臺灣で數理生態學と妄想

翹首望東天, 神馳奈良邊. 三笠山頂上, 想又皎月圓(阿倍仲麻呂). 明日できることは今日しない

帰国準備雑感#02

2018-07-06 17:05:54 | 研究

帰国準備がスムースすぎて逆に疑心暗鬼になっていた今日この頃、ようやく待望の(?)レギュラーが発生しました。やっとブログに書くネタができました!

毎月の給料から積み立てている年金か退職金みたいなやつが、離職後に返ってくるのですが、金額を前もって知りたいので大学の会計課に電話しました。どうせ実際に離職しないと計算できないとかなんとか言い逃れされると思っていたので、そういう返答したら外国人に冷たいとかなんとか学長に文句の手紙を書くとかなんとかゴネようと思っていたのですが、予想をはるかに超え、このお金の計算や支給は、そもそも大学でも、さらには教育部や財政部等の省庁(行政院の下部組織)の管轄ですらなく、総督府直轄の「考試院」とのことで、打つ手無しでした(中華民国の組織図はこちら。中央研究院も載ってます)。考試院、何それ怖い。

 

まあ、それはもともと戻ってくるとも思っていなかったボーナスみたいなものなので(税金もかからない)、額はどうでもいいのですが、なんとその振り込みは、政府系金融機関(台湾銀行、第一なんちゃら銀行、合作なんちゃら金庫)のみとのこと。郵局が含まれてない! これらに口座がないと小切手で支給されるのでなんかそのあと手数料取られそうですよね。

 

というわけで、大学から20分くらい歩いたところの合作なんちゃら金庫にまず行ってみました(台湾銀行より緩いかと思って)。しかし、窓口で根掘り葉掘りいろいろ訊かれて難癖付けられて断られました(たぶん台湾大学教員ということを信じてもらえず・・・)。次にそこから歩いてすぐの台湾銀行に行きました。そしたら、なんで台湾大学に勤務しているのにこんな遠い支店に口座作るんだ、公館支店に行け、とまたまた不審がられ、リジェクト。もうあきらめかけたのですが、99.9%無理だと思いながら台湾銀行・公館支店に行ってみると職員証を見ることなく質問もなく不審がられることもなくとっても親切に対応してもらって口座を作ることができました。たぶん大学の隣なので外国人がよく来るんでしょうね。いろいろ遠くまで行ったのに灯台下暗しってやつですね。

めでめでたし。

そして、今日はアパートとオフィスを引き払いました。引越し代を実費で負担してくれる太っ腹の赴任先のおかげで、パッキングサービスも込みのクロネコヤマトの船便を利用し、5人も6人もスタップが押しかけてすごいスピードで搬出が済みました。アパートは9:30に始めて二時間、オフィスは昼休憩後13:00から始めて搬出自体は1時間半くらいで終了、保険の計算などで30分くらいかかって15:00頃終了。

明後日から日本でしばらく移地研究をした後7月の下旬に台湾に戻り7月31日に正式に台湾を経つ予定です。

 

 

 

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数理生態学は永遠に不滅です、って感じで。

2018-06-21 19:52:16 | 研究

もちろんポジショントークです。数理モデルもeDNAもやりたいです。

最近、数理モデル(Theoretical Dynamical Model:TDM 用語の解説はここ[冗談の分かる人だけ開いてね])のすの字も出てこない申請書や論文ばかり書いているので欲求不満でちょっとその反動で思うところをちょっと書きます。相反しますが私をただの数理屋だと思うなよ、ってのもあります。ちなみに最近、台湾の竹林でとった細菌と真菌のメタバーコーディングのデータ処理もめどがついてきました。何が言いたいかっていうと、時代遅れの数理生態学者の僻みだと思わんでくれ、ということです、ハイ。焦りはありますが。

