福井 学の低温研便り

北海道大学 低温科学研究所 微生物生態学分野
大学院:環境科学院 生物圏科学専攻 分子生物学コース

金曜日はカリー

2018-11-30 21:33:40 | 日記
例年よりも雪が少ない札幌ですが、最高気温1℃、最低気温マイナス3℃。それなりに寒く、雪が散らついています。



そんな金曜日の夕食は、やはりカリー。久しぶりに、エイトカリーへ



新作の札幌スパイスカレー。



オススメ定番の手仕込みハンバーグカリー。





地元のテレビ番組には何度も登場し、雑誌ブルータスの11月号にも紹介されるお店です。寒地土木研究所にお勤めの低温研OBの皆さんもぜひ訪れてみてください。

研究集会案内:雪氷の生態学(12)

2018-11-19 20:54:11 | 日記
下記の通り、北海道大学低温科学研究所共同利用・共同研究拠点研究集会を開催いたします。来聴歓迎。

            記
研究集会『雪氷の生態学(12)』
会期:2018年12月14日(金)
場所:低温科学研究所 研究棟2階 会議室
主催:低温科学研究所(共同研究集会)
代表者:国立環境研究所・野原精一
問い合わせ先:福井 学(my-fukui[a]lowtem.hokudai.ac.jp)

プログラムは下記よりダウンロードできます。
   “集会プログラム

幻の太陽にご挨拶か?:南極バクテリアの事情

2018-11-16 12:17:17 | 日記
♬真夜中にも
沈まない太陽を探して
私達 旅に出れば
そこはメルヘンの世界
妖しい光が二人を誘うわ

Hallo, halo and mock sun
幻の太陽にご挨拶
Hallo, halo and mock sun
優しさを投げかけてくれますか

Antarctica
未来の夢を
Antarctica
見る気がするわ♬
    阿木耀子作詞『アンタークティカ 未来大陸』より




真夏の南極。沈まない太陽と幻日。そして、雪氷融解。そこに住む生き物には暫しの温もりかもしれない。しかし、、、、

真夏の南極の太陽。紫外線が強く、生き物には厳しい環境。幻の太陽にご挨拶って、呑気な場合ではないのかもしれない。特に、体が小さくて、体重の割に表面積が大きなバクテリアにとっては。

真夏の南極で発生する赤雪現象。そこで優占しているバクテリア、Hymenobacter nivis(ヒメノバクター ニヴィス)。ニヴィスは寒さに耐性があり、興味深いことに光に反応するタンパク質(例えば、プロテオロドプシン)を有していることが判明。



真夏の南極の雪氷表面。ヒメノバクター ニヴィスは、幻の太陽にご挨拶しているかもしれない、赤雪藻類のそばで。しかし、まだまだ謎ばかり。ヒメノバクター ニヴィスよ、こちらに微笑んで、優しさを投げかけてくれますか。

ということで、寺島美亜さんの論文が公表されました。力作です!

Mia Terashima, Keisuke Ohashi, Taichi E. Takasuka, Hisaya Kojima and Manabu Fukui. Antarctic heterotrophic bacterium Hymenobacter nivis P3T diplays light-enhanced growth and expresses putative proteins. Environmental Microbiology Reports : in press. Doi: 10.1111/1758-2229.12702


幻の太陽にご挨拶

2018-11-14 22:24:51 | 日記
40年くらい前でしょうか。NHK「生中継スペシャル 南極 こちら昭和基地」で放送されたテーマ曲。この曲が記憶に鮮明に残っています。たとえば、こんな歌詞が。

