≪ご注意≫以下の説明は会社の法人税を前提としております。
税務調査で売上の計上漏れを指摘された場合には当然のこととして修正申告（当初の申告よりも所得と税額を増やすための申告）をしなければなりませんが、売上の計上漏れには次の二つの類型があり、それぞれで処理が異なってきます。
（１）単純な処理ミスで後日修正されているもの
売上を計上する期（事業年度）を誤った場合がこの典型です。例えば、本来ならば第２期の売上とすべきものを第３期の売上としている場合です。
このような場合、第２期としてその漏れていた売上を「加算」して修正申告をしなければなりませんが、第３期では計上していることから第３期の申告書ではその分を「減算」することができます。要するに、決算書では第３期の売上になっているのを申告書においては第２期の所得を増やして第３期の所得を減らすということです（決算書は修正しません！）。
【実務上の扱い】
税務調査は複数の期にわたって行われることが通常です。例えば、第４期中に第１期から第３期の税務調査が行われたとします。そして、第２期で売上の計上漏れを指摘されそれが第３期の決算書でも修正されていない場合、原則からすれば第２期を修正申告しなければなりませんが第３期で修正申告するということが行われています（いずれにしても申告書で減算できるのは決算書でも売上に含めた第４期以降となります）。
これは、第２期あるいは第３期のいずれで修正申告しようが課税上の弊害がない（追徴税額や加算・延滞税が変わらない）場合に限って認められる方法です。また、修正申告の対象となる期を少なくすることで事務処理を減らすという納税者への配慮でもあります。
なお、第２期の計上漏れが第３期の決算書に含まれている場合には、課税上の弊害がなければ修正事項とされることはありません。
（２）意図的で悪質なもの
売上の一部を意図的に除外し、売上代金を代表者の個人的支出に充てていた場合などがこれです。この場合には上記（１）のような「甘い！」扱いにはなりません。
除外していた売上を除外していた期で加算して修正申告しなければならないのは当然として、さらに、その除外していた売上相当額が代表者の給与とされます（代表者に所得税が課税されます）。
決算書においては上記（１）同様、税務調査の対象となった最終の期の次の期以降で売上を計上することになりますが、問題はその場合の「借方」です。これは、「役員賞与」としなければなりません。当然、損金不算入です。上記（１）のように後で計上しても申告書で減算することはできません。つらいですね・・・
【税務署を説得する！】
例えば、第４期中に第１期から第３期の税務調査が行われたとします。
第１期で売上が除外され第３期で代表者から返金されている場合には許してもらえるでしょう（当然、第３期の決算書で売上計上もされている）。ただし、この間は代表者に対して会社が貸していたということになりますので「金利」の問題が生じます。要するに、代表者は会社に金利を支払わなければならないのです。また、会社は金利を収益として計上しなければならないのです。（この件の説明は長くなりますのでまたの機会にさせていただきます。）
第１期で売上が除外され第３期までに代表者から返金されていない場合は相当苦しいです。「後で（第４期以降に）返すから！」は信じてもらえません。売上加算の修正申告（以後も減算できない）＋代表者の給与（代表者に所得税が課税されます）となるでしょう。税理士さんとじっくり話し合ってください・・・
（これからはこんなことはしないようにしましょう！）
税務調査で売上の計上漏れを指摘された場合には当然のこととして修正申告（当初の申告よりも所得と税額を増やすための申告）をしなければなりませんが、売上の計上漏れには次の二つの類型があり、それぞれで処理が異なってきます。
（１）単純な処理ミスで後日修正されているもの
売上を計上する期（事業年度）を誤った場合がこの典型です。例えば、本来ならば第２期の売上とすべきものを第３期の売上としている場合です。
このような場合、第２期としてその漏れていた売上を「加算」して修正申告をしなければなりませんが、第３期では計上していることから第３期の申告書ではその分を「減算」することができます。要するに、決算書では第３期の売上になっているのを申告書においては第２期の所得を増やして第３期の所得を減らすということです（決算書は修正しません！）。
【実務上の扱い】
税務調査は複数の期にわたって行われることが通常です。例えば、第４期中に第１期から第３期の税務調査が行われたとします。そして、第２期で売上の計上漏れを指摘されそれが第３期の決算書でも修正されていない場合、原則からすれば第２期を修正申告しなければなりませんが第３期で修正申告するということが行われています（いずれにしても申告書で減算できるのは決算書でも売上に含めた第４期以降となります）。
これは、第２期あるいは第３期のいずれで修正申告しようが課税上の弊害がない（追徴税額や加算・延滞税が変わらない）場合に限って認められる方法です。また、修正申告の対象となる期を少なくすることで事務処理を減らすという納税者への配慮でもあります。
なお、第２期の計上漏れが第３期の決算書に含まれている場合には、課税上の弊害がなければ修正事項とされることはありません。
（２）意図的で悪質なもの
売上の一部を意図的に除外し、売上代金を代表者の個人的支出に充てていた場合などがこれです。この場合には上記（１）のような「甘い！」扱いにはなりません。
除外していた売上を除外していた期で加算して修正申告しなければならないのは当然として、さらに、その除外していた売上相当額が代表者の給与とされます（代表者に所得税が課税されます）。
決算書においては上記（１）同様、税務調査の対象となった最終の期の次の期以降で売上を計上することになりますが、問題はその場合の「借方」です。これは、「役員賞与」としなければなりません。当然、損金不算入です。上記（１）のように後で計上しても申告書で減算することはできません。つらいですね・・・
【税務署を説得する！】
例えば、第４期中に第１期から第３期の税務調査が行われたとします。
第１期で売上が除外され第３期で代表者から返金されている場合には許してもらえるでしょう（当然、第３期の決算書で売上計上もされている）。ただし、この間は代表者に対して会社が貸していたということになりますので「金利」の問題が生じます。要するに、代表者は会社に金利を支払わなければならないのです。また、会社は金利を収益として計上しなければならないのです。（この件の説明は長くなりますのでまたの機会にさせていただきます。）
第１期で売上が除外され第３期までに代表者から返金されていない場合は相当苦しいです。「後で（第４期以降に）返すから！」は信じてもらえません。売上加算の修正申告（以後も減算できない）＋代表者の給与（代表者に所得税が課税されます）となるでしょう。税理士さんとじっくり話し合ってください・・・
（これからはこんなことはしないようにしましょう！）