臺灣と瀬田で數理生態學と妄想

翹首望東天, 神馳奈良邊. 三笠山頂上, 想又皎月圓(阿倍仲麻呂). 明日できることは今日しない

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K値プレプリント原稿についてのコメント

2020-06-21 00:15:28 | 研究

大阪大学と九州大学の科学者によってCOVID-19の感染状況を示すK値という新指標の論文原稿が以下のようにプレプリントサーバにアップロードされています。

Novel indicator of change in COVID-19 spread status

doi: https://doi.org/10.1101/2020.04.25.20080200

 

新型コロナウイルスに関する科学論文(原稿)の社会への潜在的インパクトの大きさを考慮してプレプリントサーバには以下のような但し書きがあります。

This article is a preprint and has not been peer-reviewed [what does this mean?]. It reports new medical research that has yet to be evaluated and so should not be used to guide clinical practice. 

DeepL翻訳にかけると以下のようになります。

この論文はプレプリントであり、査読を受けていません。この論文は、まだ評価されていない新しい医学研究を報告しているため、臨床実践の指針とすべきではありません。 

 

上の"what does this mean?"のリンクを開けばもっと詳しくプレプリントがどう扱われるべきか説明があります。関係各所の担当者の方々はこの但し書きの意味をよく考える必要があると思います。

 

しかしながら驚くことに神奈川県の新型コロナウイルス対策サイトにK値は採用されています。

https://www.pref.kanagawa.jp/osirase/1369/

 

「査読を受けていない原稿に基づいて研究成果を発表したり政策に取り入れることの是非」については私は現時点で判断できません。なぜなら、これを一律に否定すると同時に「査読を受けている原稿なら科学界のお墨付きがある」と判断することは正しいとは思えないからです。現時点での私の立場は、査読ありだろうとなかろうと自分で読んで内容について判断するということです。こうやって書くと当たり前ですが、難しいですね。

そこで、このK値のプレプリント原稿を精読し、雑誌への投稿が仮にあった際の査読コメントという体(てい)でPubPeerというサイトにコメントを投稿しました。ちなみに投稿時には著者のメールアドレスを書き込めば通知メールが送信される仕組みになっており、それを利用しました。

https://pubpeer.com/publications/2D5A3D7BC3C6E9EAF6F7FEF9563C8B

なお、PubPeerも単なる情報共有サイトであり、そのFAQの一つ(以下のリンク)にあるように、PubPeer上に投稿されたコメントについてはその科学的妥当性は精査(review) されていません。ただしコメントを書き込んでから実際に公開されるまでには少し時間がかかり、罵詈雑言等がないかどうか等、PubPeerで想定されているフォーマットを満たしているかチェックされていると推察します。

https://pubpeer.com/static/faq#10

罵詈雑言禁止という意味では、以下のFAQも学ぶところが多いです。

https://pubpeer.com/static/faq#5

 

通常の論文査読課程においては複数の査読者が独立に提出した査読レポートについては、内容の形式、妥当性や重要性を担当編集者が独自に判断します。その結果として査読結果の質が低いと担当編集者が判断すれば、投稿された論文の掲載の可否決定に対する影響力は割り引かれる(ディスカウントされる)ことになります。PubPeerには担当編集者に該当する機能が存在しないため、以下のコメント(およびオリジナルの英語版)はそのような質の評価を受けていません。

以下は、PubPeerに投稿したコメントの日本語訳です(日本語をゼロから考える時間はないのでDeepL翻訳無料版にかけ、おかしなところだけ修正してます)。また※から始まる部分は日本語だけの補足部分です。

 

(※ここから)

私の専門分野は、生態学、数理生物学、環境微生物学である。以下のコメントは、数理生物学の観点からのものである。また、基本的にはPLOS ONE(https://journals.plos.org/plosone/s/criteria-for-publication)の論文掲載基準に沿って、研究の意義や新規性についての主観的な評価は含めていない。

 

全体的なコメント(※論文の査読では一般に、論文の各部分に関する個々のコメントの前に全体的なコメントを書きます)

本研究で中野氏と池田氏は、(※COVID-19の感染拡大状況を評価するための)「K値」という新たな指標を提案すると同時に、COVID-19症例数の時間発展の公開データからそのK値とその背後にある基盤的パラメータkを推定する方法を提案した。その核となる仮定は、感染個体(または感染力のある個体)の比増殖率の自然対数(すなわちln[N(d+1)/N(d)])が、一定の減衰係数kで日ごとに減少するというものである。 著者らは、以下の3つの主張を行っている。

【主張1】K値とその時系列が、COVID-19の蔓延の現状を把握し、その収束に必要な期間を、推定されたパラメータkを通して予測するのに有用である(「収束」はK値が(※数学的に)ゼロに収束していくことを表しているのではないかと推測したが、本文では著者らによって定義されてはいない)。

【主張2】K値が特定の範囲(0.25<K<0.9)では時間とともに線形に変化する。

【主張3】(※実際の日々の新規感染数の時系列データを説明するには)sars-cov-2は複数回の侵入と独立した感染拡大が生じたと推定できる。

主張2は、提案されたk関連過程の数学的な振る舞いとデータセットへの当てはめに関する(※数学的な)議論に過ぎないので、妥当であろう。実際、式1および2の仮定の下でのK値の時間に対する線形性が見られること、およびK値の低い値(<0.25)への時間発展を、線形領域(0.25 < K < 0.9)からの情報によって予測できることは、数学的に興味深いものである。しかし、提案された新しい指標「K」と、COVID-19の拡大状況を評価するための信頼性の高い既存の指標との間には妥当な比較がなされていないため、主張1は著者らの解析によっては全く正当化されていない。言い換えれば、COVID-19の拡大状況の「真の」回答を知らなければ、提案された指標の妥当性を示すことは不可能である。この「真の」回答は、機構論的モデル(例えば、SISモデル)からシミュレーションで生成されたデータセットを用いて作成することができるだろう。あるいは、推定された有効再生産数とその不確実性を 「真の 」答えの代用(※proxy)として使用することもできる。このような比較がなされていないことは、本研究の根本的な論理的欠陥であろう。また、主張3については以下の3点が本文や補足資料(※Supplemental materials)に記載されていないため、著者らの解析によっては正当化されない。すなわち、1)著者らの区画化された「SIモデル」の適切な導出、2)提案された区画化(すなわち、感受性個体数S、感染個体数I, 最終感染個体数Nについて複数の部分集団を考慮すること)の背後にある生物学的な仮定、3) モデルパラメータのデータセットへのフィッティング方法、の3項目が記載されていない。これら 3 つの項目がないため、提案された SI モデルの妥当性を損なわれており、著者らの解析の再現性も保証されない。(※著者らとは別の)少数の研究者が数学的な観点からK値の振る舞いをより深く研究しているが、そうした研究・解析は主張2の妥当性を向上させるものであるが、主張1と3とは全く関係がない。したがって、主張1と3に関連するこれらふたつの欠陥を考えると、著者の結論はその解析とデータに裏付けられているとは言えない。