♬真夜中にも
沈まない太陽を探して
私達 旅に出れば
そこはメルヘンの世界
妖しい光が二人を誘うわ

Hallo, halo and mock sun
幻の太陽にご挨拶
Hallo, halo and mock sun
優しさを投げかけてくれますか

Antarctica
未来の夢を
Antarctica
見る気がするわ♬
    阿木耀子作詞『アンタークティカ 未来大陸』より


来年からスタートする第61次南極地域観測隊長(兼 夏隊長)に低温科学研究所の青木茂さんが決定いたしました。北海道大学からは初の観測隊長が誕生するわけです。

今後、青木さんはかなりお忙しくなることかと思いますが、体調に留意されて、この大役を果たして欲しいものです。

上記の歌には、こんなフレーズもあります。

幼い頃憧れた
冒険を今でも
私達 忘れないわ
夢はこの手でつかむの
自然を織りなす
オーロラ・ミュージカル
   阿木耀子作詞『アンタークティカ 未来大陸』より

南極を訪れた経験の無い作詞家が、こうしたフレーズを編み出すことに、改めて驚嘆した次第です。




<南極大陸ルンドボックスヘッタ丸湾大池にて>



【追記】
当時のNHK番組の一部がyoutubeでアップされていました。


研究論文update181111

2018-11-11 17:49:25 | 日記
【2018年以降】

*. Tatsunori Nakagawa, Yuki Tsuchiya, Shingo Ueda, Manabu Fukui and Reiji Takahashi. Eelgrass Sediment Microbiome as a Nitrous Oxide Sink in Brackish Lake Akkeshi, Japan. Microbes and Environments : in press.

*. Miho Watanabe, Hisaya Kojima and Manabu Fukui. Review of Desulfotomaculum species and proposal of the genera Desulfallas gen. nov., Desulfofundulus gen. nov., Desulfofarcimen gen. nov., and Desulfohalotomaculum gen. nov. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. In press

*. Mia Terashima, Keisuke Ohashi, Taichi E. Takasuka, Hisaya Kojima and Manabu Fukui. Antarctic heterotrophic bacterium Hymenobacter nivis P3T diplays light-enhanced growth and expresses putative proteins. Environmental Microbiology Reports : in press.

*. Melody Cabrera Ospino, Hisaya Kojima, Tomohiro Watanabe, Tomoya Iwata and Manabu Fukui. Diversity of anaerobic arsenite-oxidizing bacteria in low-salt environments analyzed with a newly develoed PCR-based method. Limnology 19: 177-183. 2018. 

*. Junji Matsuo, Shinji Nakamura, Torahiko Okubo, Manabu Fukui and Hiroyuki Yamaguchi. Long-term survival Naegleria polaris from Antarctica after 10 years storage at 4℃. Parasitology Research 117: 937-941. 2018.

*. Miho Watanabe , Hisaya Kojima and Manabu Fukui. Complete genome sequence of Marinifilaceae bacterium strain SPP2, isolated from Antarctic marine sediment. Marine Genomics 39: 1-2. 2018.


【2017年】

*. Miho Watanabe, Riho Tokizawa, Hisaya Kojima and Manabu Fukui. High-quality draft genome sequence of Effusibacillus lacus skLN, facultative anaerobic spore-former isolated from freshwater lake sediment. Standards in Genomic Science 17:64. 2017. DOI 10.1186/s4079-017-302-y.

*Rei Okamoto, Hisaya Kojima and Manabu Fukui. Acidocella aquatica sp. nov., a novel acidophilic heterotrophic bacterium isolated from a freshwater lake. International Journal of Systematics and Evolutionary Microbiology 67: 4773-4776. 2017. DOI 10.1099/ijsem.0.002376.

* Masayuki Itoh, Hisaya Kojima, Pei-Chi Ho, Chun-Wei Chang, Tzong-Yueh Chen, Silver Sung-Yun Hsiao, Yuki Kobayashi, Megumi Fujibayashi, Shuh-Ji Kao, Chih-hao Hsieh, Manabu Fukui, Noboru Okuda, Takeshi Miki and Fuh-Kwo Shiah. Integrating isotopic, microbial, and modeling approaches to understand methane dynamics in a frequently disturbed deep reservoir in Taiwan. Ecological Research 32: 861-871. 2017. DOI 10.1007/s11284-017-1502-z.

*. Mia Terashima, Kazuhiro Umezawa, Shoichi Mori, Hisaya Kojima and Manabu Fukui. Microbial community structure analysis of colored snow from alpine snowfield in northern Japan reveals the prevalence of Betaproteobacteria with snow algae. Frontiers in Microbiology 8: 1481. doi:10.3389/fmicb.2017.01481

*. Hisaya Kojima, Miho Watanabe and Manabu Fukui. Sulfurivermis fontis gen. nov., sp. nov., a novel sulfur-oxidizing autotroph, and proposal of Thioprofundaceae fam. nov. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 67: 3458-3461. 2017.

*. Tomohiro Watanabe, Aya Miura, Tomoya Iwata, Hisaya Kojima and Manabu Fukui. Dominance of Sulfuritalea species in nitrate-depleted water of a stratified freshwater lake and arsenate respiration ability within the genus. Environmental Microbiology Reports 9: 522-527. 2017.

