自衛隊とは国防を主な任務とする組織である。陸・海・空の3つの組織から構成されている。
パトレイバー内では警察と仲が悪く、友好的とは言えない関係である。TV版と後期OVAのパトレイバー内では、陸上自衛隊がよく登場する。
軍用レイバーを保有しており、空挺レイバー隊などがある。
ＴＶアニメでは、「Ｘ－10」という人工知能を搭載したレイバーを開発しており、それを暴走させてしまうなどの事件を起こしている。
自衛隊関係者で特車二課と関係が深いのは、南雲隊長と知り合いの不破二尉である。
レイバーにかける予算は自衛隊のほうが多いらしく、不破二尉が泉野明をスカウトした際にレイバーの訓練や施設、待遇などが充実している点をアピールしていた。