前にも書いたんですが(ここ)、環境微生物DNAって、生態学の革命にはなりませんでしたよね。

環境微生物学でのデータ爆発が生態学者にはしっくり来ない理由は、めざすところの違いなのかもしれません。
環境微生物学は仮説駆動型の学問ではないかもしれない(発見駆動型かも?)ので、データが増えたからって、新種や新規遺伝子が見つからない限り革命にならない(実際、2000年以降、新種や新規遺伝子の発見によって革命が起きたので、環境微生物学的には大成功でしょう)。そして、検証すべき仮説のストックがたくさんあるわけではない。だから上の意味での新規性がないデータに関しては、綺麗なフルカラーの図とか描いたりして満足するしかない(結局のところ記載的で少なくとも群集生態学者にとっては面白くない)。しかもデータ量というよりも、極限環境に行って新種を単離してくる、とかのほうが劇的に生命進化の研究とか進みますよね。
 
一方、生態学では、特に群集生態学ではNature Eco Evoで論争を呼んだmust read 100 papersのリストを見ても分かるように、1960年代―70年代に仮説がビックバンでしたね。そのせいで検証されていない仮説が山積みなので、別に光合成できる昆虫とかネッシーとか発見されなくてもデータ爆発は仮説の検証の段階で革命となりますよね。そして定量化・予報のような応用方面でも革命を目指すということですね。これは夢の世界なんで、早く来てほしいです。

しかーし、山積みの仮説の在庫処分が終わったらどうすんの?ってことです。

もう3年前に書いたこと(ここ)の繰り返しになるけど・・・

何らかの目的があって(=つまり何らかの仮説・理論の影響下で)取ったデータから、新しい仮説なんで出てこないわけですよ。だいたい20世紀の革命的仮説で十分なデータ量に基づくのってどれですか? Lindemanのtrophic levelもmicrobial loopもGaiaもPlant-Soil-Feedbackも(データはあってもデータ量とは関係ない)妄想でしょ。だって写真にも写らないし手で触れることもできないし。

21世紀になったって仮説は妄想から。妄想を形にするのはなんてったって直接観察とTDM(EDMでも妄想ができるようになるといいんですけどね・・・)! というわけで蛍光顕微鏡ほしいです。またまた一貫性ないこと言いますが、あと自分もデータ爆発に参加したいんでspectrofluorometer(こんなんとか)買って、こんなんしたいです。

というわけでデータ爆発のスピードに追い越されないように、TDMで妄想力を鍛えて仮説爆発よもう一度! ただし、個体群・群集生態学以外でね(もしくは狭義の群集生態学でもまだ何か埋もれてますかね・・・)。

というわけで数理生態学(妄想系)は永遠に不滅(であってほしい)。みんな辞めないでね。

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帰国準備雑感#01

2018-04-13 19:14:54 | 研究

7月末で台湾大学を退職し、8月1日から日本国内の大学に異動することになりました。

ここ数ヶ月で起こったことをとりあえず思いつくままに、今後ときごき書き止めていこうと思います。どの国も大学もそうですがすぐにルールが変わるのでここに書いてある手続き上のことについては、たぶん後年台湾から日本に帰る人には全く役に立たないと思うのですが、あしからず。

ドキドキの報告

日本の大学から文書で内定通知書を受け取った後、現職地の所長やお世話になっている教員の方々、学生たちに報告しました。もちろんその後には日本国内でお世話になってきた人たちにも機会を見つけて報告してます。台湾の人たちに伝えるときには、大した貢献もすることなく去年夏の昇進により教授の肩書きだけもらって台湾をすぐに出ていくことに対して申し訳ない気分になりましたが、みなさん非常に喜んでくれてありがたい限りでした。「とってもいいニュースだけど研究所にとっては大きな損失だ」、みたいなリップサービスもいただいて大感謝でした。

