大学あるいは専門学校については、最終学歴となる場合が多いので、選択肢としては二種類の考え方があります。
1.漫画家一筋。他の道は一切考えない。
そもそも大学や専門学校に行く必要自体あまりないです。
漫画家は自営業で完全に学歴不問なので中卒でも高卒でも関係ないです。
が、他に書いたように、漫画家には知識や経験が必要ですので、学校に行きいろいろなことを学んだりいろいろな人に出会うことはとても大切だと思います。
なので、純粋に自分が行ってみたい学校に進むといいと思います。
学校に進まず各種いろいろなバイトを経験したり、アシスタントに入って漫画修業に明け暮れたり、世界中あちこちフラフラしてみたりするのもいいでしょう。
漫画家として成功しなかったら、人生大変なことになるリスクはありますが、元々漫画家なんてリスクの高い職業なので、本気で漫画家を目指すなら、どこかでそのリスクをとらざるを得ません。どうせなら若いうちにリスクをとっておくというのも考え方の一つです。
年取ってからのリスクは真剣に人生どうにもならなくなる可能性がありますので。
ただ、「漫画家一本に絞るから進学・就職しない」という選択肢をとる場合、「卒業までにある程度結果（デビューなど）を出している」というのが最低条件です。
そうじゃない人は、漫画家一本に絞るのは大変危険です。
詳しくは「高校を卒業するまでに漫画を完成させたことがない人の進路」の項を見てください。
2.万一漫画家になれなかった場合のことも考えておきたい。
「就職時に学歴として使える学校」あるいは「確実に食っていけるような資格がとれる学校」を選ぶことが大事です。
もし、「漫画家になれなかったらこの職業に」という職業が決まってるなら、その職業に就くのに有利な大学や学科を選ぶといいでしょう。
特に決まってないなら、とりあえず国公立大や有名私学等「高学歴」となるような大学もいいでしょう。
「そんな難しい大学は無理だ」という場合は、自分の学力で行ける範囲内で、漫画以外に興味がある専門分野を選び、そこについて学べる大学を選ぶといいでしょう。
漫画以外の専門知識は漫画家になるにあたって武器になります。皆さんもいろいろな専門知識を詰め込んだ漫画を読んだことがあるでしょう。
看護師、薬剤師など、常に需要がありそれだけで食べていけるような資格がとれる大学もいいでしょう。
経済的な理由で大学が無理ならば、その業界ではそれなりに有用な専門学校（専門学校は就職は全般的に厳しいです・・・業界によっては専門学校自体ほとんど意味がないので注意しましょう。）などを検討するとよいでしょう。
あ、漫画・イラスト関係の専門や学科はやめといた方がいいと思います。ここに詳しく書いてます。
ただ、考えなければならないのは「漫画を描く時間がとれるかどうか」です。
実習系の大学は課題や研究が忙しく、肝心の漫画を描けない可能性が出てきますので・・・。
