ダメ出し：プログラムが正しいかどうか，テストデータで確かめよう

まことに，申し訳ありませんでした。再現プログラムの文字列定義に誤りがありました。

かさねて，お詫びいたします。

=========================　元記事

"Any idea for creating a new variable from multiple-variable conditions?" にて，3 変数のとる値によって別の新しい変数を定義することについて，プログラムが2つ示されている。

どちらが速いか？と吟味しているが，そもそも，そのプログラム自体が間違っているので，速度には意味がない。

このような，若干複雑な問題については，稚拙でもよいから間違いが入り込む余地の少ないプログラミングが望まれる。そして，そのプログラムが正しいかどうかについて，適切なテストデータでもって検証する必要があるだろう。

そのような段階で，プログラムの仕様の曖昧さも分かったりするものだ。例えば，今回の例で言えば，HBsAg が pos なら，HBcAb, HBsAb が any で Active となっているが，NA も any に入るのか？とか。

テストデータの作成
> HBsAg = factor(c("pos", "neq", NA))
> HBcAb = factor(c("pos", "neq", NA))
> HBsAb = factor(c("pos", "neq", NA))
> hbv.data <- expand.grid(HBsAg, HBcAb, HBsAb)
> colnames(hbv.data) = c("HBsAg", "HBcAb", "HBsAb")

テストデータ
> hbv.data
   HBsAg HBcAb HBsAb
1    pos   pos   pos
2    neq   pos   pos
3   <NA>   pos   pos
4    pos   neq   pos
5    neq   neq   pos
6   <NA>   neq   pos
7    pos  <NA>   pos
8    neq  <NA>   pos
9   <NA>  <NA>   pos
10   pos   pos   neq
11   neq   pos   neq
12  <NA>   pos   neq
13   pos   neq   neq
14   neq   neq   neq
15  <NA>   neq   neq
16   pos  <NA>   neq
17   neq  <NA>   neq
18  <NA>  <NA>   neq
19   pos   pos  <NA>
20   neq   pos  <NA>
21  <NA>   pos  <NA>
22   pos   neq  <NA>
23   neq   neq  <NA>
24  <NA>   neq  <NA>
25   pos  <NA>  <NA>
26   neq  <NA>  <NA>
27  <NA>  <NA>  <NA>

> ## No ifelse
> hbv.data1 <- within(hbv.data, {
+   ## Included is.na() condition to achieve "else if" in the SAS code. But I'm not sure if it does.
+
+   ## Create a HBV status vector and give a value
+   hbv.status                                                                       <- NA
+   hbv.status[is.na(hbv.status) & HBsAg == "pos"]                                   <- "positive"
+   hbv.status[is.na(hbv.status) & HBsAg == "neg" & HBcAb == "pos"]                  <- "past"
+   hbv.status[is.na(hbv.status) & HBsAg == "neg" & HBcAb == "neg" & HBsAb == "pos"] <- "vaccined"
+   hbv.status[is.na(hbv.status) & HBsAg == "neg" & HBcAb == "neg" & HBsAb == "neg"] <- "negative"
+ })

結果 1
> hbv.data1
   HBsAg HBcAb HBsAb hbv.status
1    pos   pos   pos   positive
2    neq   pos   pos       <NA>
3   <NA>   pos   pos       <NA>
4    pos   neq   pos   positive
5    neq   neq   pos       <NA>
6   <NA>   neq   pos       <NA>
7    pos  <NA>   pos   positive
8    neq  <NA>   pos       <NA>
9   <NA>  <NA>   pos       <NA>
10   pos   pos   neq   positive
11   neq   pos   neq       <NA>
12  <NA>   pos   neq       <NA>
13   pos   neq   neq   positive
14   neq   neq   neq       <NA>
15  <NA>   neq   neq       <NA>
16   pos  <NA>   neq   positive
17   neq  <NA>   neq       <NA>
18  <NA>  <NA>   neq       <NA>
19   pos   pos  <NA>   positive
20   neq   pos  <NA>       <NA>
21  <NA>   pos  <NA>       <NA>
22   pos   neq  <NA>   positive
23   neq   neq  <NA>       <NA>
24  <NA>   neq  <NA>       <NA>
25   pos  <NA>  <NA>   positive
26   neq  <NA>  <NA>       <NA>
27  <NA>  <NA>  <NA>       <NA>

> ## Nested ifelse
> hbv.data2 <- within(hbv.data, {
+     hbv.status <-
+         ifelse(                         HBsAg == "pos",                                    "positive",
+                ifelse(                  HBsAg == "neg" & HBcAb == "pos",                   "past",
+                       ifelse(           HBsAg == "neg" & HBcAb == "neg" & HBsAb == "pos",  "vaccined",
+                              ifelse(    HBsAg == "neg" & HBcAb == "neg" & HBsAb == "neg",  "negative",
+                                     no = NA
+                                     )
+                              )
+                       )
+                )
+ })

結果 2
> hbv.data2
   HBsAg HBcAb HBsAb hbv.status
1    pos   pos   pos   positive
2    neq   pos   pos       <NA>
3   <NA>   pos   pos       <NA>
4    pos   neq   pos   positive
5    neq   neq   pos       <NA>
6   <NA>   neq   pos       <NA>
7    pos  <NA>   pos   positive
8    neq  <NA>   pos       <NA>
9   <NA>  <NA>   pos       <NA>
10   pos   pos   neq   positive
11   neq   pos   neq       <NA>
12  <NA>   pos   neq       <NA>
13   pos   neq   neq   positive
14   neq   neq   neq       <NA>
15  <NA>   neq   neq       <NA>
16   pos  <NA>   neq   positive
17   neq  <NA>   neq       <NA>
18  <NA>  <NA>   neq       <NA>
19   pos   pos  <NA>   positive
20   neq   pos  <NA>       <NA>
21  <NA>   pos  <NA>       <NA>
22   pos   neq  <NA>   positive
23   neq   neq  <NA>       <NA>
24  <NA>   neq  <NA>       <NA>
25   pos  <NA>  <NA>   positive
26   neq  <NA>  <NA>       <NA>
27  <NA>  <NA>  <NA>       <NA>