 

※論文で主張されている結論が、論文中の結果[データ、データ解析、モデル等]から論理的・科学的妥当性を持って導き出せるかどうか、というのは、科学論文全般において重要な審査基準です。

 

個別コメント(※ここから先が論文の各部分に関する質問やコメントになります。投稿論文では多くの場合、原稿に行番号を載せることが要求されますがそれが今回は無いので該当箇所はわかりにくいかもしれません)

[1] 1 ページ目(序論):関連する過去の研究の情報が全くないこの序論は、標準的なジャーナル論文(※の序論)としては受け入れられない。

[2] 2 ページ(COVID-19 拡大の推移を分析する指標 K): N(d)の定義が明確ではない。基準日から d 番目の日までに感染者として検出された人の総数のように読み取れる。補足資料で提案されている筆者の「SIモデル」を確認すると、N(d)はI(d)と定義されているように解釈できる。しかし、著者はモデル式の最終版のみを提示しており、(※この最終版の方程式は)おそらく複数の生物学的過程を明示的に定式化した「元の」モデル式から数学的に単純化してパラメータ数を減らした後に導き出されたものと思われるので、N(d)の定義を(※明快に)判断することは不可能である。

[3] 2 ページ (比増殖率の自然対数 ln[N(d+1)/N(d)]が一定の減衰係数kを持つという仮定) :この仮定の背後にある生物学的合理性を説明すべきである。すべてのモデルの仮定は必ずしも機械論的に導き出される(※べき)とは限らないが、少なくとも生物学的な説明はどのような数理モデルにも必要であり、経験的なデータセットへの適合性の良さはモデルの仮定の妥当性を保証する必要条件でも十分条件でもない。

[4] 2 ページ (COVID-19 の収束とアウトブレイク):「収束」と「アウトブレイク」をそれぞれ明示的に定義し、K値とそれらの関係をより明確に議論する必要がある。

[5] 3 ページ(SI 感染症モデル):この引用文献(参考文献4)では多くのモデルが提示されているため、どのモデルが本研究で提案されているモデルと関連しているのかは不明である。

[6] 3ページ(「データを再現するためには、少なくとも4つの独立した感染源を考慮に入れる必要があることがわかった」):フィッティングの方法が再現性のある方法でうまく記述されていない。同様に、フィッティング結果の統計情報も示されていない。

[7] 4ページ(破局的な状況):著者らは、K値の傾き(K')を感染拡大状況の深刻度に結びつけようとしているが、「破局的(※カタストロフィックな)状況」が明示的に定義されていない。(※そのため、議論の妥当性が判断できない)

[8] 6ページ(「我々は、Kの値とその時間的な傾きK'が、COVID-19の拡大状況を理解するために極めて重要であることを実証した」) :この結論は、本研究で提示されたどの結果によっても、また提案されたモデルによっても正当化されない。なぜなら、本研究では病気の蔓延の重大度を定量化するために、K値と比較可能なすでに確立された信頼できる指標が使用されていないからである。

[9] 6ページ(「K値の直線性は数学的に自明なものではないが、複数の連続した感染拡大によって引き起こされる可能性が高い」):著者らがこれを主張するのであれば、モデルシミュレーションを用いて明示的に証明すべきである。

[10] Page 10 (S = N - I) : この仮定は、総人口規模が一定の標準的な感染症モデルの仮定とも参考文献(4)のモデルの仮定ともと同一ではない。Nは総人口規模であるべきであり、最終的な感染者数は一般的にNよりも少ない(※SI model, SISモデル等の二次元微分方程式モデルが一次元モデルへと縮約できることの基本的仮定を取り違えている可能性がある)。

[11] 10-11ページ(「SIモデルで単一の感染源を考慮に入れた場合、Kは単調に減少する関数である」):これは数学的には自明なことのように思われるが、この記述を検証する結果を示すべきだ。

[12] 11ページ(Eqn.3):総人口を部分集団への区画化(iというインデックスで分けられたIとNへの分離)することを正当化する生物学的仮定が記述されていない。

[13] Page 11 (Eqn.3):式3の記号aは、式1のパラメータaとの混同を避けるため、別の記号に置き換えたほうがよい。

[14] 11 ページ (Eqn.3): COVID-19の異なる(※区画化された異なる)発生源に対して共通のa値を使用するための生物学的な仮定を説明すべきである。感染パラメータ(感染率、回復率、死亡率など)について部分集団間で異なる値を持つSI(またはSIS)モデルの標準的なモデリング定式化から始めると、縮約されたモデル式(Enq.3など)のパラメータaとNの両方が部分集団(i)間で必然的に異なる値になるはずだ。

[15] Page 11 (「我々は二つの国の感染数データを説明する最適な部分集団数は4であることを見出した」) :ここでは、フィッティングの最適性の定義がなされていない。著者らがフィッティングの度合いをパラメータの数で割り引いたのか、例えばAIC(Akaike Information Criteria)で割り引いたのかが不明である。

(※ここまで)

 

 

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公募をめぐる議論に対するいろいろな思い

2020-01-29 21:14:10 | 研究

ツイッター中毒のため、数か月ごとに繰り返される公募に関する議論を見ていてモヤモヤしています。今思っていることを、応募側の主張、採用側の主張に分けて羅列します。自分の具体的な経験も吐露したいです。こういうのを飲み屋の与太話ではなく活字で残すのって怖いのですが、でも酔っ払った勢いで面白おかしく話して終わりというわけにはいかないと思うのでブログに残します。

