よく分からない・・水利組合の協力金

　愛知県の西側、尾張・海部地区に水利組合は多くあります、農業に欠かせない水を管理しています。知多半島の愛知用水を管理している事務所も有ります。尾張・海部地区の水利組合は愛知用水ほど規模は大きくないのですが、住宅を新築したり既存の住宅を買って建て替えたりするたびに協力金（？）と称したお金を納めないと建築確認が下りません。建築主から「何のお金ですか？」とよく聞かれますがなかなかはっきり説明が出来ません。更に地元の区長さんにもこの協力金なるお金を払わなければならない地区も有り2重にお金が必要になる場合も有ります。住宅を建てるときは何かとお金が要るのでこういったよく分からない出費はなるべく少なくしたいですよね。市町村で出来ることは地元の水利組合や区に任せず隣どうしの市町村と連携して役割を担っていただけると窓口も1カ所で済むので助かるのですが？