*. Miho Watanabe, Hisaya Kojima and Manabu Fukui. Draft genome sequence of Desulfoplanes formicivorans Pf12BT, a sulfate-reducing bacterium of the family Desulfomicrobiaceae. Standards in Genomic Sciences 2: 34. 2017.DOI:

*. Miho Watanabe, Yuriko Higashioka, Hisaya Kojima and Manabu Fukui. Desulfosarcina widdelii sp. nov. and Desulfosarcina alkanivorans sp. nov., hydrocarbon-degrading sulfate-reducing bacteria isolated from marine sediment and emended description of the genus Desulfosarcina. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 67: 2994-2997. 2017.DOI:

*. Miho Watanabe, Hisaya Kojima and Manabu Fukui. Desulfocucumis palustris gen. nov., sp. nov., a mesophilic sulfate reducer belonging to the Desulfotomaculum subcluster Ig. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 67: 2679-2682. 2017. DOI:

*. Hisaya Kojima, Miho Watanabe, and Manabu Fukui. Sulfuritortus calidifontis gen. nov., sp. nov., a novel sulfur oxidizer isolated from a hot spring microbial mat. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 67:1355-1358. 2017. DOI: 10.1099/ijsem.0.001813


【2016年】

*. Tomohiro Watanabe, Hisaya Kojima and Manabu Fukui.Identity of major sulfur cycle prokaryotes in freshwater lake ecosystems revealed by a comprenensive phylogenetic study of the dissimilatory adenylylsulfate reductase. Scientific Reports 6: 36262. 2016.

*. Kazuhiro Umezawa, Tomohiro Watanabe, Aya Miura, Hisaya Kojima and Manabu Fukui. The complete genome sequences of sulfur-oxidizing gammaproteobacteria Sulfurifustis variabilis skN76T and Sulfuricaulis limicola HA5T. Standards in Genomic Sciences 11: 71. 2016.

*. Hisaya Kojima, Miho Watanabe, Riho Tokizawa, Arisa Shinohara and Manabu Fukui. Hymenobacter nivis sp. nov., isolated from red snow in Antarctica. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 66: 4821-4825. 2016. DOI: 10.1099/ijsem.0.001435

*. Yuki Kobayashi, Hisaya Kojima, Masayuki Itoh, Noboru Okuda, Manabu Fukui and Fuh-Kwo Shiah. Abundance of planktonic methane-oxidizing bacteria in a subtropical reservoir. Plankton and Benthos Research 11: 144-146.2016. DOI: 10.3800/pbr.11.144

*. Hisaya Kojima and Manabu Fukui. Sulfuriflexus mobilis gen. nov., sp. nov., a sulfur-oxidizing bacterium isolated from a brackish lake sediment. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 66: 3515-3518.2016. doi: 10.1099/ijsem.0.001227

*. Rachel Rudd, Jonathan Tyler, John Tibby, Yusuke Yokoyama, Ines Tavernier, Elie Verleyen, Manabu Fukui and Yoshinori Takano. A diatom inferred of lake hydrological variability during the last 900 years in Luetzow-Holm Bay, East Antarctica. Journal of Quaternary Science 31: 114-125. 2016. DOI: 10.1002/jqs.2845


*. Tomohiro Watanabe, Hisaya Kojima and Manabu Fukui. Sulfuriferula thiophila sp. nov., a chemolithoautotrophic sulfur-oxidizing bacterium, and correction of the name Sulfuriferula plumbophilus Watanabe, Kojima and Fukui 2015 to Sulfuriferula plumbophila corrig. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 66: 2041-2045.2016. Doi: 10.1099/ijsem.0.000988.

*. Masanori Fujii, Toshihide Hirao, Hisaya Kojima and Manabu Fukui. Planktonic bacterial communities in mountain lake ecosystems. In: Structure and Function of Mountain Ecosystems in Japan. 145-169.Springer. 2016.

*. Tomoya Iwata, Naoki Mochizuki, Takao Suzuki, Ayato Kohzu, Hisaya Kojima, Manabu Fukui and Jotaro Urabe. Roles of terrestrial carbon subsidies to aquatic community metabolism in mountain lake ecosystems. In: Structure and Function of Mountain Ecosystems in Japan. 115-144. Springer. 2016.

*. Tomohiro Watanabe, Aya Miura, Arisa Shinohara, Hisaya Kojima and Manabu Fukui. Thermithiobacillus plumbiphilus sp. nov., a sulfur-oxidizing bacterium isolated from lead sulfide. International Journal of Sysytematic and Evolutionary Microbiology 66: 1986-1989.2016. Doi: 10.1099/ijsem.0.000972.