退職願みたいな

挨拶回りをある程度済ませたのち、実際の退職の事務手続き等を始めることになったのですが、一応大学との無用なトラブルを避けて穏便に進めるために一筆書くこととなりました。これは学部長/学長宛の手紙で、提出前に所長や同僚に添削してもらいました。だいたい以下の感じです(これは他の方々の参考になるかもしれません)。ちなみにわたしより前に大学を異動した知り合いはこんな手紙は書かなかったそうです。いろいろタイミングがあるので一般性はないでしょう。「もう二度と台湾になんか来るか!」みたいな気分でない限り大学への不満とか書くのは恩知らずですし、そういうトラブルを起こすと今後外国人を採用したくない気分にさせて後進に迷惑ですからやめましょう。ちなみに現職の海洋研究所は私が去っても二人の外国人教員が居ます。すばらしい。

 

Dear (学部長/学長の名前):

I am writing this resignation letter to inform you that my last day at National Taiwan University will be (日付). The new appointment as a (職名) will start on (日付) at XXX University in Japan.

Working in NTU has been a wonderful experience. I could not ask for a better group of colleagues and environments for research and education. I have grown in many ways here and will always treasure the opportunities provided for me during my 10 years stay in NTU. I would appreciate if you could understand that my decision is not because I was looking for a better environment for science, but because of my personal reason. (ここに個人的理由の説明を挿入). I hope you can understand my resignation. I sincerely thank you and all the staff and professors in NTU for providing me a wonderful decade in NTU. I will also express my willingness to promote the collaboration in oceanographic research between Taiwan and Japan in the future.

If there is anything I can do to be of assistance during the transition, please let me know. Sincerely yours, 

名前、直筆サイン

これを退職届けのフォームと一緒に提出して事務手続きが開始されました。同時にいまMOSTに申請中のプロポーザルを辞退する連絡も入れました。幸い今もらっている研究費はちょうど7月末で切れるのでそれに関するややこしい手続きは(いまのところ)必要ありません。

久々の外国人扱い

まだいろいろ備品の整理とか、積み立てていた年金の払い戻し(これは出国前には申請できず[現職を退職しても台湾内で再就職し年金システムに留まる可能性を排除できないから]、出国後のみしかも10年以内にしか請求できない)とか、引っ越しの準備とか、いろいろあるわけですが、ひとつ想定外だったのが税金です。今回、台湾の外国人に対する所得税の制度に来台湾1年目と同様にひっかかり、今年の1月1日から12月31日までの台湾滞在日数が規定に満たない(見込み)のため、税率が18%に(いまはおおよそ5%)跳ね上がることでした。しかも1月以降低い税率ですでに振り込まれた給料(冬のボーナスも込みで)から遡って再計算されるので、結構なインパクトです。仕事量のエフォート下げたくなるくらいです。おそらくですが、年金の払い戻し分にもこの税率がかかるんでしょうね。現在、外国人専門職のビザ更新等の条件を好転させる法律ができたり審議中だったりするので近い将来変わるかもしれませんが、欲を言えば、単年度の滞在日数だけで計算するんじゃなくて勤続年数も考慮して税率を出して欲しいところです。この問題はいろいろな研究機関で外国人の教員や研究員の採用時に受け入れ側の頭を悩ませていることなので(余分な税率分を上乗せして給与を払うこともあるようです)、近いうちに解消されるといいですね。まあ、でも日本に比べれば税率は低いので私個人はネタにする以上の文句はありません。

気分が下がったり上がったり

さてさて、もうひとつ気分が下がる出来事がありまして、JSPSの帰国発展研究という枠の研究費の不採択通知です。これ、出す前から採択率の低いことはわかっていたので、まあ無理だろうとは思っていましたが、不採択になった時に自分がどんな気持ちになるかを全く想像できていませんでした。だもんで、実際不採択の字をウェブサイトで見つけた時、どんな気持ちになったかといえば、「この台湾での10年間の研究成果は全く取るに足らないものだ、との評価を受けたんだなあ、いやあ、この10年はなんだったんだろう」って感じです。もちろん申請書の評価はそういうことじゃないんですが、まあ、何日にか一回こんな気持ちが反芻されて2、3分の間、落ち込みます。それだけですが。

