社伝によれば、三毛入野命が神籬を建てて祖神の日向三代とその配偶神を祀ったのに創まり、後に三毛入野命の子孫が十社大明神を配祀、垂仁天皇の時代に社殿を創建したと伝える。天慶年間（938-47年）に豊後国から大神惟基の長子政次が当地に入り高知尾（高千穂）氏を興し、同氏は当神社を高千穂八十八社の総社として崇めたと
中世に高千穂氏によって紀州の熊野信仰がもたらされた
主祭神は一之御殿に高千穂皇神（たかちほすめがみ）、二之御殿に十社大明神。
高千穂皇神は天津彦火瓊瓊杵尊と木花開耶姫命、彦火火出見尊と豊玉姫命、彦波瀲武鸕鷀草葺不合尊と玉依姫命の総称。
十社大明神は神武天皇の皇兄、三毛入野命（みけぬのみこと）とその妻子神9柱。
三毛入野命の妃神である鵜目姫（うのめひめ）命と、両神の御子神である御子太郎（みこたろう）命、二郎命、三郎命、畝見（うねみ）命、照野（てるの）命、大戸（おおと）命、霊社（れいしゃ）命、浅良部（あさらべ）命の総称。
鵜目姫命は祖母岳明神の娘神で、鬼八に捕らわれていたところを三毛入野命に助け出され、後にその妃神になったと…
当地伝承では、十社大明神の中心である三毛入野命は、高千穂一帯を荒らしていた鬼神の鬼八（きはち）を退治、当地に宮を構えたと伝える。神社の縁起書『十社旭大明神記』には、神武天皇の皇子「正市伊」が「きはちふし」という鬼を退治し、その後正市伊とその子孫等が十社大明神として祀られたと…
『八幡宇佐宮御託宣集』巻2に、「高知尾（明神）」は神武天皇の御子である神八井耳命の別名で、「阿蘇（大明神）」の兄神であると…
『平家物語』巻8緒環段では、「日向国にあがめられ給へる高知尾の明神」の正体は「大蛇」で豊後緒方氏の祖神であると…
御神木は源頼朝が天下泰平を祈願するため、代参の秩父氏一族畠山重忠が秩父から苗木を持参、手植えをして奉納。
本殿左側に荒立神社・四皇子社 - 荒立神社は猿田彦大神・天鈿女命、四皇子社は神武天皇・五瀬命・稲氷命・三毛入野命を祀る。
本殿東後方に垂仁天皇の勅命による社殿創建に用いられた「鎮石（しずめいし）」
お旅所である
槵触(くしふる)神社下の天真名井まで神輿が巡幸、神楽が奉納される。