*. Hisaya Kojima, Kazuhiro Umezawa and Manabu Fukui. Caldimicrobium thiodismutans sp. nov., a sulfur-disproportionating bacterium isolated from a hot spring, and emended description of the genus Caldimicrobium. International Journal of Systematics and Evolutionary Microbiology 66: 1828-1831.2016. Doi: 10.1099/ijsem.0.000947.

*. Miho Watanabe, Hisaya Kojima and Manabu Fukui. Complete genome sequence and cell structure of Limnochorda pilosa, a Gram negative spore former whithin the phylum Firmicutes. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 66: 1330-1339. 2016. Doi:10.1099/ijsem.0.000881.

*. Hisaya Kojima, Tomohiro Watanabe and Manabu Fukui. Sulfuricaulis limicola gen. nov., sp. nov., a novel sulfur oxidizer from a lake. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 66: 266-270. 2016. Doi: 10.1099/ijsem.0.000709.

*. Tomohiro Watanabe, Hisaya Kojima, Arisa Shinohara and Manabu Fukui. Sulfurirhabdus autotrophica gen. nov., sp. nov., isolated from a freshwater lake. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 66: 113-117.2016. Doi: 10.1099/ijsem.0.000679.


【2015年】

*. Yuriko Higashioka, Hisaya Kojima, Tomohiro Watanabe and Manabu Fukui. Draft genome sequence of Desulfatitalea tepidiphila S28bFT. Genome Announcements 3: e01326-15. 2015.

*. Tomohiro Watanabe, Hisaya Kojima and Manabu Fukui. Draft genome sequence of Mizugakiibacter sediminis skMP5T. Genome Announcements 3: e01185-15. 2015.

*. Ikumi Oyabu, Yoshinori Iizuka, Hubertus Fischer, Simon Schüpbach, Gideon Gfeller, Anders Svensson, Manabu Fukui, Jørgen Peder Steffensen, and Margareta Hansson. Chemical compositions of solid particles present in the Greenland NEEM ice core over the last 110,000 years. Journal of Geophysical Research-Atmospheres 120: 9789-9813.2015. DOI: 10.1002/2015JD023290

*. Hisaya Kojima, Arisa Shinohara and Manabu Fukui. Sulfurifustis variabilis gen. nov., sp. nov., a novel sulfur oxidizer isolated from a lake, and proposal of Acidiferrobacteraceae fam. nov. and Acidiferrobacterales ord. nov. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 65: 3709-3713.2015. Doi:10.1099/ijsem.0.000479

*. Masayuki Itoh, Yuki Kobayashi, Tzong-Yueh Chen, Takeshi Tokida, Manabu Fukui, Hisaya Kojima, Takeshi Miki, Ichiro Tayasu, Fuh-Kwo Shiah and Noboru Okuda. Effect of inter-annual variation in winter vertical mixing on CH4 dynamics in a subtropical reservoir. Journal of Geophysics Research-Biogeoscience 120: 1246-1261. 2015.

*. Masanori Fujii, Toshihide Hirao, Hisaya Kojima and Manabu Fukui. Inter-taxonomic differences in bacterioplankton community assembly in oligotrophic mountain lakes of east Japan. Aquatic Microbial Ecology 75: 251-257. 2015.

*. Tomohiro Watanabe, Hisaya Kojima and Manabu Fukui. Draft genome sequence of a sulfur-oxidizing autotroph, Sulfuricella sp. strain T08, isolated from a freshwater lake. Genome Announcements 3: e00498-15. 2015.

*. Miho Watanabe, Hisaya Kojima, Manabu Fukui. Limnochorda pilosa gen. nov., sp. nov., a moderately thermophilic, facultative anaerobic pleomorphic bacterium and proposal of Limnochordaceae fam. nov., Limnochordales ord. nov. and Limnochordia classis nov. in the phylum Firmicutes. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 65: 2378-2394.2015. Doi:10.1099/ijs.0.000270

*. Miho Watanabe, Hisaya Kojima and Manabu Fukui. Desulfoplanes formicivorans gen. nov., sp. nov., a novel sulfate-reducing bacterium isolated from a brackish meromictic lake, and emended description of the family Desulfomicrobiaceae. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 65: 1902-1907.2015.