そんな嫌な気分になることがあっても、新天地での講義のシラバスを用意したり研究室紹介のパワポを作ったり、ルンルン気分でいる時間が長い今日この頃です。今学期は通常よりもたまたま授業数も少なく受講している学生も優秀なので自分の研究の時間がいつも以上にあり、やり残したことにある程度目処をつけたいと思っています。時間に余裕があるのは、職探しのための不毛な書類作りをしなくていいというのも大きいでしょう。代わりに研究費獲得のための申請書を何個も書くことになるのですが、これはむしろ好きなので問題ありません。低空飛行とはいえ10年の滞在の間にできた狭い人付き合いを最大限活用して日台間の共同研究のための研究費を是非とも獲得したいと思っています。リベンジです。

7月末に帰国しても、その数か月後の11月下旬には台日生態学ワークショップのために台湾にまた来る予定なので、深い感慨があるわけではありません。とはいってもやはり帰国が徐々に近づくにつれて、「この通りを歩くのは最後かもしれない」、「この祭日は今年で最後なんだな」、みたいな思いが心によぎる瞬間もあります。そもそも出歩くのも台湾の伝統的祭日にもあまり興味がないので実態を伴わない、感慨のための感慨なのですが、まあそんな感じです。台湾での食事の残りの回数も減っていくわけですから(そもそも人生での食事の残数も減っていきますが)、もう同じ店には2回と行かないでおこう、みたいな気分にもなるのですが、原来、探索するのがおっくうなので、週に二回とか同じ日本食のチェーン店(大安森林食堂)に行って、だし巻きと焼き魚食べてます。

不気味の谷?

台湾華語はまるっきりだめで恥ずかしい限りですが(現地の方にいま滞在何年目だ?って聞かれたら、いまだに三年って嘘つきます)、最近初めて、タクシーの運転手さんと会話のキャッチボールが何往復もできてうれしかったです。去ることが決まってからの方が勉強に身が入ってます。聞き取りも会話もてんでダメですが、2時間かければ300文字くらいの作文はどうにかできるようになりました(そもそも普通の作文なんて普段しないので構想を練るので1時間くらいかかりますが)。この前の宿題は、女友達と初めて海外旅行に行った女性が、旅行中にその相棒とそりが合わなかったことをぐだぐだ愚痴る、という手紙への返答を、女性という体で書く、という作文でした。知らんがな。

しかしやっぱり発音が下手なため、中心部からも観光地からも離れた辺鄙な場所では、外国人の話す中国語を一度も聞いたことのないような若い方にはまったく自分の言葉が通じません。今日なんて家のそばのカフェで、二十代初めの定員さんに「あったかいラテ、Mサイズ」が通じませんでした。市内中心部や観光地では、みなさんヘンテコな中国語を聞き慣れているのか、自分の中国語でも2回言えば大概通じます。自分の中国語が下手すぎることの怪我の功名というか教訓があるとすれば、外国人が話す現地語について、現地人は愛情をもって接しないといけないということでしょうか。日本に帰ったら、日本語を話してくれる日本語を母国語としないひとたちにもっと優しく接しようと思います。たぶん、このような感覚には日本在住の日本人は慣れていないですよね。英語コンプレックスがある国(日本とかドイツ)では、現地人は、片言の現地語で話しかけられた時よりも英語で話しかけられた時の方がびびってちゃんと対応するみたいなことがある気がします。同時に自分が学生の時の経験を思い出すと、当時、京都中心部で自転車に乗っていれば見るからに現地人に見えるのでよく外国人に呼び止められて道を聞かれましたが、ひとこと目から英語で話しかけられたら、あいさつくらい日本語で言えって思ってイラッとしてましたね。ここらへんはアンビバレントな感じで一概には言えませんね。あとは、たぶん少なくとも日本や台湾では、ほんとに片言のうちは現地人は褒めてくれますが、片言よりはしゃべれるがネイティブには聞こえないレベルに達すると邪険にされる可能性がでてくる感じでしょうか。こういう非線形な応答って面白いですよね。不気味の谷みたいな感じでしょうか。

