税務調査で源泉徴収漏れを指摘された場合の手続

税務調査で源泉徴収漏れを指摘された場合の以後の手続は、法人税や（申告）所得税の場合とは異なります。

法人税や所得税では修正申告書を作成しなければなりませんが、源泉所得税ではそのようなことは必要がありません。

「年末調整が間違っている（例えば、所得控除を多くしている）」
「源泉徴収すべき報酬料金（弁護士や税理士など）から源泉徴収していない」

源泉徴収漏れ（源泉徴収する税額の不足）の典型例ですが、このような場合にあるべき税額を計算し不足する税額がどれだけあるかを計算するのは税務署です。

これは、源泉徴収義務は源泉徴収の対象となる給与や報酬料金などを支払った時に自動的に生じ、そこには納税者（源泉徴収義務者）の判断が介入する余地がないからです。要するに、税務署は源泉徴収漏れを発見したならば納税者に有無をいわせず税額を決定することができるということです（法律的には「告知」といいます）。

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★源泉徴収漏れを指摘された場合の対処

まずは、税務署が源泉徴収漏れと指摘している給与・報酬料金などが源泉徴収の対象になるかについて正確な事実認定を受けておく必要があります。例えば、源泉徴収の対象とはならない法人でありながら、形式上は個人名義で取引している場合などがあります。

支払いそのものは源泉徴収の対象になるにしても、対象となる金額については確認しておく必要があります。例えば、給与のうち通勤手当は所得税の課税対象ではありませんので源泉徴収の対象にはなりません。

税務署は帳簿などの資料が不正確な場合には、推定的な金額で源泉徴収税額を計算することがあります。くれぐれもご注意ください。

★不納付加算税の税率

源泉徴収漏れとなっている税額に対して１０％の不納付加算税が課税されます。ただし、税務調査の指摘ではなく自らで源泉徴収漏れに気がついて納付した場合には５％で済みます。さらに、この納付が納期限（原則として源泉徴収をした翌月の１０日）から１か月以内であれば不納付加算税は課税されません（ただし、過去１年内に納付遅れがない場合に限ります）。