*. Tomohiro Watanabe, Hisaya Kojima and Manabu Fukui. Sulfuriferula multivorans gen. nov., sp. nov., isolated from a freshwater lake, reclassification of 'Thiobacillus plumbophilus' as Sulfuriferula plumbophilus sp. nov., and description of Sulfuricellaceae fam. nov. and Sulfuricellales ord. nov. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 65: 1504-1508.2015.

*. Yoshinori Takano, Hisaya Kojima, Eriko Takeda, Yusuke Yokoyama and Manabu Fukui. Biogeochemistry and limnology in Antarctic subglacial weathering: molecular evidence of the linkage between subglacial silica input and primary producers in a perennially ice-covered lake. Progress in Earth and Planetary Science 2: 8 (pp15). 2015.

*. Hisaya Kojima, Yoshitoshi Ogura, Nozomi Yamamoto, Tomoaki Togashi, Hiroshi Mori, Tomohiro Watanabe, Fumiko Nemoto, Ken Kurokawa, Tetsuya Hayashi and Manabu Fukui. Ecophysiology of Thioploca ingrica as revealed by the complete genome sequence supplemented with proteomic evidence. The ISME Journal 9: 1166-1176.2015.

【2014年】
*. Hisaya Kojima, Riho Tokizawa and Manabu Fukui. Mizugakiibacter sediminis gen. nov., sp. nov., isolated from a freshwater lake. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 64: 3983-3987. 2014.

*. Hisaya Kojima, Riho Tokizawa, Kouhei Kogure, Yuki Kobayashi, Masayuki Itoh, Fuh-Kuw Shiah, Noboru Okuda and Manabu Fukui. Community structure of planktonic methane-oxidizing bacteria in a subtropical reservoir characterized by dominance of phylotype closely related to nitrite reducer. Scientific Reports 4: 5728. DOI: 10.1038/srep05728.

*. Tomohiro Watanabe, Hisaya Kojima, and Manabu Fukui. Complete genomes of freshwater sulfur oxidizers Sulfuricella denitrificans skB26 and Sulfuritalea hydrogenivorans sk43H: Genetic insights into the sulfur oxidation pathway of betaproteobacteria. Systematic and Applied Microbiology 37: 387-395.2014.

*. Miho Watanabe, Hisaya Kojima and Manabu Fukui. Proposal of Effusibacillus lacus gen. nov., sp. nov. and reclassification of Alicyclobacillus pohliae as Effusibacillus pohliae comb. nov. and Alicyclobacillus consociatus as Effusibacillus consociatus comb. nov.. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 64: 2770-2774.2014.

*. Kyoko Kubo, Hisaya Kojima, and Manabu Fukui. Vertical distribution of major sulfate-reducing bacteria in a eutrophic shallow meromictic lake. Systematic and Applied Microbiology 37: 510-519. 2014.

*. Hisaya Kojima, Johanna Moll, Joerg Kahnt, Manabu Fukui and Seigo Shima. A reversed genetic approach reveals the coenzyme specificity and the catalytic properties of three enzymes putatively involved in anaerobic oxidation of methane with sulfate. Environmental Microbiology 16: 3431-3442. 2014.

*. Hisaya Kojima, Tomohiro Watanabe, Tomoya Iwata and Manabu Fukui. Identification of major planktonic sulfur oxidizers in stratified freshwater lake. PLoS ONE : e93877. 2014.

*. Hisaya Kojima and Manabu Fukui. Sulfurisoma sediminicola gen. nov., sp. nov., a novel facultative autotroph isolated from a freshwater lake. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 64: 1587-1592. 2014.

【2013年】

*. Tomohiro Watanabe, Hisaya Kojima, Yoshinori Takano and Manabu Fukui. Diversity of sulfur-cycle prokaryotes in freshwater lake sediments investigated using aprA as functional marker gene. Systematic and Applied Microbiology 36: 436-443.2013.

*. Yoshinori Iizuka, Barbara Delmonte, Ikumi Oyabu, Torbjoern Karlin, Valter Maggi, Amuel Albani, Manabu Fukui, Takeo Hondoh and Margareta Hansson. Sulphate and chloride aerosols during Holocene and last glacial periods preserved in the Talos Dome Ice Core, a peripheral region of Antarctica. Tellus B 65: 20197.2013.

*. Miho Watanabe, Hisaya Kojima and Manabu Fukui. Desulfotomaculum intricatum sp. nov., a sulfate-reducer isolated from freshwater lake sediment. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 63: 3574-3578. 2013.