自画自賛

さて、上の方で「この十年はなんだったんだろう」という気持ちに沈むこともちらっとあると書きましたが、それとは反対に台湾滞在中の成果を一つ一つ挙げていって自己肯定しようとする瞬間も何日かに一度定期的にやってきます。いまから数か月前、異動を控えた某教授の、現職地での研究教育成果について自画自賛するツイートを見るたび、私はモヤっとしていたのですが、想像力が全く足りていませんでした。まだ異動が差し迫っていないのでそういう直接的なツイートは自重していますがその気持ち、今ならよくわかります、ハイ。

というかもう自重できないので一つだけ自画自賛します!

多くの方のご支援とご指導により、台日ワークショップの成果を特集号としてEcological Researchに発行することができました。9編の論文中、7編について台湾の方がファーストまたはコレスポなので、この十年で双方向の対等な形での共同研究の足がかりができたと思って良いのではないでしょうか。また、琵琶湖賞受賞論文、データペーパ、メタンの総説(2017論文賞)と全体の総説論文の4編はオープンアクセスです。以下は、全体の紹介文です。今後私の関係ないところでますますネットワークが拡大していくこと間違い無しです。

Establishment of an ecological research network involving Taiwan and Japan: developing a better understanding of ecological phenomena unique to East Asia


乞うご期待

ほんとはこの先何もトラブルなく引き払いたいのは山々ですが、同時にまだ何か想定外のことが起こるんじゃないかとドキドキしています。それはそれでブログに書くネタができて楽しいので、どっちに転んでも文句はありません。

村上春樹

最後に何の脈絡もなく話題を急転換しますが、今日の夕方久しぶりの村上先生の小説を読んでいて、以下のような文章を見つけました。こういう全く意味のないたった2−30文字の連なりで読み手の気持ちを動かすのってすごいなっと感心しました。縮約してるんでしょうか。今日のブログを書こうと思ったのは確実にこれのせいです。


(机の上には)「もちろんワードプロセッサーがある。ひとつのキーが、ひとつの文字を示している。」

 

なんじゃそりゃ、、、将来もしもSF小説を書く機会があったら、巻頭の引用文みたいなところに使いたいです、、、だもんで、オリオンビール飲んで緯来日本台でドラマ(99.9%不可能的翻案)観て寝ます。

 

 

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エコプレート統計論文と多変量解析チュートリアル

2018-01-12 11:50:48 | 研究

最近、論文が発表できました。

T Miki, T Yokokawa, P-J Ke, I-F Hsieh, C-h Hsieh, T Kume, K Yoneya, K Matsui (2018) Statistical recipe for quantifying microbial functional diversity from EcoPlate metabolic profiling. Ecological Research (published online) https://doi.org/10.1007/s11284-017-1554-0

また、エコプレートのデータを題材に、基本的な多変量解析のチュートリアルをウェブで公開しています。主要部分は日英両方あります。Rのインストールから懇切丁寧に解説しているので、Rに始めて触れる4年生とか大学院生などに使っていただければと思います。

「R環境の準備」→「講義資料(R入門)」→「講義資料(EcoPlate解析)」の順に見ていただければと思います。生データだけが非公開なのでそれは個別に送ります。

https://sites.google.com/view/cer-ecoplate/

 

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Neuglobsow2017 10週目

2017-08-26 17:15:39 | 研究

08/21 (Mon)

前日に銀行口座の残金のあらかたをオンラインで日本で送ったが、そのあと時間差で数日前のデビッドの請求が来て残高が足りなくなる。そこで入金に行くとATMが故障中。しかしこれが怪我の功名で職員に話しかけたら偶然英語がぺらぺらの人でマニュアルの入金手続きのあとに、口座解約のためのアポが取れた。

08/22 (Tue)

急に10度近くまで下がってヒーター解禁。Surface Pro 3の充電機能がおかしくなって立ち上がらない。無事に10分くらいで口座解約手続きも終了。月末まで維持してもらう設定にした。

