あります。
お味噌（酢、醤油、お酒）などの醗酵食品は温度管理がプロの仕事であり、そこに各蔵元の醸造哲学が存在しています。
温醸方式→機械などで温度管理を積極的に管理し、製造期間が短く、一年中、量産体制がとれ、大量生産が可能です。
即醸法（そくじょうほう）、速醸方法（そくじょうほうほう）とも似た意味で使われます。
また、消費者様にいつでも、どこでも、廉価な価格で商品を提供できる特徴があります。
また、市場の動きに対応しやすいのも利点です。
天然醸造→仕込んだ後、自然の醗酵速度に任せて、人為的な加熱、添加物は加えないのが特徴です。
大量生産には不向きす。
お値段も温醸の商品と比べるとお高めの設定になりがちです。
しかし、味噌本来の風味と香りがあります。
味噌に力があるため、ぐつぐつ煮る煮込み料理やとん汁などの時に、味がダレることなく、素材と料理を引き立てます。 
冷めた味噌汁にも、温かい時の味噌汁とはまた違う旨味と辛味を醸しだせるのが特徴です。
夏なんかに冷やし味噌汁として飲んでもおいしいです。
主観的な意見になりますが、温醸と天然醸造の違いは冷たい味噌汁のときに差がはっきりとでます。
本物志向、健康志向、マクロビアンの方にお勧めのお味噌は天然醸造のお味噌といえるのではないでしょうか？
