とねスパコン： ただいま勉強中

その後「とねスパコン」はサーバーホストにOSを再インストールし、SCoreのバイナリ・ファイルをRPMファイルからインストールしなおして実行環境を整えた。やはりLinuxはEasy Installation Toolのような全自動ツールに任せるのではなく、自分でコマンドを打ちながらひとつひとつ設定ファイルを確認しながら進めるのがいちばんだ。何度もやり直したおかげで、手順はすっかり覚えてしまった。（笑）

最初からバイナリの実行形式で提供されているデモファイルもキャラクタ・モードのものについては動作確認が終わったが、マンデルブロート集合のようなXウィンドウ環境を使ったグラフィカルなものについてはまだうまくいっていない。

デモプログラムをソースからコンパイルしようといくつか試してみたが、「Hello World」のような簡単なものはうまくいったが肝心の「２次元ラプラス方程式」のデモはコンパイルはできたものの実行時にエラーがでてしまう。

なんとか解決しようと「Linuxで並列処理をしよう―SCore Version6で作るスーパーコンピュータ」とPC Cluster Consotiumのドキュメントページを読みながら勉強を続けているところだ。最近は日常の雑事が多く限られた時間で試行錯誤しているので少しずつ前進といったところ。この本は初心者向けにすべてをていねいに説明しているわけではなく、不足している情報があるような気がしている。（アマゾンのレビューにもそのようなことが書かれている。）ＨＰのほうの説明やドキュメントと併せて読むと疑問が解決することがしばしばだ。

この本で紹介されている並列処理はMPI環境とOmni OpenMPという２つだ。プログラムを多数のコンピュータで実行させるためには、通常のシングルコアのプログラムではだめで、並列処理を前提としたプログラムに書き換える必要がある。MPI環境のほうがプログラムが難しく、Omni OpenMPのほうが簡単そうだ。後者は既にできているプログラムに#pragmaではじまるコンパイラ・ディレクティブを挿入するだけだからだ。簡単なぶん動作速度はMPI環境で動くソフトより一般的に遅くなる。

「ラプラス方程式」のように計算時間のかかる物理計算は、非常に大きなサイズの行列（マトリックス）を使った演算が多い。並列計算機はこのような計算に威力を発揮する。行列の要素を部分に分けてそれぞれの計算ホストに分散させて計算させるからだ。

そうこうしているうちに、新しいバージョンのSCore環境がリリースされそうだ。僕がインストールしたのはCentOS 4.4ベースのSore6だが、PC Cluster Consotiumのページには最新のCentOS 5.2ベースのSCore7のベータ版がリリースされている。ただしこれは64ビット版なので、僕の32ビットPCでは使えない。32ビット版のRPMインストール版がリリースされてから切り替えることにする。スパコンははやく最新のOS上で動かしてみたいものだ。

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関連リンク：

PCクラスタコンソーシアム
http://www.pccluster.org/ja/

スーパーコンピュータを作っちゃおう！！
https://blog.goo.ne.jp/ktonegaw/e/a459cbb7134ac8e60712c34cd4aa6ec1

「とねスパコン計画」始動！
https://blog.goo.ne.jp/ktonegaw/e/6c3ba74a3e5857a2b3175ada040c1fc3

とねスパコン： CentOS 4.4のインストール
https://blog.goo.ne.jp/ktonegaw/e/7deee95a5d0091e0498b5799253754a9

とねスパコン： 動作確認
https://blog.goo.ne.jp/ktonegaw/e/30cce68087191b8064af21b8cbf80645

計算物理学のリンク集
https://blog.goo.ne.jp/ktonegaw/e/1ccf9ab03075931b1a923e4a01271df4

究極の物理シミュレーション
https://blog.goo.ne.jp/ktonegaw/e/12cede0cb34c3b0cff05a6df66d61227