注意1:応募側から採用側になって意見が変わったものも多くあります。採用側の実状を知ったからという要因と、身分が安定したあとの変節や保身・自己正当化という要因は自分では区別できません。このブログを読んでくれるのはほとんど知り合いだと思いますが、適宜ディスカウントして読んでもらえれば嬉しいです。

注意2:また、基本ネガティブなトーンの文章のため、ほとんど建設的な意見が含まれていません。建設的な文章を書くのがうまい人に読んでもらって、有用なところだけ参考にして、建設的な制度改正の提言などに役立ててもらえると嬉しいです。


自分の経歴と就職活動・採用活動は以下の通り。

フェーズ0:2004年からDC1、2006年3月に学位取得(京都大学)[特に公募に出すこと無し、当然採用側になること無し]

フェーズ1:2006年4月から2008年7月までJSPS特別研究員PD(京都大学)[任期無しの公募に出し続ける、当然採用側になること無し]

フェーズ2:2008年8月から国立台湾大学で助理教授で採用される(3年間は異動しないと口約束)[公募に出すのを中断、だんだん採用側になるが内情がまだわからない]

フェーズ3:2012年くらいから2018年初めまで、順調に昇進する[日本の公募に出し続ける、台湾大学での採用側としてかかわる=投票権がある状態]

フェーズ4:2018年8月から現職(龍谷大学):台湾大学で教授に昇進してこれからどんどん運営業務をすることを期待されている中一年足らずで異動する[異動予定はないので公募に出すのは終了、採用側だが新規採用の機会には出会っていない]


応募側の主張

(1)自分が応募側だった時から採用側に回った現在まで一貫して正当だと思う主張

*応募書類は簡略化すべきだ。郵送しか受け付けないのは不合理だ

*面接の旅費は採用側が出すべきだ

(2)自分が応募する側の時には正当だと思っていたが採用側に回った現在では、誤解または不当だと思う主張

*採用側は業績に対する評価を最優先に採用者を選定すべきだ 

→業績は面接に呼ぶ若干名の選定にしか使いませんし、インタビューに呼ばれた最終候補者のスタートラインは同じになると思ったほうがいいです。

*業績は論文本数や掲載雑誌のIFが大事

→採用する側は、時には「代表論文」を外部審査に回して真剣に中身を審査する場合もあるでしょう。本数が多いとかIFが高い雑誌に載っているとかは決定打にはなりません。ある程度以上そういうわかりやすい業績があるなら、別のベクトルの努力をしたほうが良いと思います。

*採用側は、もっとも”実力”のある応募者を採用すればよい

→実力って何ですか? ”実力”を客観的に判断するのは難しいです。かつ、応募者が「実力」だと思っていることと採用側が「実力」だと思っていることの間には大きなギャップがありえます。すべて「実力」で論文業績を上げてきた、と考えるのは単純すぎで、潜在的にいろいろ存在する「下駄」の中でも外に見えてくるもの(有力な指導教員、共同研究者の存在など)は当然脱がされます。

*業績数が自分より少ない応募者が採用されたのはデキ公募だったのだ 

→業績が最優先ではないので出来公募かどうかは採用者と落選した自分の業績比較では判断不能です。

*デキ公募の最有力候補の当て馬として面接に呼ばれてひどい 

→実際には最有力候補がインタビューを失敗することはよくあるので、チャンスだと思って全力を出すべきです。でも当て馬にも(にこそ)旅費を出してほしい。むしろ、セミナー講演料をもらいたいくらいです。

*個人的に声をかけられて面接に呼ばれた”デキ”公募で落ちることはない

→そういう油断が命取りです。選考側が一枚岩ではなく対抗馬がいるかもしれません。また、声をかけてくれた人だけが投票権を持っているとは限りません。ときどきドラマとかでありますが、廊下やトイレでですれ違うひと全員に投票権があるかもしれない、という緊張感が必要です。全力を出しましょう。

(3)自分が応募する側だったときから現在まで一貫して応募側の誤解または不当だと思う主張

*過去の男性優位の社会で得をしてきたシニア研究者が、その解消を若手男性に押し付けてアファーマティブアクション(女性限定公募)をするのは不当だ

→日本においてヘテロセクシュアルな男性はここ何世代かにわたって社会のマジョリティーであり続け、したがって社会の仕組みはこのマジョリティーが生きやすいようにできています。したがって、意識しようがしまいが現時点で成人している男性で少なくとも博士号をとろうなどという高学歴な層に限って言えば男性としての下駄をはいていると考えざるを得ません。ここでは男性内部での権力構造やマイノリティーの問題には立ち入りません。

→そもそも採用側は世代の離れた「シニア」だけではありません。応募側と同世代の教員すらアファーマティブアクションに賛同する人が少なくないことが何を意味するか考えてほしいです。

→”実力”(って客観的に測れると思いませんが、CVに書かれている内容と仮定)が同一であれば、男性候補者の方に対して、より優秀・独立性が高い等、高い評価を無意識に与える傾向があります(無意識のバイアス)。

→男性がほぼすべてを占める採用側がバイアスなく選考できるはずがなく、その補正のためにはアファーマティブアクションは合理的であると考えます。

→応募者の方も”実力”が同一であれば、男性のほうが女性よりも自己評価や自己肯定感が高く、これも他人への評価に影響するでしょう。研究者個人の自己評価やその外への投射・プレゼン能力とは独立に「研究の質」だけを客観的に評価できるほど、研究者の見る目は肥えていないでしょう。

→採用側としては、「選考の公平性」はたくさんの方に応募してもらうために常に高く保つ必要があります。しかしながら最優先事項ではないのです。採用側は組織にとって有用な候補者を採用したいのであって、百万歩譲って若手男性に不利だとしても、アファーマティブアクションが組織の多様化にとってプラスであれば公平性よりも組織への利益が優先されることには合理性があります。したがって、自分が組織にとってどう有益かを書類や面接でアピールするのが大事です。

