自分はそれ程大きなHPは持ってませんが、サイト転送はよく使います。ただ自分が感じているのは、チョットだけの変更でも、全てのファイルが送られているようです。山行きのデータと花のデータのHPが有るんですが、花の方は面倒なので殆ど変更はしていません。
でも転送の都度、花の方も送られてるようです。変更無い部分は送らなく良いように感じてますが、どうでしょうか？
上のサイトではhpbをIBMのソフトと書いてますが、Ver12だったでしょうか？その辺りからだったでしょうか、ハッキリしませんが、今現在はジャストシステムが販売してます。
背景が秋色に変わりましたね。。（＾－＾）
ホームページビルダーはＭＳ－DOS時代には使って居た
ことがありますが
今は、FFFTP（フリーソフト）を使って居ますので
ホームページビルダーの事はよく解りませんが、
FFFTP（フリーソフト）では自分の変更したファイル
のみ送信とか写真のみを追加送信することができます。
ただ、どのファイルを変更したのか覚えておかない
といけないという面倒くささはありますが。。 （＾－＾;;
色んなことが出来るhpbなので、もしかしたらオプションで選択することが出来たり済ますか？チョコッとの変更でも、全て送るのは、時間の無駄のようにも思いますが、間違いが無いのは全て送った方かも知れません。
余り大きなHPは前はなかったんで、余り気にしてませんでしたが、ある程度大きいと、時間の無駄ですので、今後は変更が有ったファイルのみ転送します。(^0^)