na.omit を使おう

生物系の人が苦しめられるあのデータ形式をRで扱いやすいように変換する

data1 = read.table("clipboard", header=TRUE)
data2 = stack(data1)
data = subset(data2, !is.na(values))

を紹介しているが，subset を使うよりは na.omit が単純明快

data = na.omit(stack(read.table("clipboard", header=TRUE)))

おまけ

dplyr を使えば
data = read.table("clipboard", header = TRUE) %.% stack() %.% subset(!is.na(values))

のように中間変数が要らないと自慢（？）しているが，上のように関数の入れ子の方が分かりやすい。