※登場順です。
第89駐屯地
LFOライダー養成機関の第１号となる、「ニューウェイブ」が設立された場所。
ディグダ
軍が管理しているLFO発掘場。
スカブコーラルの変動が活発な土地で、地図が役にたたないほど頻繁に地形が変化している。
盗賊団ギルズの襲撃を受けた。
ベスタ
辺境の塔都市。
「LFO狩り」が多発しており、住民による自警団が複数組織されているが、自警団同士の対立が問題にもなっている。
セナン
ニルヴァーシュの強奪が行われた塔都市。
叛乱を起こしたホランドが「ray=out」によってこの都市を訪れることを予告したため、外部からの人間が多数流入し、社会不安が高まっていた。
「エウレカはニルヴァーシュと生まれてから１日も離れたことがない」とミーシャが言っていることから、ホランドが月光号を奪って潜伏した後のしばらくの間は、エウレカとミーシャはこの都市の研究機関にいたことが推測される。
この二人のゲッコーステイトへの加入は、ホランドによる塔の襲撃の際に、混乱に乗じて行われたと考えるのが妥当か。
ベルフォレスト
レントンの故郷。ここから物語は始まった。北国という設定らしい。（１話）
士官学校や演習場など軍施設が多いことが特徴。
レントンに言わせれば最悪の街らしい。
サーストン工場倒壊後も、アクセルは別の場所で工房を開いて暮らしている。
オールランド
渓谷地。大規模な州軍の基地がある。（４話）
アルシス塔
自治権がある塔都市の一つ。
サン・アルシス山脈
アルシス塔の西南に連なる山脈。
ストロホルン
有名な間欠泉があることで知られる。密輸を引き受けた月光号が訪れた場所。（４話）
フリフトラン
クリエ主催のリフボード大会が開催されたリゾート地。
バーデス
積荷のワックスを売り払おうと月光号が立ち寄った都市。（６話）
コペル基地
デューイのせいかどうかは不明だが、爆発事故が起こった州軍基地。（６話）
ブナポー
軍上層部の命令によりコンパクドライブの量産が開始された工業都市。（８話）
シウダデス・デル・シエロ（現在）
反政府組織ヴォダラクが拠点としていた塔都市。
「天空の都」という名の通り、美しい都市だったが、３年前軍の特殊部隊により壊滅的に破壊された。
現在ではヴォダラクの生き残りたちが細々と暮らしている。軍により定期的に爆撃が行われ、復興のめどは立たない。しかし、この土地はヴォダラク教徒にとって特別な意味があるようだ。
この地は真理を求め「グレートウォール」へ向かう人々が通過する門であり、その際に必ず何らかの選択を強いられるという。そのため「選択の門」という呼び名もある。（９話）
シウダデス・デル・シエロ（過去）
「天空の都」という名の通り、美しい塔都市だった。（９話、３４話）
グレートウォール
ヴォダラクの聖地、シウダデス・デル・シエロのさらに先にあるという地。
この世界とは別の世界につながっているような説明がエピソード中に登場する。
ダイアンはここを通ったその向こうの世界に消えたのかもしれない。（１０話）
マナアキ基地（現在）
タルホが故意に弾道飛行の目標地点をここに変更した。ホランドとタルホにとって、ここは宿命の土地。
ゲッコーステイトの歴史はここから始まったともいえるか。（１０話）
マナアキ基地（過去）
地殻変動により、３～４年で荒れ果ててしまった。
ホランドやタルホがまだ軍籍に身を置いていたころの様子。（１０話）
イオギス
地図でのみ登場する。
サウスアイレス同様、都市名ではなく大陸エリア名だと思われる。（１１話）
サリサオルネ
突然のコーラリアン雲の出現により、都市機能がマヒして多大な被害を蒙った大都市。（１３話）
コントロラド
温暖な気候の塔都市。アドロックゆかりの地でもある。
レントンの叔父であるユカタンがここで農場を経営している。
ゲッコーステイト（の３人）はパンチャの実を求めて、ここを訪れた。（１５話）
ハッシェンダ/FAC51
最古の発掘場。かつては大規模な居住区が建造されて活気にあふれていたが、現在は廃棄されて久しく、無人である。
トラパーはすでに枯渇して、埋まっているアーキタイプも次々と死滅していっているが、その最深部には莫大な量のトラパー源泉が眠っていると信じている発掘屋もいる。
廃棄され無人であることを理由に、月光号が修理のために身を隠した場所である。（１６～１９話）
オーラ・デ・プンダ
月光号のリフレクション・フィルムの材料となる、スカイフィッシュ捕獲作戦が行われた谷。
・・・ドギー兄さんの一発芸、「耳ギョウザ」が見ることができた唯一の場所。（１７話）
リーブルビル
ハッシェンダを離れた月光号の中で、レントンがホランドに対してエウレカを大きな病院に入れるために向かおうと提案した場所。
大規模な都市だと思われる。（２０話）
ダブグレイブ刑務所
ヴォダラクの高僧が捕らえられていた刑務所。近くには州軍基地がある。（２０話）
カラダニ
高僧エックスを救出するためにホランドが単独で606で出撃した際、ショートカットに通過した場所。空（から）の谷か。（２０話）
オルパサ
ヴォダラクによる無差別テロが行われ、多数の市民が犠牲になった大都市。
ビームス夫妻は、死に瀕したヴォダラク教徒の娘の聖地への移送を依頼された。（２３話）
ウィリアムの故郷
白鳥号をあとにしたレントンが行き倒れになった場所。
膨大な数のパイルバンカーが打ち込まれている。（２５話）
ギアナス
レントンが月光号に戻るべく、一番近い都市をめざした。それがここだった。
しかし、州軍包囲網が展開されており、大激戦の地となる。（２５話、２６話）
カルザス
州軍による包囲網が完成しつつある中、月光号が進路変更をして補給に向かおうとした都市。（２６話）
七色雲海
（２６話）
フェレス
デューイによるオレンジ作戦第１号によって、強制的にクテ級コーラリアンを発生させられ、それに伴って出現した夥しい数の抗体コーラリアン群によって、壊滅的に破壊された塔都市。（３１話、３２話）
グレミコア
フェレスに続いて、オレンジの試射が行われて犠牲となった塔都市。
抗体コーラリアンの活動を観測するため、犠牲者となる住民が多数存在する塔都市が選ばれるもよう。