*.Takato Matsui, Hisaya Kojima, and Manabu Fukui. Effects of temperature on successive anaerobic decomposition of high-molecular organic matter under sulfate-reducing conditions. Estuarine, Coastal and Shelf Science 119: 139-144. 2013.

*. Akiko Kamono, Marianne Meyer, Thomas Cavalier-Smith, Manabu Fukui and Anne Maria Fiore-Donno. Exploring slime mould diversity in high altitude forests and grasslands by environmental RNA analysis. FEMS Microbiology Ecology 84: 98-108. 2013.

*. Yuriko Higashioka, Hisaya Kojima, Miho Watanabe and Manabu Fukui. Desulfatitalea tepidiphila gen. nov., sp. nov., a novel sulfate-reducing bacterium isolated from tidal flat sediment. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 63: 761-765. 2013.

【2012年】

*. Yoshinori Takano, Jonathan James Tyler, Hisaya Kojima, Yusuke Yokoyama, Yukiko Tanabe, Takaharu Sato, Nanako O. Ogawa, Naohiko Ohkouchi, and Manabu Fukui. Holocene lake developments and glacial-isostatic uplift at Lake Skallen and Lake Oyako, Luetzow-Holm Bay, east Antarctica: based on biogeochemical facies and molecular signatures. Applied Geochemistry 27: 2546-2559. 2012.

*. Tomohiro Watanabe, Hisaya Kojima, and Manabu Fukui. Draft genome sequence of a psychrotolerant sulfur-oxidizing bacterium Sulfuricella denitrificans skB26 and proteomic insights into cold adaptation. Applied and Environmental Microbiology 78: 6545-6549. 2012.

*. Fumiko Nemoto, Hisaya Kojima, Akifumi Ohtaka and Manabu Fukui. Filamentous sulfur-oxidizing bacteria of the genus Thioploca from Lake Tonle Sap in Cambodia. Aquatic Microbial Ecology 66: 295-300. 2012.

*. Anne Maria Fiore-Donno, Akiko Kamono, Marianne Meyer, Martin Schnittler, Manabu Fukui and Thomas Cavalier-Smith. 18S rDNA phylogeny of Lanmproderma and allied genera (Stemonitales, Myxomycetes, Amoebozoa). PLoS ONE 7: e35359. 2012.

*. Hisaya Kojima, Masazumi Tsutsumi, Kanako Ishikawa, Tomoya Iwata, Marc Mussmann and Manabu Fukui. Distribution of putative denitrifying methane oxidizing bacteria of a freshwater lake. Systematic and Applied Microbiology 35: 233-238. 2012.

*. Yuriko Higashioka, Hisaya Kojima, and Manabu Fukui. Isolation and characterization of novel sulfate-reducing bacterium capable anaerobic degradation of p-xylene. Microbes and Environments 27: 273-277. 2012.

*. Masanaori Fujii, Hisaya Kojima, Tomoya Iwata, Jotaro Urabe and Manabu Fukui. Dissolved organic carbon as major environmental factor affecting bacterioplankton communities in mountain lakes of eastern Japan. Microbial Ecology 63: 496-508. 2012.

*. Masazumi Tsutsumi, Hisaya Kojima, and Manabu Fukui. Vertical profiles of abundance and potential activity of methane-oxidizing bacteria in sediment of Lake Biwa, Japan. Microbes and Environments 27: 67-71. 2012.

【2011年】

*. Fumiko Nemoto, Hisaya Kojima, and Manabu Fukui. Diversity of freshwater Thioploca species and their specific association with filamentous bacteria of the phylum Chloroflexi. Microbial Ecology 62:753-764.2011.

*. Hisaya Kojima, and Manabu Fukui. Sulfuritalea hydrogenivorans gen. nov., sp. nov., a novel facultative autotroph isolated from a freshwater lake. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 61: 1651-1655. 2011.

*. Masazumi Tsutsumi, Tomoya Iwata, Hisaya Kojima, and Manabu Fukui. Spatiotemporal variations in an assemblage of closely related planktonic aerobic methanotrophs. Freshwater Biology 56: 342-351. 2011.

*. Yuriko Higashioka, Hisaya Kojima and Manabu Fukui. Temperature-dependent differences in community structure of bacteria involved in degradation of petroleum hydrocarbons under sulfate-reducing conditions. Journal of Applied and Microbiology 110: 314-322. 2011.