 →ツイッター等で躊躇なく女性限定公募や女性限定入試を批判する方がたくさんいます。これは差別の歴史や現状や多様性の重要性について少しでも勉強した上での意見表明ですか? 知識だけでは人の意識は変わらないという現実を思い知ると同時に、情報検索能力に秀でているべき博士課程の学生や博士持ちがそういう発言をしているのを見ると科学者としての能力や品格を疑いたくなります。「大学進学率」「男女平均給与」等でggrks

*業界が腐っていて今更正論を並べられても全く信じられない

→私は強運の持ち主というかそういう業界に所属したことがありませんが、おっしゃるとおりかもしれません。しかし、応募側の立場にいる限り抜本的な改革はできません。安全地帯に早く逃げて生温かく見守るか、外から改革しましょう。本当に若い人たち(学部生や収支学生)は自分がやりたいことを盲信するのではなく、ヤバいシグナルを漏らさないようにしましょう。講義担当の教員が偉そう、学会で口頭発表するのは教員ばかり、研究室の業績リストで著者リストの長い有名雑誌にしか論文掲載がない、等々の観察をすれば、その分野での権力構造や研究における自由度、労働集約度などが何となくわかるはずです。先輩からの噂話も重要な情報元となります。気づくのが早ければ早いほど、他の分野への移動が容易になると思います。腐っているところからは逃げましょう。

これは公募の問題というかアカハラの問題ですね。私はすべての分野あるいは研究室が等しく(もしくはランダムに)腐っているとは思いません。研究費の多寡も一様でもランダムでもありません。そしてこの二つの間に何ら関係がないとも思いません。研究がキラキラしている、研究費がたくさんあるという理由を最優先にした選択は、ランダムな選択に比べても危険性が高いと思います。お金は低賃金長時間労働のような理不尽を解決してくれる素晴らしいものですが、度が過ぎれば個人の欲望の増幅装置として牙を剥くと思います。


 採用側の主張(事情)

(1)自分が応募側の時には不当だと思っていたが採用側に回った現在では正当だと思う主張

*選考委員会の中で個人的に誰も知らない候補者は怖くて採用できない

→大学は研究と全く関係ない業務がたくさんあります。そういう業務を人並みにやらない人はほんとに他の教員や学生に負の影響が大きいです。それは、仮にそうした人が何億も外部資金を持って来てもベクトルが違うので(その資金を教育や業務に回せるわけではないから)、負の影響は全く補完されません。

(2)自分が応募する側だった時から現在まで一貫して正当だと思う主張

*論文リストだけでは応募者を評価することはない

→学会活動等、組織のために働く能力があるかも重要です。学会内の小規模なシンポジウムも開催したことが無い、非常勤講師の経験が無いなどは、マイナス評価から始まります。ただ同時に、シニア側がそういう脅し文句で若手に無償労働や低賃金労働をさせるのには断固反対です。

(3)自分が応募する側だった時から現在まで一貫して不当だと思う主張

*組織が財政難なので面接の旅費や応募書類の印刷費用がない

→少なくとも定年によって空くポジションの応募は何年も前から分かっているのだから、予算を確保しておくべきだと思います。

*業績よりも人物が大事

→「人物が大事」はその通りだが、それをこれまでの個人的関係や面接での言動から、赴任後のふるまいを正確に推定するのは不可能だと思うので、そういう理由で業績が著しく低い応募者を高く評価するのは説得力がありません。

*女性は子育てが大変だから採用後にパフォーマンスが下がったり業務が全うできないんじゃないか

→そういうこと言う人、思っている人、、確実にいます。これもアファーマティブアクションが必要な理由の一つです。かつ、子育てや介護等を邪魔するような時間に会議を開かないようにしましょうよ。弊学部、今年度から私用でも教授会を欠席(退席)できるようになりました。自慢です!

*採用になっても引っ越し費用が出さないのは当然

→出すのが当然ですよ。現職地は出ました。

*4月1日からしか採用しないのは当然

→いや、なんとかしましょうよ。採用側が絶対、みたいな組織は滅べば良いです。

*最初の給与が不明

→引越しにいくらかけていいのか、家賃をどの程度にすればいいのか、新たに買う家具や電化製品にどれだけお金をかけれるのか等の人生設計が全くできません

(4)自分が応募側の時には正当だと思っていたが採用側に回った現在では不当だと思う主張

*採用は業績に基づいて行うべきだ

→応募側にはなんて耳心地のいい言葉でしょうか。しかしこれには二つの問題があります。第一に、応募者側の若手が、研究(だけ)を頑張ればいいのだという誤解をして有効ではないベクトルへの努力を再生産させる危険性があります。第二に、この発言をする教員は暗に自分は業績で選ばれたというアピールが含まれていますよね(自分もこういうアピールしますけど、、、)。本当にそうでしょうか? 自己評価が高すぎませんか? 分野のマッチングは関係ないのですか? コネや偶然は全く関係ないんですか? 


フェーズ3(応募側でありかつ採用側であったとき)で伝聞したこと・体験したこと・感じたこと(ほぼ私怨のため客観性は皆無です)

(1)業績でも人柄でも事務能力でも、どんな基準であれ「よい」応募者に来てもらわないと組織が生き残れないという緊張感の薄い組織が日本には少なくないです。

(2)一方的に採用側が応募側を値踏みしていると思ったら大間違いです。採用側もその一挙手一投足を観察されています。

→応募側は、「この組織と自分はマッチングしているか」、「この組織のパフォーマンスは(他学科等に負けない程度に)高いかどうか」「自分はここで活躍させてもらえるだろうか(=自分の能力を正当に評価してもらえるだろうか)」等の視点から採用側を観察しています。したがって「この組織は何を目指してあるか」を明確に説明可能で(これができない組織は滅びます)かつ実際説明すること、「組織の一員になったら何ができるか(どんな環境を提供できるか)」を説明する事が、よい人にきてもらうためには重要だと思います。そしてこういう期待通りの情報をくれる組織は組織全体のパフォーマンスに心配なく生き残っていける、と安心してもらえると思います。

