cxxfunction NA の扱いと，ポインターの利用

移動平均は stats::filter で行える。 これを，inline で書いて見ようというのが今回のお題。

NA は NA_REAL を使う（IntegerVector なら，NA_INTEGER。他に，Inf, -Inf は R_PosInf, R_NegInf。）

ポインターは double *pz; ...　pz = REAL(z); のように使う。（ので，いいのかな?）

かなりいい加減に書いたプログラムだけど，filter より 6 倍ほど速い。もっとも，要素数が 1000000 と大きいのに，実行時間が 0.15 秒というのだから，ほとんど意味がない。

src <- '
    Rcpp::NumericVector x(X);
    int n = x.length();
    Rcpp::NumericVector z(n, NA_REAL);
    double *pz;
    int m = as<int>(M);
    int i, j;
    pz = REAL(z)+m/2;
    for (i = 0; i <= n-m; i++) {
        double ans = 0;
        for (j = 0; j < m; j++) {
            ans += x[i+j];
        }
        *pz++ = ans/m;
    }
    return wrap(z);
'

moving.average <- cxxfunction(signature(X="numeric", M="integer"), src, plugin="Rcpp")

実行例

> set.seed(777)
> x <- rnorm(1000000)

> system.time(a <- filter(x, rep(1/7, 7)))
   ユーザ   システム       経過 
     0.150      0.011      0.159

> system.time(b <- moving.average(x, 7))
   ユーザ   システム       経過 
     0.026      0.000      0.027
 
> all.equal(as.vector(a), b)
[1] TRUE