Mune's Weblog

鹿児島在住のstray radiologistです
仕事も趣味も画像関係…

2020.07.28 梅雨明けとウナギ

2020年07月28日 | 日記
ようやく梅雨明けとなりました。
春先に乗れなかった分、長い波乗りシーズンとなってくれたのに、後半は腰痛のため棒に振ってしまいました。



そして、こちらもようやく先の日曜、波乗り後にT師匠とウナギ釣りに行くことができました。
ビギナーズラックで4匹!!師匠も4匹の合計8匹。
初の天然ウナギの蒲焼き。ウナギ自らの脂で揚げ焼きのような白焼きになったところに、焼いた骨と頭をつけ込んで十分にコクとうまみを出した甘辛いカエシをつけて。
ふわふわカリッと、とはいきませんでしたが、天然ウナギがこれほど美味しいものだとは。
反省点は多々あるので、また次回への課題としたいです。

2020.07.22 Comet C/2020 F3 (NEOWISE) with ...

2020年07月22日 | 日記
3日連続で行っちゃいました。ちょっと雲が多いかな...と思いましたが、恐らく今日がラストチャンスと思い、ソウタの塾帰りを待って。
写真、食傷気味かもしれませんがお許しください笑



LUMIX G9Pro+Voigtlander Nokton 17.5mm f0.95 PRO SOFTON-A(W)

何とかタイミングよく雲に隠れるほんの10分間ほど、ネオワイズ彗星を見せてやることができました!
良かった。普段の行いが良いのは僕だけじゃなかったみたい。

2020.07.09 MONAI導入

2020年07月09日 | 仕事関係
深夜、警報音が鳴り響きUPS(無停電電源装置)が故障...
Windows10 updateでEdgeが微妙、Citrixアプリが動かなくなっているしツイテナイな。
いや、大事な計算中じゃなかったので良かったのか?? 

前回に引き続き、MONAI導入の備忘録。
まずはGit for Windowsのインストール 基本的にデフォルトのままで。
次に、コマンドプロンプト経由でAnacondaの仮想環境をクローン。
ymlファイルを書き出して、新しい仮想環境を再構築。
MONAIのサイトの通りに git cloneして、できたディレクトリに移動して仮想環境をactivate
で、ここからが失敗例
pip install -e '.[all]'
> ERROR: '.[all]' is not a valid editable requirement. It should either be a path to a local project or a VCS URL (beginning with svn+, git+, hg+, or bzr+)
...なんだよ?欲張りすぎたのか?
pip install -e '.[nibabel, skimage]'
>ERROR: Invalid requirement: "skimage]'"
...は??
pip install -e
>Usage:
pip install [options] <requirement specifier> [package-index-options] ...
pip install [options] -r <requirements file> [package-index-options] ...
pip install [options] [-e] <vcs project url> ...
pip install [options] [-e] <local project path> ...
pip install [options] <archive url/path> ...
-e options reuires 1 argument
んんん~~、あ!
pip install -e .
>
>
Successfully installed future-0.18.2 monai
えーと、確認は
python -c 'import monai; monai.config.print_config()'
>File"<string>", line 1
'import'
SyntaxError: EOL while scanning stirng literal
ダメだ、これわからないヤツだ。というわけで、普通にPythonに切り替えて
import monai
monai.config.print_config()
>MONAI version: 0.2.0+17.g34d2a70

Pytorch Ignite version: NOT INSTALLED or UNKNOWN VERSION
以下略
よし!次はrecommended dependenciesの導入だ!exit()でPython終了して、
pip install -e '.[all]'
>32行戻る
...何が悪い???もういいや、取りあえず
pip install -e .[all]
>
Obtaining file://C:/Users/xxx/MONAI
Installing build dependencies ... done
Getting requirements to build wheel ... done
以下略
やった!!

これでなんとか動くハズ!???
次は3次元セグメンテーションの練習かな。

2020.07.06

2020年07月06日 | 仕事関係
週休5日ではありません!
久々に環境構築を行いました。今回は、筐体を開けてグラフィックボード(なんとTITAN RTX!!!)換装から。
環境構築のメインはPytorchの導入。
今まではtensorflow+kerasで行っていたのですが、
1. TensorflowがTF2に変わり、また勉強しなおさざるを得なくなってしまったこと
2. NiftyNetがMONAIとして生まれ変わり、tensorflow+kerasからPytorchへ変わったこと
3. 参加させてもらうことになったAIベンチャー企業がPytorchをお好みのこと
4. あのPreferred NetworksがChainerの開発を止め、Pytorchへ合流したこと
これらの理由で踏み切りました。まだdefine by runがよくわかってませんが...



今回はシンプルなアドバイスをいただいていたので、大きなトラブルなく環境構築できたっぽいです。
手順としては
1. GPUドライバーのインストール
2. Anaconda最新版の導入 (Python 3.7だったので、Python 3.6の仮想環境を用意)
3. Visual Studio 2015 Communityの導入
4. CUDA Toolkitのインストール (CUDA10.2がOKhttps://pytorch.org/
5. 仮想環境をactivateして、Pytorchのインストール コマンドプロンプトから conda install pytorch torchvision cudatoolkit=10.2 -c pytorch
6. この状態で、一応CUDAは使えるみたいだけど (print(torch.cuda.is_avialable()) >> Trueなので)
 cuDNNもDLして、CUDA toolkitのフォルダにコピー

さて、お次はMONAIの導入だ。