08/23 (Wed)

郵便局に荷物を持っていく。片言のドイツ語でも大体通じた。102ユーロ弱。窓口の人もやさしく簡単な端午使ってくれたし。研究所で最後の打ち合わせ。

08/24 (Thu)

最終日になって、機能の打ち合わせを受けて再解析したら、OTUからのメタゲノム予測解析が実はうまくいっていないことを発見。これから2週間くらいで解決したい。公募と論文をひとつずつ投稿して全部終わりです。16:00からラインズベルグのEdekaまでいってごま油とか野菜とかかってゲストハウスで餃子パーティー。本場中国のスタイルで皮から作って17:30から準備して食べ始めたのは20:30くらい?。食べて飲んで日中台歴史問題も率直に語って12時に帰る。

08/25 (Fri) 朝オーナーに来るまで最寄り駅まで送ってもらってドイツともお別れ

チャイナエアライン、機体がきれい、サービスがいい(スリッパとかついてる)。3人がけの真ん中に人が偶然いなかった。

08/26 (Sat) 日付が変わってお昼に台北到着。疲れたのでタクシー。あついあついあつい。

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生態理論とは何か?――微生物生態学との関係

2017-08-21 10:17:48 | 研究

今月末の「環境微生物系学会合同大会2017」内の、企画シンポジウム「S11: 微生物生態系の仕組みの理解に向けた挑戦」で講演します。

企画S11 微生物生態系の仕組みの理解に向けた挑戦 8月31日 15:00-16:55 A200会場 企画学会: 微生物生態学会 春田伸(首都大) 座長: 春田伸(首都大)

S-058 合成生態学に期待できることとその限界 ー微生物の共存・生態系の恒常性機構を考えるー......二又 裕之 (静岡大学グリーン科学技術研究所)

S-059 生態学理論とは何か? ̶微生物生態学との関係 ..........三木 健1, 2 (1国立台湾大学海洋研究所, 2中央研究院環境変遷研究中心)

S-060 集団の挙動に大きな影響を及ぼす個体の変形性 ..........益子 岳史 (静岡大・工)

S-061 異分野連携のためのイロハと数学者の苦悩..........齋藤 保久1, 鈴木 研志2, 二又 裕之3 (1島根大院・数理科学領域, 2静岡大院・自然科学系教育部, 3静岡大・グリーン研)

 

生態学理論とは何か? ――微生物生態学との関係

生態学は,博物学(~菌の生態・~環境の群集組成記載・~生態系のモデルなど)・自然科学(観測・実験・モデリングにより一般理論の構築をめざすもの)・数理科学(数学・統計・情報学など)の3つのアプローチの融合分野である.狭義にはその自然科学部分だけが生態学であろう.博物学は自然科学の素材となりうる生命と生態系の多様性や驚異を知らしめ,数理科学は一般理論の構築を助ける技法と哲学を提供する.その二つのアプローチの助けにより,注目する生物群・生態系に拠らない生態学理論が構築されるはずだ.しかし,人は易きに流れやすいもので,生物好きは博物学に流れ,数学・計算機好きは数理科学に流れ,何時までたっても自然科学としての生態理論は不完全なままである.私自身は博物学には分析的興味が全くなく,自然科学と数理科学のあいだを行ったり来たりし生態理論構築への貢献は足踏み状態である.

本発表では第一に,生態学における「理論」とは何かについて定義する.この定義付けにより数理モデル(アプローチ)と理論(成果物)との関係性を明らかにする.第二に,生態学における理論のよりよい理解のため,主要な生態学理論の紹介と,生態学の問題解決に有用な「数学理論」との比較,を行う.

