庁一体となって対応にあたる（４）国民への的確な情報提供に努める――の４点を求めた。
また、首相は昼過ぎには首相公邸に米村氏をよび、指示内容の徹底を求めるとともに被害状況や対応について８分間説明を受けた。
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