Neuglobsow2016第七週

8月1日（月）ー8月7日（日）

着々とドイツでの研究を進めるとともに執筆中の原稿のリザルトまでまとめて共著者からコメントをもらった。

時系列でのバクテリア群集の機能組成の編成を追跡したいが、全サンプルでメタゲノムをとることはできないので、バクテリアの群集組成(16S rRNA gene)から機能遺伝子の組成を予測したい（KEGGオーソログリストがほしい）。予測のためのツールが３つ（PICRUSt, Tax4Fun, paprica）、そのうちPICRUStは更新されていないようだし,インストール時にライブラリーのバージョン違いでうまくいかないし、Silvaの分類フォーマットを受け入れてくれないので使うのをあきらめて、残り二つの性能を比較する必要がある。そのために群集組成と同時にメタゲノム組成を取ってるサブサンプルと照合してどっちがいいか決めている最中。papricaは共同研究者にやってもらっている。papricaはOTUごとの機能遺伝子組成を予測してくれるけど、Rで動くTax4Funは全OTUまとめての予測しか返してくれない。ひとつのOTUだけをTax4Funに入れてもエラーになるので、ダミーのOTU（個体数0）を用意して形式上2OTUからなる群集をインプットにしたらうまくいく。

日曜日はベルリンに滞在。アレト ホテル クダム（aletto Hotel Kudamm） は安くて部屋もきれいで朝食もおいしい。難点は冷蔵庫や湯沸かし器がない、ホテル敷地内にバスケットゴールがあって夜でも人が遊んでいて若干うるさい。