Gephiで家系図

毎月、月末になると振り返りみたいなのをやっているんですが、今月、というか今年はなんかダメですね笑

 

カンキツの接ぎ木も毎年はなんてことなくうまくいっているにもかかわらず今年は成功率2割以下

今年発芽した変異体もほとんど枯らしてしまっています

植物はシーズンを逃すと一年間待たないといけないのがしんどいですね、、

パソコンなんかいじってないでもっと僕たちのことかまってよ～という声が聞こえてきそうです笑

 

さて、そうはいいつつ、最近パソコンにハマっているのは確かで、今日はずっとやりたかったGephiでの家系図づくりをしました。

Gephiというのはネットワークをうまいこと視覚化してくれるソフトで、

ネットワークで中心になっているものを強調してくれたりする機能がついています。

ずっとこのGephiを使ってカンキツの家系図を作ってみたかったのですが、日本語で書かれた説明書がなかったので躊躇していました。

院試の関係で英語もだいぶ慣れてきたので今回やっとのことで作ってみました

ひとまずお試しで作っただけなので、かなり系統関係にはミスがあると思いますし、

全然品種数が少ないですが、徐々に直していこうと思うのであまり気にしないでください。

 

系統関係の近い品種同士をなるべく近くに配置しています。

こう見るとやはり清見、アンコール、ポンカンあたりが良く親に使われていることがわかりますね

 

まだまだ機能が加えられそうなので、系統関係のミスを直しつつ、もっと見やすいグラフを目指していきます♪

 

系統関係参考元↓

清見ファミリー系譜図 - 家の庭で品種改良！ (goo.ne.jp)

楕円フーリエ変換など

いよいよ暑くなってきましたね、、

天気がいい日は部屋の植物をベランダに出してから大学に行っているんですが、

日差しが強く、今日は帰ってくる頃にはカピカピに土が乾燥してしまいました…汗

 

さて、最近やたらAIという言葉がテレビを飛び交っています。

AIという言葉時代はかなり昔からあり、今に始まったことでは決してないわけですが、かなりその存在が身近になってきたように感じます。

育種もその例外ではなく、様々なところでAIを用いた育種というのが試みられています。育種は経験がものをいう世界であるため、AIに対してはいろいろな意見があるわけですが、私はどちらも体験しておいた方が良いだろうという立場から一応AIの方も少し勉強しています。

今日は葉や実の輪郭を抽出して、それを楕円フーリエ変換を用いて数式で再現するということをやったので、記録がてら載せておこうと思います。ちなみに言語はPythonを使いました。

 

・輪郭の抽出 (まだうまくいっていない)

pythonのOpenCVをつかって実行

Cannyと呼ばれる手法を使っていますが、うまく輪郭が取れていません。

手法だけでなく画像の質も見直さないといけないですね、、、

 

・楕円フーリエ変換で再現

輪郭がうまく抽出できなかったので、手で書いた葉の輪郭の再現を試みました。

つかったライブラリはskimageとnumpyです。

 

↓再現に用いた手書きの葉の輪郭

 

これを再現したのが下の図です。

青が単純にプロットしたもの、オレンジが楕円フーリエ変換を用いて再現したもの。

簡単にいうと波の重ね合わせで表現したものがオレンジになります。

波は波長といった定量的な値で表現することができるので、こっちの品種の葉の形はちょっと丸みを帯びているとか、ちょっとギザギザしている、というような違いを定量的に比較することができるようになるわけです。

重ね合わせる波の数は多ければ多いほど正確に再現できるわけですが、その分計算量やデータ数が多くなってしまいます。

この3枚の写真は波の重ね合わせる数が違い、上から2つ、5つ、10つとなっています。

10っも重ねればほとんどきれいに再現できていますね。

 

あとは重ね合わせた波の情報を使えば葉の形の比較ができるわけですが、まだその情報をどう引っ張り出すかが分かっていないのでそれは次の課題ですね。あとは輪郭の抽出。色々試してもう少しまともに輪郭を取れるようにしたいですね。

アブラナ科植物 F1世代

4年生になり2か月ほど経ちました

理論系の研究室なので、ウェットな研究室と違って実際に手を動かして技術を学んでいくことはむしろ少ないく、理論を勉強したりコンピュータをいじったりという日々を送っています。

研究室に入ると教授や先輩方との距離が一気に近くなりますが、それが本当にいい刺激になっています。昨日もアメリカの大学院に進学されたOBの方が顔を出してくれましたが、第一線での研究の話は本当に刺激的でした。

第一線の話は刺激的なだけでなく、いま勉強していることがどう最新研究とつながってくるのか、を示してくれるためとても有意義だなと最近よく感じます。育種の現場ではいまどのようなことが問題となっているのか、ホットな話題なのか、もっと積極的に知りにいかなければならないなと改めて感じた一日でした。

 

さて、5月はカンキツの交配シーズンですが、同時にアブラナ科の種子が取れる時期でもあります！

春先に交配した組み合わせからも種が取れてきました！

あまり交配数を増やしても栽培できなくなってしまうだけだ、とわかりつつも色々交配していしまいました笑

 

取った種のうちいくつかは世代促進を進めるため早速種をまきました。

二酸化炭素や蕾受粉で自殖を進めて固定を図ります。

F1だけあってさすが成長が早いですね。

今後が楽しみです♪

 

 

 

矮性ゲッキツ実生 早くも蕾が…！！！

ミカンの親戚である矮性ゲッキツ、冬に種をまき、育てていましたが、

なんと発芽して半年もたたないうちに花芽を形成しました！！！

(先端に見える小さいポチが蕾)

 

いわゆるみかんは発芽してから実がつくまでの期間(幼若期)がとても長く、自然状態では10年ほどたっても実がつかないとも言われています。

にもかかわらずその親戚であるゲッキツは半年で開花…！驚異の早さです笑

 

こういうことがあるから植物はやめられないですね～笑

今後も楽しみです♪

近況報告

ここ最近、急に暑くなってきましたね、、

先日、院試用にTOEFLibtを受けてきたんですが、思いのほか点数が良く少し余裕のあるGWを過ごしています笑

植物の世話は最低限しか行っていませんでしたが、みかんの交配やらアブラナ科の採取やら色々やることがたまっていて、ちょっと焦ってきました笑　GW中にどうにかしなければ、、

 

カンキツは裏表が激しいですが今年は全体的に程よく咲いていますね。

去年は品種によって開花期がずれ、なかなか思うように交配ができませんでしたが今年はかなり揃いました。

いい感じです♪

(シキキツ)

 

(あすみ)

 

 

交配させていたアブラナ科の種も無事採種完了です。

ひとまずがんがん世代促進して固定していきます。

 

雲仙こぶ高菜は相変わらず雑草のように生えてます笑

こぶ高菜だけだとつまらないので、今年は子持ち高菜を新しく植えてみました。

勝手に交雑して面白いのができたりしないかな笑

 

その他もろもろも元気に成長しています。

(ブドウ：ネヘレスコール)

(キウイ：紅妃)

(ポポー)

 

収穫の秋が楽しみです♪