=====================================　以下のように訂正させて頂きます（元のプログラムには何の問題もありません）

こうあるべきでした。

> HBsAg = factor(c("pos", "neg", NA))
> HBcAb = factor(c("pos", "neg", NA))
> HBsAb = factor(c("pos", "neg", NA))
> hbv.data <- expand.grid(HBsAg, HBcAb, HBsAb)
> colnames(hbv.data) = c("HBsAg", "HBcAb", "HBsAb")
> hbv.data
   HBsAg HBcAb HBsAb
1    pos   pos   pos
2    neg   pos   pos
3   <NA>   pos   pos
4    pos   neg   pos
5    neg   neg   pos
6   <NA>   neg   pos
7    pos  <NA>   pos
8    neg  <NA>   pos
9   <NA>  <NA>   pos
10   pos   pos   neg
11   neg   pos   neg
12  <NA>   pos   neg
13   pos   neg   neg
14   neg   neg   neg
15  <NA>   neg   neg
16   pos  <NA>   neg
17   neg  <NA>   neg
18  <NA>  <NA>   neg
19   pos   pos  <NA>
20   neg   pos  <NA>
21  <NA>   pos  <NA>
22   pos   neg  <NA>
23   neg   neg  <NA>
24  <NA>   neg  <NA>
25   pos  <NA>  <NA>
26   neg  <NA>  <NA>
27  <NA>  <NA>  <NA>
> ## No ifelse
> hbv.data1 <- within(hbv.data, {
+   ## Included is.na() condition to achieve "else if" in the SAS code. But I'm not sure if it does.
+   ## Create a HBV status vector and give a value
+   hbv.status                                                                       <- NA
+   hbv.status[is.na(hbv.status) & HBsAg == "pos"]                                   <- "positive"
+   hbv.status[is.na(hbv.status) & HBsAg == "neg" & HBcAb == "pos"]                  <- "past"
+   hbv.status[is.na(hbv.status) & HBsAg == "neg" & HBcAb == "neg" & HBsAb == "pos"] <- "vaccined"
+   hbv.status[is.na(hbv.status) & HBsAg == "neg" & HBcAb == "neg" & HBsAb == "neg"] <- "negative"
+ })
> hbv.data1
   HBsAg HBcAb HBsAb hbv.status
1    pos   pos   pos   positive
2    neg   pos   pos       past
3   <NA>   pos   pos       <NA>
4    pos   neg   pos   positive
5    neg   neg   pos   vaccined
6   <NA>   neg   pos       <NA>
7    pos  <NA>   pos   positive
8    neg  <NA>   pos       <NA>
9   <NA>  <NA>   pos       <NA>
10   pos   pos   neg   positive
11   neg   pos   neg       past
12  <NA>   pos   neg       <NA>
13   pos   neg   neg   positive
14   neg   neg   neg   negative
15  <NA>   neg   neg       <NA>
16   pos  <NA>   neg   positive
17   neg  <NA>   neg       <NA>
18  <NA>  <NA>   neg       <NA>
19   pos   pos  <NA>   positive
20   neg   pos  <NA>       past
21  <NA>   pos  <NA>       <NA>
22   pos   neg  <NA>   positive
23   neg   neg  <NA>       <NA>
24  <NA>   neg  <NA>       <NA>
25   pos  <NA>  <NA>   positive
26   neg  <NA>  <NA>       <NA>
27  <NA>  <NA>  <NA>       <NA>
> ## Nested ifelse
> hbv.data2 <- within(hbv.data, {
+     hbv.status <-
+         ifelse(                         HBsAg == "pos",                                    "positive",
+                ifelse(                  HBsAg == "neg" & HBcAb == "pos",                   "past",
+                       ifelse(           HBsAg == "neg" & HBcAb == "neg" & HBsAb == "pos",  "vaccined",
+                              ifelse(    HBsAg == "neg" & HBcAb == "neg" & HBsAb == "neg",  "negative",
+                                     no = NA
+                                     )
+                              )
+                       )
+                )
+ })
> hbv.data2
   HBsAg HBcAb HBsAb hbv.status
1    pos   pos   pos   positive
2    neg   pos   pos       past
3   <NA>   pos   pos       <NA>
4    pos   neg   pos   positive
5    neg   neg   pos   vaccined
6   <NA>   neg   pos       <NA>
7    pos  <NA>   pos   positive
8    neg  <NA>   pos       <NA>
9   <NA>  <NA>   pos       <NA>
10   pos   pos   neg   positive
11   neg   pos   neg       past
12  <NA>   pos   neg       <NA>
13   pos   neg   neg   positive
14   neg   neg   neg   negative
15  <NA>   neg   neg       <NA>
16   pos  <NA>   neg   positive
17   neg  <NA>   neg       <NA>
18  <NA>  <NA>   neg       <NA>
19   pos   pos  <NA>   positive
20   neg   pos  <NA>       past
21  <NA>   pos  <NA>       <NA>
22   pos   neg  <NA>   positive
23   neg   neg  <NA>       <NA>
24  <NA>   neg  <NA>       <NA>
25   pos  <NA>  <NA>   positive
26   neg  <NA>  <NA>       <NA>
27  <NA>  <NA>  <NA>       <NA>