Rメモ

Win版ためしたりOSX版ためしたり悪戦苦闘．


エクセルからのデータ読み込み
OSXでは、シートが複数あるexcelファイルからの直接の読み込みはうまくいかない。
コピペでやるか, シートが一つだけのcsvファイルをつくって read.csvで読み込むのが早い。

ライブラリの探し方とRの初期設定
.Rproflieというファイルを使って初期設定。
パッケージインストーラの使い勝手はWinとOSXで一長一短。OSXではCRANサイトを初期設定後どうやって変えたらいいのかわからないけど、ライブラリ一覧取得後は欲しいライブラリを検索できる．

Tree diversity analysis
このサイトのBiodiversityRという多変量解析用のGUIライブラリを使うためのマニュアル兼教科書的なpdfファイルがすばらしい。このGUIの挙動はWinXPでの方が軽い気がする。とくにグラフィック出力の挙動がOSXでいまいち。しかし、バージョンの違いかも。

そして、OSXでは、BiodiversityRを使うとき、複数シートのexcelファイルから、群集行列と環境行列を一括で読み込むことはできません。ひとつずつcsvで読み込めばいいだけ。

追記：
＊進化距離を反映した群集の多様性を評価するために、phylogenetic community structureってやつですか、
picanteというRのライブラリをインストール
＊Mac,LinuxともにClustalW, Xをインストール。ClustalXは無駄に重い。linux用には clustalW-mpi というマルチコア並列計算用のパッケージもある。ついでにRも。llinux用のGUIが見つからない。がーん。