*. Kyoko Kubo, Katrin Knittel, Rudolf Amann, Manabu Fukui and Katsumi Matsuura. Sulfur-metabolizing bacteria populations in microbial mats of the Nakabusa hot spring, Japan. Systematic and Applied Microbiology 34: 293-302, 2011.

【2010年】

*. Hisaya Kojima, and Manabu Fukui. Sulfuricella denitrificans gen. nov., sp. nov., a novel sulfur-oxidizing autotroph isolated from a freshwater lake. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 60:2862-2866. 2010.

*. Keiichi Tabuchi, Hisaya Kojima, and Manabu Fukui. Seasonal changes in organic matter mineralization in a sublittoral sediment and temperature-driven decoupling of key processes. Microbial Ecology 60: 551-560. 2010.

*. Masanaori Fujii, Yoshinori Takano, Hisaya Kojima, Tamotsu Hoshino, Ryoichi Tanaka and Manabu Fukui. Microbial community structure, pigment composition, and nitrogen source of red snow in Antarctica. Microbial Ecology 59: 466-4775.2010.

*. Anne Fiore-Donno, Akiko Kamono, Ema Chao, Manabu Fukui and Thomas Cavalier-Smith. Invalidation of hyperamoeba by transferring its species to other genera of Myxogastria. Journal of Eukaryotic Biology 52: 189-196. 2010.

【2009年】

*. Akiko Kamono, Hisaya Kojima, Jun Matsumoto, Kimitaka Kawamura and Manabu Fukui. Airborne Myxomycete spore: Detection using molecular techniques. Naturwissenschaften 96: 147-151.2009.

*. Masazumi Tsutsumi, Hisaya Kojima, Shigeru Uemura, Kiyomi Ono, Akihiro Sumida, Toshihiko Hara and Manabu Fukui. Structure and activity of soil-inhabiting methanotrophic communities in northern forest of Japan. Soil Biology and Biochemistry  41: 403-408.2009.

*. Yuriko Higashioka, Hisaya Kojima, Tatsunori Nakagawa, Shinya Sato and Manabu Fukui. A novel n-alkane-degrading bacterium as a minor member of p-xylene-degrading sulfate-reducing consortium. Biodegradation 20: 383-390.2009. 

*. Yuriko Higashioka, Hisaya Kojima, Shinya Sato, Manabu Fukui. Microbial community analysis at crude oil-contaminated soils targeting the 16S ribosomal RNA, xylM, C23O, and bcr genes. Journal of Applied Microbiology 107: 126-135. 2009.

*. Hisaya Kojima, Tomoya Iwata, and Manabu Fukui. DNA-based analysis of planktonic methanotrophs in a stratified lake. Freshwater Biology 54: 1501-1509.2009.

*. Akiko Kamono, Jun Matsumoto, Hisaya Kojima, and Manabu Fukui. Characterization of myxomycete communities in soil by reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR)-based method. Soil Biology and Biochemistry 41: 1324-1330. 2009.

*. Hisaya Kojima, Haruo Fukuhara and Manabu Fukui. Community structure of microorganisms asssociated with reddish-brown iron-rich snow. Systematic and Applied Microbiology 32: 429-437. 2009.

週末札幌散歩:興奮覚めぬままに

2018-11-10 20:40:30 | 日記
昨日の研究集会の興奮と酔いが覚めぬまま週末を迎える。晴れ、雨、曇り、そして晴れと変化に富む天気の札幌。そんななか、東区方面へ散歩。

日も暮れて、興味深いのぼりを発見。「かつてんの日限定 カツ丼390円(税込)」。今晩は日和って、カツ丼で夕食を済ませることに。





お値段をはるかに超える質の高いカツ丼。この価格で大丈夫なのだろうか、と心配になるも、親元から離れて工夫しながら暮らす大学生や大学院生にとってはありがたい。



カツ丼を頂きながら、大学院生の頃のことを思い出す。滝井進先生とともに東京湾勝島運河で堆積物を採取した時のこと。採取後、JR大井町駅前東大井の商店街で滝井先生から天丼をご馳走になった。揚げたてでボリュームのある天丼。とても美味で、今でも忘れられない味。あの天丼屋はまだあるのでしょうか?

