Sweave-7

<<>>= の中に書けるもの

engine　　文字列（R）　　engine=R か engine=S のコードチャンクのみ処理される。
echo　　論理値（TRUE）　　R/S コードを出力ファイルに含めるかどうか。
keep.source　　論理値（FALSE）　　R/S コードがエコーされるとき，TRUE ならば書いたままのコードがコピーされ，FALSE ならば deparse されたコード（演算子の前後などに適切に空白を入れたコード）がエコーされる。
eval　　論理値（TRUE）　　コードチャンクを評価するかどうか。評価しないと言うことは結果も図も作成されないと言うこと。
results　　文字列（verbatim）　　verbatim なら R/S 関数の出力は \verbatim 環境に似た環境の下に出力される。tex なら LaTeX の文法に従うものとしてそのまま取り込まれる。hide なら実行はされるがすべての出力は抑制される。
print　　論理値（FALSE）　　TRUE の場合はすべての式は print 関数でラップされてから評価される。このようにすれば，全ての式の結果は見えるようになるからだ。
term　　論理値（TRUE）　　TRUE の場合は，値の見え方が通常の対話 R セッションと同じになる。すなわち，代入の結果は表示されず，オブジェクト名の場合は値が表示される。false の場合には明示的に print 関数や cat 関数を使わない限り表示されない。
split　　論理値（FALSE）　　TRUE の場合は，それぞれのコードチャンクのテキスト出力は別々のファイルに書き込まれる。
strip.white　　論理値（FALSE）　　TRUE の場合は出力の前と後の空白行が取り除かれる。all の場合は，全ての空白行が取り除かれる。
prefix　　論理値（TRUE）　　生成される画像とテキスト出力のファイル名が共通になる。
prefix.string　　文字列　　ファイル名のデフォルトは '*.(Rnw|Snw)' の拡張子を除いた部分。
include　　論理値（TRUE）　　テキスト出力の \input，グラフ出力の \includegraphics を自動生成するかどうか。別の場所に自分で挿入したいような場合には include=FALSE とする。
fig　　論理値（FALSE）　　コードチャンクがグラフ出力をするかどうか。
eps　　論理値（FALSE）　　eps 形式のグラフィックファイルを出力するかどうか。
pdf　　論理値（TRUE）　　pdf 形式のグラフィックファイルを出力するかどうか。
pdf.version　　pdf のバージョンをセットする。デフォルトは pdf.options() で取られる。
pdf.encoding　　pdf のエンコーディングをセットする。デフォルトは pdf.options() で取られる。
png　　論理値（FALSE）　　png 形式のグラフィックファイルを出力するかどうか。R ≧ 2.13.0 で有効。
jpeg　　論理値（FALSE）　　jpeg 形式のグラフィックファイルを出力するかどうか。R ≧ 2.13.0 で有効。
grdevice　　（NULL）　　R ≧ 2.13.0 で有効。
width　　数値（6）　　図の横幅（インチ単位）
height　　数値（6）　　図の高さ（インチ単位）
resolution　　数値（300）　　インチあたりのピクセル数（png, jpeg でのみ）　　
concordance　　論理値（FALSE）
figs.only　　論理値（TRUE）　　

Sweave-6

Sweave-2 に書いたラッパーの最後で，platex と dvipdfmx を起動してやれば，最終の pdf ファイルができるはず。
拡張子を .Rnw にも対応させることも含め，現在のラッパーは以下の如し。

ms <- function(file, encoding="euc-jp", encoding2="euc")
{
    Sweave(file, encoding=encoding)
    file <- sub(".(R|S)nw", ".tex", file)
    con <- file(file, open="r", encoding="euc-jp")
    x <- readLines(con)
    close(con)
    bb <- sum(grepl("mediabb", x))
    con <- file(file, open="w", encoding="euc-jp")
    sapply(x, function(y) {
        if (bb == 0 && grepl("begin{document}", y, fixed=TRUE)) {
            cat("\\usepackage{mediabb}\n", file=con, append=TRUE)
        }
        if (grepl("includegraphics", y)) {
            y <- sub("}", ".pdf}\n", y)
        }
        cat(sprintf("%s\n", y), file=con, append=TRUE)
    })
    close(con)
    system(sprintf("/Applications/UpTeX.app/teTeX/bin/platex -kanji=%s %s", encoding2, file))
    system(sprintf("/Applications/UpTeX.app/teTeX/bin/dvipdfmx %s", sub(".tex", ".dvi", file)))
}

Sweave-5

表は以下のようにする。

<<>>=
library(xtable)
@

<<>>=
d <- data.frame(i=1:5, x=rnorm(5), s=month.name[1:5])
print(xtable(d, caption="foo bar baz", label="tab1", digits=c(0, 0, 5, 0)), table.placement="htbp", caption.placement="top", include.rownames=FALSE)
@

