相関係数からクラスター分析

相関係数からクラスター分析

TM (2009-02-22 (日) 16:33:45)

超初心者です。
マトリックスの相関係数からクラスター分析をしたいと考えています。相関係数rをd=2(1-r)の距離に直したマトリックスをエクセルで作成しています。既に距離になっているはずなのですが、これをクラスター分析しようと、入力したところ、

data1<-read.table("ox008.csv",header=TRUE,sep=",")

data1

X A B C D

1 A 0 1 2 2
2 B 1 0 2 2
3 C 2 2 0 2
4 D 2 2 2 0

data1.hc<-hclust(data1)

以下にエラー if (n <2) stop("must have n >= 2 objects to cluster") :
引数の長さが0です

plot(data1.hc)

以下にエラー plot(data1.hc) : オブジェクト "data1.hc" は存在しません

のようなエラーメッセージが出ます。
何が問題なのでしょうか？

hclust のオンラインヘルプをみて，引数のクラスが何であるべきか見れば，こんなところで聞かなくてもすぐにわかるのになあ。

data1.hc<-hclust(as.dist(data1))

とするだけなんだよね。

既に距離になっているはずなのですが

という，思いこみが，残念。 更に言えば，何が悲しくて相関係数を距離行列に変換するのに Windoze の エクセルなんか使うのか不思議。