不当な理由なく不採用にした場合でも、応募者にはいろんなところで悪口を言われるかもしれないし、もうその組織の人間とは一緒に仕事をしてもらえないかもしれない。採用「してあげる」場合でも、逃げられるかもしれない。申し訳ないですがヤバそうな組織とは心中できません。

(3)旅費自腹で面接に赴いたら、開口一番「スカイプでもよかったのに」と言われて脱力。

(4)面接開始時間になっても何か議論していたため別室に(事務職員の方に)案内してもらった後、もう入ってもよいといわれて面接室に入ったのにまだ議論が終わっておらず、「まだに決まってるでしょ」的な乱暴な言葉で追い出される。間に入った事務職員の方に申し訳なかったです。

(5)面接が終わった直後、発表に使ったPCを片付ける間もなく同じ部屋で選考の議論が始まり、早く出ていけと追い出された(その後、事務の方が門のところまで丁寧に見送ってくれました)。事務職員の方に申し訳なかったです。

(6)午前中に面接があり、その後応募先の他の組織の知り合いと昼食のためレストランに入ったところ、声の聞こえる距離の机に選考委員があとからやってきて、「あれじゃないんだよね」というダメ出しの会話が聞こえてきた。これは一方的には非難できず、自分も同じことを将来やりそうで怖いです。

 

 

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臺灣最後の日々

2019-03-09 09:11:42 | 研究


 


 


 


 


 


 


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定量生態学研究室

2019-03-08 02:12:21 | 研究

研究室のウェブページを公開しました。

https://sites.google.com/view/quantitative-ecology-lab/home

 

あと日本生態学会・神戸大会で初日15日17:00から自由集会します。

Idea Paperの実現に向けて3   https://sites.google.com/view/ideapaper3/home

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Idea Paperの実現に向けて2

2018-09-15 05:58:30 | 研究

個体群生態学会・陸水学会と重なってしまいましたが、10月7日(日)に近畿大学東大阪キャンパスで「Idea Paperの実現に向けて2」という集会を開催します。

私たちは生態学分野におけるアイデア共有の場として,Ecological Research誌に新しく「Idea Paper」の論文形式を設けることを提案しています(第一回の集会は3月に行いました[こちら])。今回はこのIdea Paperのフォーマット・査読方法の策定に向けての勉強と議論の場を設けました。

本集会では招待講演者として,科学哲学・科学史の専門家と,すでにアイデア共有のための論文が普及している工学系の専門家をお招きし,アイデア共有を促進する方法を探ります。

集会のタイムテーブルと会場までのアクセス方法は以下のとおりです。事前連絡は不要で,途中入退出も可能ですので,関心のある皆様のご参加をお待ちしております。

企画者:三木健(龍谷大学理工学部)・中村誠宏(北海道大学北方生物圏フィールド科学センター・和歌山実験林)・松井一彰(近畿大学理工学部)

プログラム
「Idea Paperの実現に向けて2」
開催日時 2018年10月7日(日)
開催場所 近畿大学東大阪キャンパス 31号館-201教室
<近畿大学-東大阪キャンパスへのアクセス>
https://www.kindai.ac.jp/…/campus…/access_higashi-osaka.html
<東大阪キャンパスの校舎配置図>
https://www.kindai.ac.jp/ab…/campus-guide/higashi-osaka.html

タイムテーブル
10:00 開会
10:00-10:30 趣旨説明(三木・中村・松井)
10:30-11:30 溝口元(立正大学社会福祉学部) 「パラダイムとアイデアあるいはアイデアと問題」
11:30-12:30 玉城絵美(早稲田大学理工学術院)「ヒューマンインタフェース分野におけるアイデア共有の枠組み(仮)」
12:30-13:30 昼食休憩
13:30-14:00 アイデアペーパーのフォーマット・査読規定草案提示(三木・中村・松井)
14:00-15:30 アイデアペーパーのフォーマット・査読規定について参加者との議論(コメンテーター 溝口元さん・玉城絵美さん)
15:30から16:00の間に閉会

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帰国準備雑感#02

2018-07-06 17:05:54 | 研究

帰国準備がスムースすぎて逆に疑心暗鬼になっていた今日この頃、ようやく待望の(?)レギュラーが発生しました。やっとブログに書くネタができました!

毎月の給料から積み立てている年金か退職金みたいなやつが、離職後に返ってくるのですが、金額を前もって知りたいので大学の会計課に電話しました。どうせ実際に離職しないと計算できないとかなんとか言い逃れされると思っていたので、そういう返答したら外国人に冷たいとかなんとか学長に文句の手紙を書くとかなんとかゴネようと思っていたのですが、予想をはるかに超え、このお金の計算や支給は、そもそも大学でも、さらには教育部や財政部等の省庁(行政院の下部組織)の管轄ですらなく、総督府直轄の「考試院」とのことで、打つ手無しでした(中華民国の組織図はこちら。中央研究院も載ってます)。考試院、何それ怖い。

 

まあ、それはもともと戻ってくるとも思っていなかったボーナスみたいなものなので(税金もかからない)、額はどうでもいいのですが、なんとその振り込みは、政府系金融機関(台湾銀行、第一なんちゃら銀行、合作なんちゃら金庫)のみとのこと。郵局が含まれてない! これらに口座がないと小切手で支給されるのでなんかそのあと手数料取られそうですよね。

 

というわけで、大学から20分くらい歩いたところの合作なんちゃら金庫にまず行ってみました(台湾銀行より緩いかと思って)。しかし、窓口で根掘り葉掘りいろいろ訊かれて難癖付けられて断られました(たぶん台湾大学教員ということを信じてもらえず・・・)。次にそこから歩いてすぐの台湾銀行に行きました。そしたら、なんで台湾大学に勤務しているのにこんな遠い支店に口座作るんだ、公館支店に行け、とまたまた不審がられ、リジェクト。もうあきらめかけたのですが、99.9%無理だと思いながら台湾銀行・公館支店に行ってみると職員証を見ることなく質問もなく不審がられることもなくとっても親切に対応してもらって口座を作ることができました。たぶん大学の隣なので外国人がよく来るんでしょうね。いろいろ遠くまで行ったのに灯台下暗しってやつですね。

