壬申の乱に勝利した大海人皇子は、673年に即位して天武天皇となった。その8年後の680年に壬申の乱をともに闘った鸕野讚良皇后・後の持統天皇が病に倒れたために天武帝は皇后の病気平癒を祈願して薬師寺建立を発願し、その2年後に建立に着手した。まもなく皇后は病気も平癒するが発願から6年後の686年に天武天皇自身が病を得て崩御する。この後、持統天皇として即位した鸕野讚良皇后が夫の意志を継ぎ建立を続け、着工からおよそ16年の月日を要して698年にほぼ完成した。建立地は藤原宮の右京八条三坊である。なお、平城京遷都後に新たに平城京西の京に建立された薬師寺と区別するために、元薬師寺と呼ばれるようになった。現在、寺には小堂が建っているのみであるが、前庭には金堂の礎石や東西両塔の上壇、塔の心礎などが残されている。
元薬師寺跡の西側には高さ200m弱の畝傍山を望むことができます
元薬師寺跡の東側には高さ160m弱の香具山を望むことができます