by がエライことになっている(^_^)

mean(データフレーム) と sd(データフレーム) が deprecated になったので，by がとばっちりを受ける。

> by(iris[,1:4], iris[,5], mean)
iris[, 5]: setosa
Sepal.Length  Sepal.Width Petal.Length  Petal.Width
       5.006        3.428        1.462        0.246
--------------------------------------------------
iris[, 5]: versicolor
Sepal.Length  Sepal.Width Petal.Length  Petal.Width
       5.936        2.770        4.260        1.326
--------------------------------------------------
iris[, 5]: virginica
Sepal.Length  Sepal.Width Petal.Length  Petal.Width
       6.588        2.974        5.552        2.026
 警告メッセージ：
1: mean() is deprecated.
 Use colMeans() or sapply(*, mean) instead.
2: mean() is deprecated.
 Use colMeans() or sapply(*, mean) instead.
3: mean() is deprecated.
 Use colMeans() or sapply(*, mean) instead.

警告を出さないためには当然だが，colMeans か sapply を以下のように使う。

> by(iris[,1:4], iris[,5], colMeans)
iris[, 5]: setosa
Sepal.Length  Sepal.Width Petal.Length  Petal.Width
       5.006        3.428        1.462        0.246
---------------------------------------------------------
iris[, 5]: versicolor
Sepal.Length  Sepal.Width Petal.Length  Petal.Width
       5.936        2.770        4.260        1.326
---------------------------------------------------------
iris[, 5]: virginica
Sepal.Length  Sepal.Width Petal.Length  Petal.Width
       6.588        2.974        5.552        2.026

> by(iris[,1:4], iris[,5], sapply, mean)
iris[, 5]: setosa
Sepal.Length  Sepal.Width Petal.Length  Petal.Width
       5.006        3.428        1.462        0.246
---------------------------------------------------------
iris[, 5]: versicolor
Sepal.Length  Sepal.Width Petal.Length  Petal.Width
       5.936        2.770        4.260        1.326
---------------------------------------------------------
iris[, 5]: virginica
Sepal.Length  Sepal.Width Petal.Length  Petal.Width
       6.588        2.974        5.552        2.026