会計を済ませると、レシートとともに次回利用可能な割引券(50円引き)も。おそるべし北海道発「かつてん」。今度、かつてんの日に大学院生とともに再訪してみたい。


嵐の前に研究集会

2018-11-09 23:23:25 | 日記
京都大学生態学研究センターの程木義邦さんが企画した研究集会『水環境の保全と再生に向けた環境微生物学・水環境学の最前線』。

朝から夕方まで、濃厚かつ盛んな議論。あれやこれや考えながらも、エキサイティングな会でした。



夕方は懇親会。その後、2次会と。長くて、頭脳フル回転の一日となりました。

企画してくださった程木さん、遠いところ札幌まで来てくださった参加者の皆さんに感謝です。

来週の札幌はです。週末は大変なことになりそうです。今週に研究集会を開催して正解でした。

週末札幌散歩:落ち葉舞う街にて

2018-11-04 23:05:30 | 日記
晴れが続く札幌の週末。今日は、北大から植物園、ミニ大通り、大通り、狸小路辺りを散策。

北大イチョウ並木。今日が一番の見頃かもしれません。





ファカルティハウス「エンレイソウ」前。人工雪誕生の碑で「北大キャンパスビジット」を目撃。学生ボランティアが一般の方に対してキャンパス内を案内しているのだそうです。



そして、北大総合博物館へ。



生体展示「小さな小さなほ乳類 北海道のトガリネズミ」展開催中(後援:北海道大学低温科学研究所)。大盛況のようです。







世界最小のほ乳類トガリネズミ。生きている姿を目にすることができます。写真撮影禁止ですが、主催者である大舘智志博士の立ち会いのもとで、スマートホンによる撮影は可能とのことです(ただし、フラッシュ厳禁)。



北極コーナーでの生体展示ですので、ホッキョクグマと大きさの比較ができます。



この博物館へは、大泉洋と松田龍平も訪れているとのこと。大泉洋は12月28日から公開される映画「こんな夜更けにバナナかよ」に主演。この映画も北大キャンパス内でロケが行われました。松田龍平は、日本テレビ系列の「獣になれない私たち」に出演しているとのことです。



すっかり日は暮れて、ミニ大通り周辺へ。北大の同僚の一人から教えていただいたケーキ屋(「ウノズ」)へ。ここの看板商品である「桃岩シュー」(税込160円)を一つだけ購入。イートインができませんので、自宅で夕食後の楽しみに。



気温もぐっと下がり、大通り公園へ。



午後7時半に帰宅。夕食を済ませ、午後9時を過ぎてから「桃岩シュー」を頂く。インターネットで調べたところ、礼文島の桃岩をイメージして創作したお菓子とのこと。店主は礼文島出身らしい。北大を定年する前に、是非とも礼文島を訪ずれてみたいもの。そんなことを思いながら、落ち葉舞う街を十分に堪能した週末が過ぎました。



週末札幌散歩:男は黙って札幌味噌ラーメン

2018-11-03 21:31:42 | 日記
このところ、森進一の唄『冬のリヴィエラ』が頭から離れない。特に、あのサビの部分が。

♬悲しければ 悲しいほど 黙りこむもんだね♬

秋晴れの札幌。本日は、東区のサッポロビール園方面へ散歩。道すがら、頭の中では、あのハスキーボイスで ♬悲しければ 悲しいほど 黙りこむもんだね♬ と。別に悲しいわけではないのだが、なぜだろう?

抜けるような青い空。ポカポカ陽気でもある。サッポロビール園を黙って折り返す。そろそろ空腹感が湧いてくる。久しぶりにラーメンを。快晴なのに、『雨は、やさしく No/2』へ。



前回と異なる『ホタテペースト鶏白湯味噌ラーメン』。帆立ペーストに加えて、牛蒡天ぷらのトッピングが特徴的。



個人の好みにもよるが、帆立ペーストは鶏白湯塩ラーメンの方が合うかも。他のメニューとして、鶏白湯醤油ラーメンもあり、帆立ペーストとの相性が気になる。

札幌は明日も晴れの予報。すこぶる楽しみでもある。


研究集会案内:水環境の保全と再生に向けた環境微生物学・水環境学の最前線

2018-11-02 11:52:31 | 日記
下記の通り、北海道大学低温科学研究所共同利用・共同研究拠点研究集会を開催いたします。来聴歓迎。

            記
研究集会『水環境の保全と再生に向けた環境微生物学・水環境学の最前線』
会期:2018年11月9日(金)
場所:低温科学研究所 研究棟2階 会議室
主催:低温科学研究所(共同研究集会)
代表者:京都大学生態学研究センター・程木義邦
問い合わせ先:福井 学(my-fukui[a]lowtem.hokudai.ac.jp)

プログラムは下記よりダウンロードできます。
   “集会プログラム