当然対抗が肯定される場合の法律関係

クロスライセンス契約の存在を考えると、契約関係の全部又は一部が移転すると解するのは無理がありますね。契約とは切り離して、単に、実施権が対抗できるだけと解する他ないと思います。勿論、無償で対抗できるのはおかしいので、特許権者は相当な実施料の請求が可能です。根拠は不当利得でしょうね。
実施権が対抗できるだけでは意味がないという見解もあるでしょうが、実施権の対抗が確保できれば、その後の法律関係は交渉により確定できると思います。