謎めいたガミラスの青年キーマンに誘われて、月面のガミラス大使館で大使のバレルと面会した古代は、惑星テレザートとテレサの物語を聞かされる。
そして地球に戻った古代は〈コスモリバースシステム〉が地球にもたらした負の遺産の存在を知らされるのだった。
改めて地球政府の方針に憤る古代は、自分たちに送られてきたテレサのメッセージに応えるべきと、防衛軍の上層部に掛け合うが、ヤマト発進の許可を得ることはできなかった……。
海底ドックに眠る宇宙戦艦ヤマトの前に、あのメッセージを受けたヤマトクルーが集う。
古代は彼らと共に、“反逆”とも取られかねぬ独断での出航を決意するのだった。
いま再び、宇宙戦艦ヤマトが発進する。
行く手に待ち受けるのは、最新鋭戦艦のアンドロメダ。
一方そのころ、太陽圏に侵攻したガトランティス先遣部隊が、第十一番惑星に迫っていた──。
《この"愛"は宇宙を壊す──。》
すべては、ここから始まった・・・
・時に西暦2202年
あの壮大な片道16万8000光年にも及ぶイスカンダルへの大航海から宇宙戦艦ヤマトが帰還して、既に３年──。
〈コスモリバースシステム〉により、かつての青い姿を取り戻した地球は、
ガミラス帝国とも和平条約を締結。
復興の傍ら、防衛のためと最新鋭戦艦アンドロメダを含む新鋭艦隊の整備が進められていた。
イスカンダルのスターシャの願いも虚しく、地球は軍拡への道を歩み始めていたのだ。
はたしてこれが、かけがえのない数多くの犠牲の果てにヤマトが成し遂げた、本当の平和なのだろうか？
宇宙の平穏を願う女神テレサの祈りが、ヤマトを新たな航海に誘う。
いま、宇宙を席巻するガトランティスの脅威が、地球に迫っていた──。
