Windows APIを機能毎にIndexしたページが、
MSDNに公開されているそうです。
MSDNに「Windows APIリスト」が登場 - ありそうでなかったAPI索引機能(マイコミジャーナル) - goo ニュース
よく使うAPIをまとめたものみたいですね。
Windows Embedded 版は・・・ないです（笑）。
CEでは×××がサポートされませんみたいな記述はあるんですけどね・・・。
例えばCEでサポートされているMFCの関数一覧とかあると、
お客さんに説明しやすいんですがね・・・。
以下のページに少しまとめられているっぽいんですけど、
リンク先はスマートデバイス用じゃなくて、
デスクトップ向けOSのAPIのページだったり（笑）。
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/s054yys1(v=vs.90).aspx