生物情報学（５）－分子系統樹を書く

　かなり間が開いてしまいましたが、生物情報学です。
　いままでで、DNAからたんぱく質の立体構造までの流れを書きました。
　今回は、応用っぽいことで、「分子系統樹」という、生物の進化を分子の観点から見たものを書きます。

　利用するソフトはClustalXです。

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■インストールなど

　まずこれを
　ここ　ftp://ftp-igbmc.u-strasbg.fr/pub/ClustalX/
　（FTP)から、
clustalx1.83.zip
をダウンロードします(注意：似たようなもの、XPというのがありますが、それは違います）。

　そしたら、ZIPを解凍してください。

　そしたら、次は、系統樹をつくる対象となる、FASTA形式のDNAシーケンスを集めます。
　そして、あつめたものを、テキストファイルに書きます（ふくすうのものを１つにまとめて書く？）
　FASTAの場合、先頭に　＞　の半角を書くみたいです。

　ここまでは出来たとします。

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■使い方

（１）ClustalX.exeを起動します
（２）File→Load Sequenceで、「■インストールなど」で作ったテキスト（FASTA 形式)を読み込みます。
（３）アライメントする
　　　Alignment→Do Complete Alienmentを選択、なんかダイアログでたら「ALIGN」をクリック
　　　結果、アライメントされる

（４）Trees→Correct For Multipul substitutionを選択
　　　（すると、２度目、Treeメニューを開くとチェックがつく）
（５）Trees→Draw N-J treeを選択。ダイアログが出たらOKをクリックすると
　　　起動したフォルダに、読み込みファイル名.ph（つまり、拡張子が.ph)
　　　のファイルが書き出される。
　　　(それ以外のファイルも書き出されますが、いまは.phのみ使います）

（６）ダウンロードしてきたファイルに、njplotWIN95.exeっていうのがあります。
　　　WindowsXPをつかっているのですが、まあ、それは気にせず、その
　　　njplotWIN95.exeを実行します。
　　　　Tree　Files not Foundとかのメッセージがでますけど、無視してOK
　　　すると、立ち上がります。

（７）そのnjplotWIN95のFile→Openで、（５）で書き出した .ph　ファイルを
　　　指定すると、分子系統樹を下に書き出します。

（８）DisplayのBranch lengthをチェックすると、長さ（距離）が表示されます。

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今回は、ここまで