コマンドラインからディスク修復

diskutil verifyVolume /

でも、それではチェックしてくれるだけだから、本当は

diskutil repairVolume /

でなくてはならないはずで、そのときも修復しようとしているディスクが起動ディスクの場合には修復できない。

結局のところ、インストールディスクで立ち上げ直し（起動するまで C キーを押して）、ディスクユーティリティーのお世話にならないといけないのではないかな。