現在行なわれている対策は、家畜伝染病予防法に規定に基づき、平成16年12月1日に公表された「口蹄疫に関する特定家畜伝染病防疫指針」に基づいて行なわれています。ここから、口蹄疫まん延防止における大臣の役目に関して書かれているものを抜粋しました。
まず、「家畜伝染病予防法」から。
・第３章「家畜伝染病のまん延の防止」第32条（家畜等の移動の制限）より
農林水産大臣は、家事伝染病のまん延を防止するため必要があるときは、農林水産省令の定めるところにより、区域を指定し、一定種類の家畜、その死体又は家畜伝染病の病原体をひろげるおそれがある物品の当該区域外への移出を禁止し、又は制限することができる。
・第５章「雑則」より
第47条（農林水産大臣の都道府県知事に対する指示）
農林水産大臣は、家畜の伝染性疾病の発生又はまん延により、畜産に重大な影響を及ぼすおそれがあるときは、都道府県知事に第６条、第９条、第17条、第26条第１項若しくは第３項、第30条、第31条、第32条第１項、第33条又は第34条の規定による措置を実施すべき旨を指示することができる。
第48条（国の都道府県に対する協力）
農林水産大臣は、前条の指示をした場合又は都道府県知事から求められた場合において必要と認めるときは、その指定する家畜防疫官をして都道府県知事の指示を受け、第２章又は第３章の規定により家畜防疫員の行なうべき職権を行なわせることができる。
第49条（動物用生物学的製剤等の譲与又は貸付）農林水産大臣は、家畜の伝染性疾病を予防するため必要があると認めるときは、都道府県に対し、動物用生物学的製剤を譲与し、又は予防用器具を無償若しくは時価よりも低い対価で貸し付けることができる。
次に、「口蹄疫に関する特定家畜伝染病防疫指針」から。
移動の制限等の規制は、法第32条第１項、第33条及び第34条の規定に基づき、都道府県知事が規則を定めて行うことを原則とするが、制限が広範囲の地域に及ぶ場合等必要があるときは、農林水産大臣が都道府県知事に対し、これらの規制措置を実施すべき旨を指示し、又は法第32条第２項の規定に基づき、自ら区域を指定し、家畜及びその死体等の移動を制限する。