ダメ出し：そんなことやっちゃダメだってば!

「haploid から diploidへの座標変換」 の，「座標で表す」の項だけど，

むちゃくちゃしますね。びっくりします。ほんとに。

p1 <- c(0.3,0.7)
p2 <- c(0.4,0.6)
f <- 0.6 # r^2の値
# 連鎖平衡の下でのハプロタイプ頻度
h.LE <- p1 %*% t(p2)
# 連鎖不平衡の下でのハプロタイプ頻度
delta <- f^(1/2) * prod(h.LE)^(1/4)
h.LD <- h.LE + delta * matrix(c(1,-1,-1,1),2,2)
# r^2は以下で求まる統計量
chisq.test(h.LE,correct=FALSE)
chisq.test(h.LD,correct=FALSE)

> h.LE
     [,1] [,2]
[1,] 0.12 0.18
[2,] 0.28 0.42

> h.LD
          [,1]        [,2]
[1,] 0.2938965 0.006103479
[2,] 0.1061035 0.593896521

こんなものを chisq.test に渡しちゃダメダメ!!
引数は，集計表!
こんなこと，初心者だってやらないよ。