本支店一括登記申請の手数料

　組合等登記令第２５条により，組合等の登記については，商業登記法第４９条の規定が準用されている。

商業登記法
第４９条　法務大臣の指定する登記所の管轄区域内に本店を有する会社が本店及び支店の所在地において登記すべき事項について支店の所在地においてする登記の申請は、その支店が法務大臣の指定する他の登記所の管轄区域内にあるときは、本店の所在地を管轄する登記所を経由してすることができる。
２　前項の指定は、告示してしなければならない。
３　第一項の規定による登記の申請と本店の所在地における登記の申請とは、同時にしなければならない。
４　申請書の添付書面に関する規定は、第一項の規定による登記の申請については、適用しない。
５　第一項の規定により登記を申請する者は、手数料を納付しなければならない。
６・７【略】

登記手数料令
第１２条　商業登記法第４９条第１項 （同法 その他の法令において準用する場合を含む。）の規定による登記の申請についての手数料は、一件につき３００円とする。

　したがって，登録免許税が課されない組合等の登記についても，主たる事務所所在地における登記と従たる事務所所在地における登記を一括して申請するときは，手数料を納付しなければならないのである。

　これまで気にも留めていなかったが，なんとなく変？　というよりも，組合等の登記についても，普通に登録免許税を課してはどうかと思うのだが・・。

　余談だが，組合等の登記については，「法律なければ課税なし」というわけで，登録免許税法第２条が定める「別表第１に掲げる登記等」に含まれないので，登録免許税が課されないものである。「非課税」ではなく，「不課税」なのである。念のため。