第三に,対象を限定しないはずの生態学が,実は実験材料に大きく依存した理論しか構築できておらず完全には程遠いこと(もしくは新たな発展フェーズに突入したこと)を論じる.生態学の理論は,対象を限定しないという理想(建前)の下,実際には目に見えるサイズの動・植物集団の振る舞いを理解を目指してきた.それにも関わらず主要な理論は,植物・動物プランクトンを含む広い意味での「微生物」の実験系を基に発展してきた.しかし近年,陸上生態系では,生物間相互作用において植物の「食べられても死なない」という特性や有性生殖に関わる事象に注目が集まっており,致死的な相互作用や無性生殖しか扱えない従来の「微生物」実験系に基づく生態理論の有効性に疑問が生じている.一方の微生物生態学においても,生態学における微生物実験系では扱われてこなかった,個体レベルの代謝機能の多様性や遺伝子の水平伝播などの「微生物らしさ」に注目が集まっており,従来の生態学理論は適用できないのが現状である.以上により,微生物を対象にした生態学において,新たな理論的枠組みの提唱の必要性があると言えるだろう.

 

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Neuglobsow2017 8-9週目

2017-08-19 15:30:17 | 研究

08/07 (Mon)

海洋酸性化モデル打ち合わせ

08/08 (Tue)

ベルリンへ

08/09 (Wed)-08/13 (Sun)

BBQなど

08/14 (Mon)

VOCについて打ち合わせ。ラインズベルグの大通りにモダンなドイツ料理屋あり。ラムステーキおいしい

08/15 (Tue)

再びBBQ

08/16 (Wed)

ベルリン滞在

08/17 (Thu)

解析再開。予想外に良い結果

08/18 (Fri)

ホストに最終報告。北米グループによるミニシンポ。相変わらず科学者の名前を覚えられない。ここで何度か会話してきたゲスト科学者が2006年のエコロジーのメタ群集論文の第一著者だとやっとわかる。あとは、カルシウム不足が動物プランクトンに与える影響とか。その後雨のなか研究所でBBQ。

08/19 (Sat)

やり残しの研究作業と撤退準備開始。

08/20 (Sun)

同僚からのギフト

 

 

 
 


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Neuglobsow2017 7週目

2017-08-06 12:02:52 | 研究

07/31 (Mon)

もくもくと解析。OTUから遺伝子予測の方はめどがついてきた、オーバーフィッティングな気もするが、tax4funとpapricaは使えそう。PICRUStはだめみたい。ツボカビの新モデルはちゃんとできたが期待外れの結果しかいまのところでません。

7月が終わるという衝撃の事実。

08/01 (Tue)

セミナー発表が面白かった。DHA/EPAの摂取量目安は一日1gですが、全球の漁獲量などから推定して全人類にこの量を行きわたらせるのはすでに不可能。人類の環境収容力をすでに超えているということ。ちなみに焼きのりでこの量をカバーしようとすると一日100g程度=30数枚程度食べないといけません。久しぶりに晴れたので写真を撮った。

08/02 (Wed)

エコプレート新解析の布教。同僚が使いこなし始めた。EDMも布教。Empirical(経験的)の反義語は? 経験論の対義は合理論ですが、モデリングの文脈で使うならやはりTheoretical(理論的)ですね。じゃあ、TDMということで。Integrating classical TDM and rising EDM for unified understanding the complex ecosystems under a changing world. ってタイトルで誰かperspective書いておくれ。

08/03 (Thu)

スカイプ会議。細菌進化モデルでようやくスペシャリストが出現するパラメータ見つけた。だが、実験結果と逆。

08/04 (Fri)

奈良先から書類選考で落ちたとのメール連絡をいただいた。同居の夢が潰える。対応が早くて誠実ですばらしいですね(泣)。やっぱり面接選考前に返事が来るととても好印象です。晴れたので洗濯と買い物。

08/05 (Sat)

今日は湖のお祭りでしたが昼過ぎまでうだうだしていていざ外に出てみたら雨が降り始めていて断念。ノブタ食べそこなった。

08/06 (Sun) 

今日も晴れ。だが暖かくはない(朝方は13度、昼間は19度)。動画見ながらも、もくもくと作業。東方美人茶にはミルクを入れても可なことを発見。

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Neuglobsow2017 6週目

2017-07-30 20:00:08 | 研究

07/24 (Mon)