めでめでたし。

そして、今日はアパートとオフィスを引き払いました。引越し代を実費で負担してくれる太っ腹の赴任先のおかげで、パッキングサービスも込みのクロネコヤマトの船便を利用し、5人も6人もスタップが押しかけてすごいスピードで搬出が済みました。アパートは9:30に始めて二時間、オフィスは昼休憩後13:00から始めて搬出自体は1時間半くらいで終了、保険の計算などで30分くらいかかって15:00頃終了。

明後日から日本でしばらく移地研究をした後7月の下旬に台湾に戻り7月31日に正式に台湾を経つ予定です。

 

 

 

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数理生態学は永遠に不滅です、って感じで。

2018-06-21 19:52:16 | 研究

もちろんポジショントークです。数理モデルもeDNAもやりたいです。

最近、数理モデル(Theoretical Dynamical Model:TDM 用語の解説はここ[冗談の分かる人だけ開いてね])のすの字も出てこない申請書や論文ばかり書いているので欲求不満でちょっとその反動で思うところをちょっと書きます。相反しますが私をただの数理屋だと思うなよ、ってのもあります。ちなみに最近、台湾の竹林でとった細菌と真菌のメタバーコーディングのデータ処理もめどがついてきました。何が言いたいかっていうと、時代遅れの数理生態学者の僻みだと思わんでくれ、ということです、ハイ。焦りはありますが。

前にも書いたんですが(ここ)、環境微生物DNAって、生態学の革命にはなりませんでしたよね。

環境微生物学でのデータ爆発が生態学者にはしっくり来ない理由は、めざすところの違いなのかもしれません。
環境微生物学は仮説駆動型の学問ではないかもしれない(発見駆動型かも?)ので、データが増えたからって、新種や新規遺伝子が見つからない限り革命にならない(実際、2000年以降、新種や新規遺伝子の発見によって革命が起きたので、環境微生物学的には大成功でしょう)。そして、検証すべき仮説のストックがたくさんあるわけではない。だから上の意味での新規性がないデータに関しては、綺麗なフルカラーの図とか描いたりして満足するしかない(結局のところ記載的で少なくとも群集生態学者にとっては面白くない)。しかもデータ量というよりも、極限環境に行って新種を単離してくる、とかのほうが劇的に生命進化の研究とか進みますよね。
 
一方、生態学では、特に群集生態学ではNature Eco Evoで論争を呼んだmust read 100 papersのリストを見ても分かるように、1960年代―70年代に仮説がビックバンでしたね。そのせいで検証されていない仮説が山積みなので、別に光合成できる昆虫とかネッシーとか発見されなくてもデータ爆発は仮説の検証の段階で革命となりますよね。そして定量化・予報のような応用方面でも革命を目指すということですね。これは夢の世界なんで、早く来てほしいです。

しかーし、山積みの仮説の在庫処分が終わったらどうすんの?ってことです。

もう3年前に書いたこと(ここ)の繰り返しになるけど・・・

何らかの目的があって(=つまり何らかの仮説・理論の影響下で)取ったデータから、新しい仮説なんで出てこないわけですよ。だいたい20世紀の革命的仮説で十分なデータ量に基づくのってどれですか? Lindemanのtrophic levelもmicrobial loopもGaiaもPlant-Soil-Feedbackも(データはあってもデータ量とは関係ない)妄想でしょ。だって写真にも写らないし手で触れることもできないし。

21世紀になったって仮説は妄想から。妄想を形にするのはなんてったって直接観察とTDM(EDMでも妄想ができるようになるといいんですけどね・・・)! というわけで蛍光顕微鏡ほしいです。またまた一貫性ないこと言いますが、あと自分もデータ爆発に参加したいんでspectrofluorometer(こんなんとか)買って、こんなんしたいです。

というわけでデータ爆発のスピードに追い越されないように、TDMで妄想力を鍛えて仮説爆発よもう一度! ただし、個体群・群集生態学以外でね(もしくは狭義の群集生態学でもまだ何か埋もれてますかね・・・)。

というわけで数理生態学(妄想系)は永遠に不滅(であってほしい)。みんな辞めないでね。

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帰国準備雑感#01

2018-04-13 19:14:54 | 研究

7月末で台湾大学を退職し、8月1日から日本国内の大学に異動することになりました。

ここ数ヶ月で起こったことをとりあえず思いつくままに、今後ときごき書き止めていこうと思います。どの国も大学もそうですがすぐにルールが変わるのでここに書いてある手続き上のことについては、たぶん後年台湾から日本に帰る人には全く役に立たないと思うのですが、あしからず。

ドキドキの報告

日本の大学から文書で内定通知書を受け取った後、現職地の所長やお世話になっている教員の方々、学生たちに報告しました。もちろんその後には日本国内でお世話になってきた人たちにも機会を見つけて報告してます。台湾の人たちに伝えるときには、大した貢献もすることなく去年夏の昇進により教授の肩書きだけもらって台湾をすぐに出ていくことに対して申し訳ない気分になりましたが、みなさん非常に喜んでくれてありがたい限りでした。「とってもいいニュースだけど研究所にとっては大きな損失だ」、みたいなリップサービスもいただいて大感謝でした。

退職願みたいな

挨拶回りをある程度済ませたのち、実際の退職の事務手続き等を始めることになったのですが、一応大学との無用なトラブルを避けて穏便に進めるために一筆書くこととなりました。これは学部長/学長宛の手紙で、提出前に所長や同僚に添削してもらいました。だいたい以下の感じです(これは他の方々の参考になるかもしれません)。ちなみにわたしより前に大学を異動した知り合いはこんな手紙は書かなかったそうです。いろいろタイミングがあるので一般性はないでしょう。「もう二度と台湾になんか来るか!」みたいな気分でない限り大学への不満とか書くのは恩知らずですし、そういうトラブルを起こすと今後外国人を採用したくない気分にさせて後進に迷惑ですからやめましょう。ちなみに現職の海洋研究所は私が去っても二人の外国人教員が居ます。すばらしい。

 

Dear (学部長/学長の名前):

I am writing this resignation letter to inform you that my last day at National Taiwan University will be (日付). The new appointment as a (職名) will start on (日付) at XXX University in Japan.

