\usepackage{ctable} があると，\includegraphics{foo} の拡張子が補われない件は，ctable.sty の28行目にある
\RequirePackage{color,keyval,array,tabularx,booktabs,rotating}
の color に問題があるようだ。color を省くと問題なくタイプセットができる。もう少し，原因を絞ろう。
\RequirePackage{keyval,array,tabularx,booktabs,rotating}
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どうも，color.sty というのは，
\RequirePackage{color}
と書いておけば色に関するコマンドが使えます.
ただし, dvi ウエアによってはオプションをつけて
\RequirePackage[dvips]{color} や \RequirePackage[dviout]{color} 等と
する必要があります.
という記述があることころを見ると，dvipdfmとは相容れないのかなあと思います。
まあ，色を使う必要はないので，どうしても ctable を使わなければならないときには，上記の行から color を省いた color2.sty でも使いますかね？
もっとも，Sweave-2 に書いたラッパーを使えばよいわけだけど。
