様々な言語によるコードをインラインで R の関数にする

cfunction は，様々な言語によるコードをインラインで R の関数にしてくれる。
対応している言語は "C++", "C", "Fortran", "F95", "ObjectiveC", "ObjectiveC++"。
FORTRAN も含まれているのが私にとっては懐かしい。

code <- "
      integer i
      do 10 i = 2, n(1)
        x(i) = x(i-1)+x(i)
   10 continue
"

fun <- cfunction(signature(n="integer", x="numeric"), code, convention=".Fortran")

ただ，計算内容によっては，R の関数の方が速い場合があるので，注意が必要。

実行結果

> n <- 10000000
> x <- rnorm(n)

> system.time(a <- cumsum(x))
   ユーザ   システム       経過 
     0.104      0.000      0.104

> system.time(b <- fun(n, x)$x)
   ユーザ   システム       経過 
     0.180      0.003      0.182

> all.equal(a, b)
[1] TRUE

前の記事のプログラミング例を FORTRAN でやってみると，計算時間は同じくらいになる。

> code <- "
+       integer i, j
+       do 10 i = 1, nx(1)
+           do 20 j = 1, ny(1)
+               z(i+j-1) = z(i+j-1)+x(i)*x(j)
+    20   continue
+    10 continue
+ "
 
> fun3 <- cfunction(signature(nx="integer", x="integer", ny="integer", y="integer", nz="integer", z="integer"), code, convention=".Fortran")

> system.time(ans <- fun3(1000, x, 1000, y, 1999, z))
   ユーザ   システム       経過 
     0.001      0.000      0.002

> all.equal(ans$z, a)
[1] TRUE