Working in NTU has been a wonderful experience. I could not ask for a better group of colleagues and environments for research and education. I have grown in many ways here and will always treasure the opportunities provided for me during my 10 years stay in NTU. I would appreciate if you could understand that my decision is not because I was looking for a better environment for science, but because of my personal reason. (ここに個人的理由の説明を挿入). I hope you can understand my resignation. I sincerely thank you and all the staff and professors in NTU for providing me a wonderful decade in NTU. I will also express my willingness to promote the collaboration in oceanographic research between Taiwan and Japan in the future.

If there is anything I can do to be of assistance during the transition, please let me know. Sincerely yours, 

名前、直筆サイン

これを退職届けのフォームと一緒に提出して事務手続きが開始されました。同時にいまMOSTに申請中のプロポーザルを辞退する連絡も入れました。幸い今もらっている研究費はちょうど7月末で切れるのでそれに関するややこしい手続きは(いまのところ)必要ありません。

久々の外国人扱い

まだいろいろ備品の整理とか、積み立てていた年金の払い戻し(これは出国前には申請できず[現職を退職しても台湾内で再就職し年金システムに留まる可能性を排除できないから]、出国後のみしかも10年以内にしか請求できない)とか、引っ越しの準備とか、いろいろあるわけですが、ひとつ想定外だったのが税金です。今回、台湾の外国人に対する所得税の制度に来台湾1年目と同様にひっかかり、今年の1月1日から12月31日までの台湾滞在日数が規定に満たない(見込み)のため、税率が18%に(いまはおおよそ5%)跳ね上がることでした。しかも1月以降低い税率ですでに振り込まれた給料(冬のボーナスも込みで)から遡って再計算されるので、結構なインパクトです。仕事量のエフォート下げたくなるくらいです。おそらくですが、年金の払い戻し分にもこの税率がかかるんでしょうね。現在、外国人専門職のビザ更新等の条件を好転させる法律ができたり審議中だったりするので近い将来変わるかもしれませんが、欲を言えば、単年度の滞在日数だけで計算するんじゃなくて勤続年数も考慮して税率を出して欲しいところです。この問題はいろいろな研究機関で外国人の教員や研究員の採用時に受け入れ側の頭を悩ませていることなので(余分な税率分を上乗せして給与を払うこともあるようです)、近いうちに解消されるといいですね。まあ、でも日本に比べれば税率は低いので私個人はネタにする以上の文句はありません。

気分が下がったり上がったり

さてさて、もうひとつ気分が下がる出来事がありまして、JSPSの帰国発展研究という枠の研究費の不採択通知です。これ、出す前から採択率の低いことはわかっていたので、まあ無理だろうとは思っていましたが、不採択になった時に自分がどんな気持ちになるかを全く想像できていませんでした。だもんで、実際不採択の字をウェブサイトで見つけた時、どんな気持ちになったかといえば、「この台湾での10年間の研究成果は全く取るに足らないものだ、との評価を受けたんだなあ、いやあ、この10年はなんだったんだろう」って感じです。もちろん申請書の評価はそういうことじゃないんですが、まあ、何日にか一回こんな気持ちが反芻されて2、3分の間、落ち込みます。それだけですが。

そんな嫌な気分になることがあっても、新天地での講義のシラバスを用意したり研究室紹介のパワポを作ったり、ルンルン気分でいる時間が長い今日この頃です。今学期は通常よりもたまたま授業数も少なく受講している学生も優秀なので自分の研究の時間がいつも以上にあり、やり残したことにある程度目処をつけたいと思っています。時間に余裕があるのは、職探しのための不毛な書類作りをしなくていいというのも大きいでしょう。代わりに研究費獲得のための申請書を何個も書くことになるのですが、これはむしろ好きなので問題ありません。低空飛行とはいえ10年の滞在の間にできた狭い人付き合いを最大限活用して日台間の共同研究のための研究費を是非とも獲得したいと思っています。リベンジです。

7月末に帰国しても、その数か月後の11月下旬には台日生態学ワークショップのために台湾にまた来る予定なので、深い感慨があるわけではありません。とはいってもやはり帰国が徐々に近づくにつれて、「この通りを歩くのは最後かもしれない」、「この祭日は今年で最後なんだな」、みたいな思いが心によぎる瞬間もあります。そもそも出歩くのも台湾の伝統的祭日にもあまり興味がないので実態を伴わない、感慨のための感慨なのですが、まあそんな感じです。台湾での食事の残りの回数も減っていくわけですから(そもそも人生での食事の残数も減っていきますが)、もう同じ店には2回と行かないでおこう、みたいな気分にもなるのですが、原来、探索するのがおっくうなので、週に二回とか同じ日本食のチェーン店(大安森林食堂)に行って、だし巻きと焼き魚食べてます。

不気味の谷?

台湾華語はまるっきりだめで恥ずかしい限りですが(現地の方にいま滞在何年目だ?って聞かれたら、いまだに三年って嘘つきます)、最近初めて、タクシーの運転手さんと会話のキャッチボールが何往復もできてうれしかったです。去ることが決まってからの方が勉強に身が入ってます。聞き取りも会話もてんでダメですが、2時間かければ300文字くらいの作文はどうにかできるようになりました(そもそも普通の作文なんて普段しないので構想を練るので1時間くらいかかりますが)。この前の宿題は、女友達と初めて海外旅行に行った女性が、旅行中にその相棒とそりが合わなかったことをぐだぐだ愚痴る、という手紙への返答を、女性という体で書く、という作文でした。知らんがな。