明日の発表に向け微調整。論文が一つマイナーで帰ってきた。急に思い立ってモデルの予測をドイツの湖のデータで確かめようとするも、逆の結果。これまた面白い。

07/25 (Tue)

グループミーティングにすごいたくさん人が来る。単に訪問者が何十にも重なっただけなんだが。背景がばらばらの聴衆に向けて急に内容を微調整できるわけもなく、1時間近く話す。その後も共同研究者と2時間くらいディスカッション。すばらしく頭が回転する。

07/26 (Wed)

今日は、朝からユトレヒトまでDBでいかないといけないのだが、ドイツ中部が洪水警報。だめもとで出かけてみたが、経路沿いは晴れ模様が続いて時間通りに到着。さすがオランダ、どこでも英語が通じる。地ビールうまい。

07/27 (Thu)

飲みすぎて夜中2時半に目が覚めてしまうも、何とか朝からNIOOでディスカッション。昼前にちょっと共同研究を諦めかけるもランチ後にアイデアが浮かんで無事3時ごろ終了。NIOOの建物を見て回る。ハイすごいです。コーヒーマシンも空港ラウンジみたい。オフィスはガラス張り。建物・機材・人材(そして自由な時間)では日本のどの生態学系研究所も、勝ち目無し。戦ってないけど。しかし結局研究するのは人間ですから。来年もまた来たい。

07/28 (Fri)

お土産を物色して朝11時の電車で再びドイツへ。

07/29 (Sat)

ドイツの湖の夏の嵐のシミュレーションしてたら、台風襲来で台北のサーバーダウン。なんといううれしくない偶然。

07/30 (Sun)  

朝、車で同僚を駅に送って以降、外に一歩も出なかったので気づかなかったのだが、ようやく夏到来。30度。

新しいツボカビのモデルをつくる。

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Neuglobsow2017 5週目

2017-07-23 10:54:40 | 研究

07/17 (Mon)

10年ぶりくらいに学部の同級生に会いにベルリン中央駅へ。変わってない。基礎理論系はどこも世知辛い。使ってるプログラミング環境訊くの忘れた。

中央駅のO2に行って携帯のネット環境の設定をしてもらうもうまくいかない。適当にぐちゃぐちゃ設定替えてたら偶然うまくいく。自社の回線なのに「データローミング」をオンにしないとつながらないってどういうこと?

07/18 (Tue)

席を二階から一階に移動。

到着数日目に壊れたVaioのアダプターの替え・家のWiFi電波中継器(TP-Link 300 Mbps Wireless N Nano Router)がアマゾン.deから届いて計算機・ネット環境が劇的改善。家の中まで大家さんの電波が届きにくいので、これまで携帯を窓際においてWiFiを受信し、BluetoothでPCと共有していたがいかんせん遅い。TP-Linkの前にAirmacExpressを早合点して買ってしまったがこれは親機がApple製品じゃないと中継器の機能が使えずお金の無駄遣い。もしくは親機が古すぎる? 結局TP-Linkも親機には直接つながらなかったので(相性の問題?)Airmacを子機として親機につなぎ、そこに有線LANでTP-Linkをつないだ。40Mbps近く出て最高です。

07/19 (Wed)

Vaioが復活したはいいが、今度は台湾大学へのVPNが数分後ごとに途切れる。家ではVPN無しでつながるので自宅待機が増える。

07/20 (Thu)

来週火曜日のグループミーティングでの発表が決定。最近人生で初めて三国志を読み始めた。青空文庫。

07/21 (Fri)

大家さんにバーベキューごちそうされる。湖の向こうにオオカミがいるらしい。

07/22 (Sat)

大家さんからケーキをたくさんもらう。洗濯するも天気予報通りに午後2時過ぎから雨。エデカに買い物。火曜と木曜(NIOO)の発表の準備をアニメを見ながら進める。

07/23 (Sun)

今日も雨。いい図が描けた。なんちゃって反応拡散系。

 

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