フロートになる。

\begin{table}[htbp]
\begin{center}
\caption{foo bar baz}
\label{tab1}
\begin{tabular}{rrl}
  \hline
i & x & s \\
  \hline
 1 & 2.14673 & January \\
  2 & 1.41907 & February \\
  3 & 0.21646 & March \\
  4 & 1.60816 & April \\
  5 & 2.30823 & May \\
   \hline
\end{tabular}
\end{center}
\end{table}

print メソッド（print.table）を使用すれば，xtable をそのまま使ったのでは制御できないオプション指定ができる。

<<>>=
library(xtable)
@

<<>>=
ans <- lm(Sepal.Width ~ Sepal.Length + Petal.Width + Petal.Length, data=iris)
@
<<>>=
xtable(ans, caption="重回帰分析の結果", label="lab1")
@

<<>>=
print(xtable(ans, caption="重回帰分析の結果2", label="lab2"), table.placement="htbp", caption.placement="top")
@

Sweave-4

\usepackage{ctable} があると，\includegraphics{foo} の拡張子が補われない件は，ctable.sty の28行目にある

\RequirePackage{color,keyval,array,tabularx,booktabs,rotating}

の color に問題があるようだ。color を省くと問題なくタイプセットができる。もう少し，原因を絞ろう。

\RequirePackage{keyval,array,tabularx,booktabs,rotating}

=======

どうも，color.sty というのは，

　　　　\RequirePackage{color}

　　　　と書いておけば色に関するコマンドが使えます.

　　　　ただし, dvi ウエアによってはオプションをつけて

　　　　\RequirePackage[dvips]{color} や \RequirePackage[dviout]{color} 等と

　　　　する必要があります.

という記述があることころを見ると，dvipdfmとは相容れないのかなあと思います。

まあ，色を使う必要はないので，どうしても ctable を使わなければならないときには，上記の行から color を省いた color2.sty でも使いますかね？

もっとも，Sweave-2 に書いたラッパーを使えばよいわけだけど。

Sweave-3

図をフロートにするのは以下のようにする。

<<foo, include=false>>=
図を描く
@

\begin{figure}
    \begin{center}
<<fig=true, echo=false>>=
<<foo>>
@
    \end{center}
    \caption{bar baz}
    \label{boo}
\end{figure}

当然のことだが，図を描くコードを示す必要がないなら以下でよい。

\begin{figure}
    \begin{center}
<<fig=true, echo=false>>=
図を描く
@
    \end{center}
    \caption{bar baz}
    \label{boo}
\end{figure}

 

Sweave-2

ラッパー関数を作った

2011/910/13 版
texi2pdf にならい，Rerun to get ... が出なくなるまで複数回タイプセットを繰り返すようにした

ms <- function(file, encoding="euc-jp")
{
    read.lines <- function(file, encoding)
    {
        con <- file(file, open="r", encoding=encoding)
        x <- readLines(con)
        close(con)
        return(x)       
    }
    Sweave(file, encoding=encoding)
    file <- sub(".(R|S)nw", ".tex", file)
    x <- read.lines(file, encoding=encoding)
    bb <- sum(grepl("mediabb", x))
    con <- file(file, open="w", encoding=encoding)
    sapply(x, function(y) {
        if (bb == 0 && grepl("begin{document}", y, fixed=TRUE)) {
            cat("\\usepackage{mediabb}\n", file=con, append=TRUE)
        }
        if (grepl("includegraphics", y) && !grepl("(.jpg|.JPG|.png|.PNG)", y)) {
            y <- sub("}", ".pdf}\n", y)
        }
        cat(sprintf("%s\n", y), file=con, append=TRUE)
    })
    close(con)
    repeat {
        system(sprintf("/Applications/UpTeX.app/teTeX/bin/platex -kanji=euc %s", file))
        log <- read.lines(sub(".tex", ".log", file), encoding)
        if (sum(grepl("Rerun to get", log)) == 0) break
    }
    system(sprintf("/Applications/UpTeX.app/teTeX/bin/dvipdfmx %s", sub(".tex", ".dvi", file)))
}

旧版

ms <- function(file, encoding="euc-jp")
{
    Sweave(file, encoding=encoding)
    file <- sub(".(R|S)nw", ".tex", file)
    con <- file(file, open="r", encoding="euc-jp")
    x <- readLines(con)
    close(con)
    bb <- sum(grepl("mediabb", x))
    con <- file(file, open="w", encoding="euc-jp")
    sapply(x, function(y) {
        if (bb == 0 && grepl("begin{document}", y, fixed=TRUE)) {
            cat("\\usepackage{mediabb}\n", file=con, append=TRUE)
        }
        if (grepl("includegraphics", y)) {
            y <- sub("}", ".pdf}\n", y)
        }
        cat(sprintf("%s\n", y), file=con, append=TRUE)
    })
    close(con)
}
ms("sweave.Snw")

Sweave

1. Sweave で作成される tex 内で，\includegraphics{ } で指定される画像ファイルの指定には，拡張子がつかない。
\usepackage[dvipdfm]{graphicx} を使うと，自動的に .pdf が補われるということだけど，補われない。

\usepackage{ctable} があるとこのようになるようだ。

2. バウンディング・ボックスを ebb で用意しなくても，\usepackage{mediabb} を使えばよい。

3. コメントを残すためには，\SweaveOpts{keep.source=TRUE} を使う。