しかしやっぱり発音が下手なため、中心部からも観光地からも離れた辺鄙な場所では、外国人の話す中国語を一度も聞いたことのないような若い方にはまったく自分の言葉が通じません。今日なんて家のそばのカフェで、二十代初めの定員さんに「あったかいラテ、Mサイズ」が通じませんでした。市内中心部や観光地では、みなさんヘンテコな中国語を聞き慣れているのか、自分の中国語でも2回言えば大概通じます。自分の中国語が下手すぎることの怪我の功名というか教訓があるとすれば、外国人が話す現地語について、現地人は愛情をもって接しないといけないということでしょうか。日本に帰ったら、日本語を話してくれる日本語を母国語としないひとたちにもっと優しく接しようと思います。たぶん、このような感覚には日本在住の日本人は慣れていないですよね。英語コンプレックスがある国(日本とかドイツ)では、現地人は、片言の現地語で話しかけられた時よりも英語で話しかけられた時の方がびびってちゃんと対応するみたいなことがある気がします。同時に自分が学生の時の経験を思い出すと、当時、京都中心部で自転車に乗っていれば見るからに現地人に見えるのでよく外国人に呼び止められて道を聞かれましたが、ひとこと目から英語で話しかけられたら、あいさつくらい日本語で言えって思ってイラッとしてましたね。ここらへんはアンビバレントな感じで一概には言えませんね。あとは、たぶん少なくとも日本や台湾では、ほんとに片言のうちは現地人は褒めてくれますが、片言よりはしゃべれるがネイティブには聞こえないレベルに達すると邪険にされる可能性がでてくる感じでしょうか。こういう非線形な応答って面白いですよね。不気味の谷みたいな感じでしょうか。

自画自賛

さて、上の方で「この十年はなんだったんだろう」という気持ちに沈むこともちらっとあると書きましたが、それとは反対に台湾滞在中の成果を一つ一つ挙げていって自己肯定しようとする瞬間も何日かに一度定期的にやってきます。いまから数か月前、異動を控えた某教授の、現職地での研究教育成果について自画自賛するツイートを見るたび、私はモヤっとしていたのですが、想像力が全く足りていませんでした。まだ異動が差し迫っていないのでそういう直接的なツイートは自重していますがその気持ち、今ならよくわかります、ハイ。

というかもう自重できないので一つだけ自画自賛します!

多くの方のご支援とご指導により、台日ワークショップの成果を特集号としてEcological Researchに発行することができました。9編の論文中、7編について台湾の方がファーストまたはコレスポなので、この十年で双方向の対等な形での共同研究の足がかりができたと思って良いのではないでしょうか。また、琵琶湖賞受賞論文、データペーパ、メタンの総説(2017論文賞)と全体の総説論文の4編はオープンアクセスです。以下は、全体の紹介文です。今後私の関係ないところでますますネットワークが拡大していくこと間違い無しです。

Establishment of an ecological research network involving Taiwan and Japan: developing a better understanding of ecological phenomena unique to East Asia


乞うご期待

ほんとはこの先何もトラブルなく引き払いたいのは山々ですが、同時にまだ何か想定外のことが起こるんじゃないかとドキドキしています。それはそれでブログに書くネタができて楽しいので、どっちに転んでも文句はありません。

村上春樹

最後に何の脈絡もなく話題を急転換しますが、今日の夕方久しぶりの村上先生の小説を読んでいて、以下のような文章を見つけました。こういう全く意味のないたった2−30文字の連なりで読み手の気持ちを動かすのってすごいなっと感心しました。縮約してるんでしょうか。今日のブログを書こうと思ったのは確実にこれのせいです。


(机の上には)「もちろんワードプロセッサーがある。ひとつのキーが、ひとつの文字を示している。」

 

なんじゃそりゃ、、、将来もしもSF小説を書く機会があったら、巻頭の引用文みたいなところに使いたいです、、、だもんで、オリオンビール飲んで緯来日本台でドラマ(99.9%不可能的翻案)観て寝ます。

 

 

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エコプレート統計論文と多変量解析チュートリアル

2018-01-12 11:50:48 | 研究

最近、論文が発表できました。

T Miki, T Yokokawa, P-J Ke, I-F Hsieh, C-h Hsieh, T Kume, K Yoneya, K Matsui (2018) Statistical recipe for quantifying microbial functional diversity from EcoPlate metabolic profiling. Ecological Research (published online) https://doi.org/10.1007/s11284-017-1554-0

また、エコプレートのデータを題材に、基本的な多変量解析のチュートリアルをウェブで公開しています。主要部分は日英両方あります。Rのインストールから懇切丁寧に解説しているので、Rに始めて触れる4年生とか大学院生などに使っていただければと思います。

「R環境の準備」→「講義資料(R入門)」→「講義資料(EcoPlate解析)」の順に見ていただければと思います。生データだけが非公開なのでそれは個別に送ります。

https://sites.google.com/view/cer-ecoplate/

 

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Neuglobsow2017 10週目

2017-08-26 17:15:39 | 研究

08/21 (Mon)

前日に銀行口座の残金のあらかたをオンラインで日本で送ったが、そのあと時間差で数日前のデビッドの請求が来て残高が足りなくなる。そこで入金に行くとATMが故障中。しかしこれが怪我の功名で職員に話しかけたら偶然英語がぺらぺらの人でマニュアルの入金手続きのあとに、口座解約のためのアポが取れた。

08/22 (Tue)

急に10度近くまで下がってヒーター解禁。Surface Pro 3の充電機能がおかしくなって立ち上がらない。無事に10分くらいで口座解約手続きも終了。月末まで維持してもらう設定にした。

08/23 (Wed)

郵便局に荷物を持っていく。片言のドイツ語でも大体通じた。102ユーロ弱。窓口の人もやさしく簡単な端午使ってくれたし。研究所で最後の打ち合わせ。

08/24 (Thu)

最終日になって、機能の打ち合わせを受けて再解析したら、OTUからのメタゲノム予測解析が実はうまくいっていないことを発見。これから2週間くらいで解決したい。公募と論文をひとつずつ投稿して全部終わりです。16:00からラインズベルグのEdekaまでいってごま油とか野菜とかかってゲストハウスで餃子パーティー。本場中国のスタイルで皮から作って17:30から準備して食べ始めたのは20:30くらい?。食べて飲んで日中台歴史問題も率直に語って12時に帰る。

08/25 (Fri) 朝オーナーに来るまで最寄り駅まで送ってもらってドイツともお別れ

チャイナエアライン、機体がきれい、サービスがいい(スリッパとかついてる)。3人がけの真ん中に人が偶然いなかった。

08/26 (Sat) 日付が変わってお昼に台北到着。疲れたのでタクシー。あついあついあつい。

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